lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA调控关系如Sankey图(图7H和图7I)。总共5个lncRNA、6个circRNA、8个miRNA和5个mRNA构成了ceRNA网络(图7J)。 5.关键基因在肝细胞癌中的诊断和预后价值 对ceRNA网络中的关键基因进行ROC曲线分析。结果表明,所有mR...
预测肝硬化患者肝癌发生的候选lncRNA-miRNA-mRNA网络:综合生物信息学分析 摘要 目的：本研究通过生物信息学分析，探索潜在的竞争性内源性RNA (ceRNA)网络在肝硬化患者HCC发展中的作用。方法：利用GEO和TCGA数据库的数据挖掘，挖掘mRNA、lncRNA和miRNA差异表达谱。在匹配的HCC队列中，RT-PCR证实了他们的表达(n = 6/...
ceRNA网络是一个复杂的转录后调控网络,其中环状RNA (circRNA)、长链非编码RNA (lncRNA)和蛋白质编码mRNA通过至少一个共享的miRNA反应元件(MRE)与microRNA (miRNA)竞争。 由中国湖北同济医学院的科学家们领导的一项新研究调查了ceRNA网络,以更好地了解HCC中复杂的基因相互作用,并确定诊断和治疗HCC的潜在生物标志物。
通过利用lncRNA、miRNA和mRNA数据形成的cerNA网络，我们在转录水平上对基因间表达的调控机制有了更清晰的...
预测肝硬化患者肝癌发生的候选lncRNA-miRNA-mRNA网络:综合生物信息学分析 摘要 目的:本研究通过生物信息学分析,探索潜在的竞争性内源性RNA (ceRNA)网络在肝硬化患者HCC发展中的作用。 方法:利用GEO和TCGA数据库的数据挖掘,挖掘mRNA、lncRNA和miRNA差异表达谱。在匹配的HCC队列中,RT-PCR证实了他们的表达(n = 6/组...
(数据库给出的ceRNA对的评分,评分越高,lncRNA与mRNA对于miRNA的竞争性结合越强。因此大家在筛选结果时,可以将activity score优先按照从大到小进行排列,选择前几个关系对使用。)、“Disease”( 该ceRNA对参与的疾病)、“Network”( ceRNA对应网络结构图)、“Function”( 检索分子富集分析结果)、“Hallmark”(肿瘤...
根据得到的lncRNA-miRNA文件和miRNA-mRNA文件,合并之 第八步 构建ceRNA网络,根据上述得到的lncRNA-miRNA-mRNA文件,连同分类及regulation,构建特征文件,cytoscape可视化ceRNAnet 所需要的文件 不变的: 1. mircode.txt 构建lnc和miRNA的关系 2. starBase_miRNA.txt 标准化miRNA ...
lncRNA作为竞争性内源RNA(ceRNA),与miRNA结合,在细胞中起到miRNA海绵的作用,从而降低miRNA的活性,间接上调miRNA相关靶基因的表达。lncRNA在癌症中很重要,但它如何在复杂和动态的细胞系统中发挥其调节作用,尤其是在泛癌水平上,仍是未知数。因此探索lncRNA、miRNA、TF和gene之间的协同调控是很有必要的。此外,近几年...
最后,作者建立了ceRNA(lncRNA-miRNA-mRNA)网络(下图3E),以进一步确定SLS模型中涉及的lncRNA的功能。ceRNA网络中PCG的GO功能分析还显示了多个基质激活相关term的丰富(下图3F),包括细胞对各种细胞外基质成分的粘附,血管生成和缺氧。 5. 通过汇总lncRNA和mRNA数据评估新型结肠癌亚型 在先前的研究中,作者识别了100个强大...
政务民生 说明书 生活娱乐 搜试试 续费VIP 立即续费VIP 会员中心 VIP福利社 VIP免费专区 VIP专属特权 客户端 登录 百度文库 其他 乳腺浸润性导管癌中lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络的整合分析©2022 Baidu |由 百度智能云 提供计算服务 | 使用百度前必读 | 文库协议 | 网站地图 | 百度营销 ...