它们也具有已证明的功能，==反式作用调节RNA来源于传统上作为mRNA 3'未翻译区域的序列==。
预测肝硬化患者肝癌发生的候选lncRNA-miRNA-mRNA网络:综合生物信息学分析 摘要 目的：本研究通过生物信息学分析，探索潜在的竞争性内源性RNA (ceRNA)网络在肝硬化患者HCC发展中的作用。方法：利用GEO和TCGA数据库的数据挖掘，挖掘mRNA、lncRNA和miRNA差异表达谱。在匹配的HCC队列中，RT-PCR证实了他们的表达(n = 6/...
根据对应关系,建立了miRNA-mRNA网络(图6B)。这些预测的miRNA的表达数据在OncomiR数据库中获得。结果发现只有15个有显着差异表达(表2)。在上述miRNA的基础上,利用StarBase和LncBase获得了106个常见的lncRNA-miRNA调控对(图7A)。与GEPIA的表达...
ceRNA网络是一个复杂的转录后调控网络,其中环状RNA (circRNA)、长链非编码RNA (lncRNA)和蛋白质编码mRNA通过至少一个共享的miRNA反应元件(MRE)与microRNA (miRNA)竞争。 由中国湖北同济医学院的科学家们领导的一项新研究调查了ceRNA网络,以更好地了解HCC中复杂的基因相互作用,并确定诊断和治疗HCC的潜在生物标志物。
基于ceRNA假说,合格的lncRNA应该与miRNA负相关,而与mRNA正相关。同样对预测的lncRNA进行表达水平和预后验证。将表达和生存分析结果相结合后,有四个lncRNA被鉴定为ceRNA网络中的关键lncRNA。 七、乳腺癌lncRNA-miRNA-mRNA调控网络的构建 基于先前的预测和验证,建立乳腺癌的关键lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络。
piRNA是一类新发现的,长度为26-31nt的小RNA分子,通常通过与Argonaute蛋白(如:PIWIL 蛋白亚族)的结合来发挥沉默基因和调控生殖细胞基因组稳定性等作用。piRNA可以与lncRNA通过互补配对的方式结合,其中lncRNAs起到的主要生物学作用包括基因调控激活和抑制。本研究通过聚焦于piR-30188与lncRNA OIP5-AS1的互作调控网络来...
StarBase: 构建lncRNA‑miRNA pairs miRcode, StarBase, Targetscan: 构建miRNA‑mRNA pairs 补充: only downregulated miRNAs and upregulated mRNAs were integrated into the ceRNA network for upregulated lncRNAs only upregulated miRNAs and downregulated mRNAs were integrated into the ceRNA network fir downre...
提取其中113例乳腺癌及癌旁配对样本分析其中lncRNA,miRNA及mRNA的表达差异.利用wGCNA计算上述差异基因在1100例乳腺癌样本中表达的相关性并构建共表达网络.通过排列网络中基因与基因连接的数量关系分别筛选出关键的lncRNA,miRNA及mRNA,并利用本地标本库乳腺癌样本对关键基因在癌和癌旁的表达进行验证.最后,结合TCGA的临床...
网络.因此,近些年,lnc RNA,mi RNA和m RNA之间的相互调控作用成为生物信息研究的热点之一.随着调控网络研究的发展,发现lnc RNA可以以一种竞争性内源性RNA(Competing Endogenous RNA,ce RNA)参与靶mi RNA的表达调控.同时,mi RNA能够靶向m RNA的3'UTR,抑制m RNA的翻译或者降解m RNA.总之,在预测lnc RNA,mi RNA,...
在ceRNA相关的研究中,例如circRNA-miRNA-mRNA,或者lncRNA-miRNA-mRNA的靶向关系图谱,一般通过网络图呈现。首先可以肯定的是,网络图是一种清晰展示ceRNA网络结构的有效方法。 文献中的ceRNA网络图示例 不过同一种类型的图见多了,多少会产生一些审美疲劳。那么,有没有其它的可替代方案呢?本篇则给大家带来一种别致的画风...