lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA调控关系如Sankey图(图7H和图7I)。总共5个lncRNA、6个circRNA、8个miRNA和5个mRNA构成了ceRNA网络(图7J)。 5.关键基因在肝细胞癌中的诊断和预后价值 对ceRNA网络中的关键基因进行ROC曲线分析。结果表明,所有mR...
目的：本研究通过生物信息学分析，探索潜在的竞争性内源性RNA (ceRNA)网络在肝硬化患者HCC发展中的作用。方法：利用GEO和TCGA数据库的数据挖掘，挖掘mRNA、lncRNA和miRNA差异表达谱。在匹配的HCC队列中，RT-PCR证实了他们的表达(n = 6/组)。通过共表达分析构建ceRNA网络。它们的相互调控及其在上皮-间充质转化(EMT...
(1)H19(↓)—UPRmiRH19low(↑)—DWRTFH19low/DWRGeneH19low(↓):H19表达下调导致其靶miRNA表达上调,从而导致其靶TFs或基因表达下调; (2)H19(↑)—DWRmiRH19low(↓)—UPRTFH19low/UPRGeneH19low(↑):H19表达上调导致其靶miRNA下调,从而导致其靶TFs或基因表达上调; 最后选择符合以上要求的三联体进行细...
通过利用lncRNA、miRNA和mRNA数据形成的cerNA网络，我们在转录水平上对基因间表达的调控机制有了更清晰的...
ceRNA(即竞争性内源RNA)由Pandolfi等人于2011年提出,是指所有类型的RNA都可以通过microRNA应答元件进行相互作用。ceRNA可以通过竞争性的结合miRNA来调控彼此的表达,如:miRNA可以导致基因沉默,而lncRNA竞争性结合了miRNA,从而影响了miRNA导致基因沉默这一功能。这里,mRNA、lncRNA、circRNA等均可作为ceRNA。
同时分析同一样本中的mRNA，lncRNA，circRNA和miRNA，并且通过相关性网络分析和ceRNA网络分析，使研究内容...
由中国湖北同济医学院的科学家们领导的一项新研究调查了ceRNA网络,以更好地了解HCC中复杂的基因相互作用,并确定诊断和治疗HCC的潜在生物标志物。 他们的研究结果发表在《Aging-US》杂志上的一篇题为“Comprehensive analysis of the competing endogenous circRNA-lncRNA-miRNA-mRNA network and identification of a novel...
鉴于lncRNA与RNA属于铁杆兄弟,那么lncRNA研究首要考虑就是ceRNA。遥想当年,多少lncRNA研究性文章凭着ceRNA的牵线搭桥,一举成为CNS期刊的眼前红人。显然,有了ceRNA的保驾护航,lncRNA研究才能如履平地。 而在ceRNA这种基因表达调控模式种,lncRNA因也存在与mRNA类似的miRNAs反应元件(MREs),可竞争性结合miRNA以达到调节mRNA...
根据得到的lncRNA-miRNA文件和miRNA-mRNA文件,合并之 第八步 构建ceRNA网络,根据上述得到的lncRNA-miRNA-mRNA文件,连同分类及regulation,构建特征文件,cytoscape可视化ceRNAnet 所需要的文件 不变的: 1. mircode.txt 构建lnc和miRNA的关系 2. starBase_miRNA.txt 标准化miRNA ...
由于ceRNA调控网络通常涉及多种类型的RNA分子,欧易生物从探针设计、数据库筛选整合等方面对ceRNA芯片进行了全新升级,包含mRNA、lncRNA和circRNA的信息(人,大鼠,小鼠);可以全面分析mRNA、lncRNA和circRNA之间的关联,构建ceRNA的共表达分析网络(需要miRNA芯片数据),更贴近生物学意义的分析内容能够更好地满足老师的研究目的和...