目的：本研究通过生物信息学分析，探索潜在的竞争性内源性RNA (ceRNA)网络在肝硬化患者HCC发展中的作用。方法：利用GEO和TCGA数据库的数据挖掘，挖掘mRNA、lncRNA和miRNA差异表达谱。在匹配的HCC队列中，RT-PCR证实了他们的表达(n = 6/组)。通过共表达分析构建ceRNA网络。它们的相互调控及其在上皮-间充质转化(EMT...
piRNA是一类新发现的,长度为26-31nt的小RNA分子,通常通过与Argonaute蛋白(如:PIWIL 蛋白亚族)的结合来发挥沉默基因和调控生殖细胞基因组稳定性等作用。piRNA可以与lncRNA通过互补配对的方式结合,其中lncRNAs起到的主要生物学作用包括基因调控激活和抑制。本研究通过聚焦于piR-30188与lncRNA OIP5-AS1的互作调控网络来...
存在相互调控的关系,进而形成一个复杂的调控网络.因此,近些年,lnc RNA,mi RNA和m RNA之间的相互调控作用成为生物信息研究的热点之一.随着调控网络研究的发展,发现lnc RNA可以以一种竞争性内源性RNA(Competing Endogenous RNA,ce RNA)参与靶mi RNA的表达调控.同时,mi RNA能够靶向m RNA的3'UTR,抑制m RNA的翻译...
1、获得lncRNA矩阵 TCGA数据库下载的转录数据,包含mRNA和lncRNA,是在同一部分文件中,提取lncRNA矩阵选取antisense、lincRNA、sense_intronic等。 2、使用edgrR包,筛选条件|logFC|>2 & FDR<0.01,得到494个差异lncRNA,其中下调360个,上调134个,部分差异lncRNA如下表 火山图 3、上调前100个,下调前100个lncRNA聚类...
文章总结lncRNA、miRNA和mRNA之间的相互影响,通过“ceRNA”机制,形成了lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,并在肺纤维化中作用显著。近年来,随着络病理论的不断发展,作者基于肺络构效理论,探析在IPF进程中“肺虚络瘀”与lncRNA-miRNA-mRNA调控网络的相关性,并为IPF的发病机制和治疗提供新的理论。 【总页数】5页(P148-...
1.胰腺癌特异性差异表达lncRNA相关的ceRNA调控网络的构建2.头颈鳞癌预后相关差异表达LncRNAs的筛选、ceRNA网络构建及生物学功能预测3.肾嫌色细胞癌ceRNA调控网络的构建与分析4.lncRNA HULC对肝癌细胞miRNA差异表达谱及ceRNA调控网络的影响5.乳腺浸润性导管癌中lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络的整合分析 因版权原因,仅展示原...
文章还有部分补充数据,对于lncRNA–miRNA–mRNA调控网络的预测方法大致总结为: 1.DEGs、DEMs和DELs的鉴定(DEGs:差异表达的基因,DELs:差异表达的长非编码RNA,DEMs:差异表达的microRNAs,lncRNA:长非编码RNA,miRNA:microRNA,mRNA:messager RNA)→以火山图或热图呈现。 2. 功能富集分析:了解相关的DEGs的功能。 3. PPI...
(IPA)通路的显著性富集分析,并寻找lncRNA近距离调控的靶基因.结果:气郁体质中有268个lncRNAs(156个上调和112个下调)和251个mRNAs(154个上调和97个下调).GO功能和IPA通路富集结果表明,这些差异基因主要富集到免疫和激素调节失常相关通路.确定了9个lncRNA-mRNA相互作用对,如,LY86-AS1-F13A1,SBF2-AS1-ADAM2和FAN...
文章还有部分补充数据,对于lncRNA–miRNA–mRNA调控网络的预测方法大致总结为: 1.DEGs、DEMs和DELs的鉴定(DEGs:差异表达的基因,DELs:差异表达的长非编码RNA,DEMs:差异表达的microRNAs,lncRNA:长非编码RNA,miRNA:microRNA,mRNA:messager RNA)→以火山图或热图呈现。
结果五:FOXD2-AS1/miR-139-5p/BLVRA或CYTH2网络参与肝硬化HCC的发展 文章还有部分补充数据,对于lncRNA–miRNA–mRNA调控网络的预测方法大致总结为: 1.DEGs、DEMs和DELs的鉴定(DEGs:差异表达的基因,DELs:差异表达的长非编码RNA,DEMs:差异表达的microRNAs,lncRNA:长非编码RNA,miRNA:microRNA,mRNA:messager RNA)→以...