方法：利用GEO和TCGA数据库的数据挖掘，挖掘mRNA、lncRNA和miRNA差异表达谱。在匹配的HCC队列中，RT-PCR证实了他们的表达(n = 6/组)。通过共表达分析构建ceRNA网络。它们的相互调控及其在上皮-间充质转化(EMT)过程中的作用已在细胞水平上通过功能获得和功能丧失实验得到验证。应用Kaplan-Meier法显示预后价值。结果：...
但是miRNA和snoRNAs的非编码初级转录本也可以具有功能，并且rRNAs、tRNAs和snoRNAs经过处理生成小的调控RNA...
文章还有部分补充数据,对于lncRNA–miRNA–mRNA调控网络的预测方法大致总结为: 1.DEGs、DEMs和DELs的鉴定(DEGs:差异表达的基因,DELs:差异表达的长非编码RNA,DEMs:差异表达的microRNAs,lncRNA:长非编码RNA,miRNA:microRNA,mRNA:messager RNA)→以火山图或热图呈现。 2. 功能富集分析:了解相关的DEGs的功能。 3. PPI...
异常表达的lncRNA与各种类型的癌症的发生和发展有关,在lncRNA-miRNA-mRNA调控网络中,lncRNA充当特定mRNA的竞争性内源RNA(ceRNA),调节靶基因,影响基因表达。然而,肺癌中最异常表达的lncRNA的功能和机制尚不清楚。 Twist1是一种重要的转录因子,可介导上皮-间质转化(EMT)进展和肿瘤转移。此外,Wnt/β-catenin信号传导...
lncRNA介导的MG相关ceRNA网络(LMGCN) (A)根据ceRNA假设构建LMGCN的示意图工作流程。(B)LMGCN。红色圆圈代表miRNA,蓝色三角形代表mRNA,黄色菱形代表lncRNA。线条代表它们的调节相互作用。(C)与lncRNA共表达mRNA的路径富集分析(左)和GO注释(右) 重要的GO功能包括免疫反应、B细胞增殖的积极调节、胸腺发育、T细胞增殖的...
lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA调控关系如Sankey图(图7H和图7I)。总共5个lncRNA、6个circRNA、8个miRNA和5个mRNA构成了ceRNA网络(图7J)。 5.关键基因在肝细胞癌中的诊断和预后价值 对ceRNA网络中的关键基因进行ROC曲线分析。结果表明,所有mR...
通过网络数据库miR CODE、LNCBase等预测LncRNA-miRNA-mRNA轴上相关的靶基因。确定靶基因后,通过miRNA的种子序列或自由能结合方式进行miRNA与LncRNA可能结合位点的预测,并通过双荧光素酶实验进行验证。 本期内容针对LncRNA的简介分类、功能、常用数据库、研究思路及功能调控等四大方面进行了详细介绍,希望对LncRNA研究方向...
2. 构建lncRNA/miRNA/mRNA调控网络,并确认了miR-137 为了探讨CA/CPR引起的多器官损伤的机制,研究者分别对来源于CA/CPR患者外周血和经OGD/R刺激的星形胶质细胞上清液的外泌体进行全转录组测序。 与健康受试者或假手术处理对照组相比,CA/CPR患者共有706个miRNA、5231个lncRNA、4193个mRNA发生显著改变;经OGD/R刺激...
Objective: To find the key targets of muscle atrophy after spinal cord injury (SCI) were excavated, to construct the lncRNA-miRNA-mRNA regulatory network based on bioinformatics analysis,and to verify the expression changes of key regulatory networks in muscle atrophy a...
图3. lncRNA（LINC00680）-miRNA-mRNA网络调控ESCC肿瘤发生 RNA-seq检测发现，与对照组相比LINC00680敲低的ESCC细胞株中共有68个mRNA下调，93个mRNA上调（p<0.001，FC>1.5）。LINC00680主要定位于细胞质中，为了探索LINC00680做为ceRNA发挥作用的机制，研究人员首先通过TarPmiR、miRanda 和 RNAhybrid数据库预测LINC...