目的：本研究通过生物信息学分析，探索潜在的竞争性内源性RNA (ceRNA)网络在肝硬化患者HCC发展中的作用。方法：利用GEO和TCGA数据库的数据挖掘，挖掘mRNA、lncRNA和miRNA差异表达谱。在匹配的HCC队列中，RT-PCR证实了他们的表达(n = 6/组)。通过共表达分析构建ceRNA网络。它们的相互调控及其在上皮-间充质转化(EMT...
piRNA是一类新发现的,长度为26-31nt的小RNA分子,通常通过与Argonaute蛋白(如:PIWIL 蛋白亚族)的结合来发挥沉默基因和调控生殖细胞基因组稳定性等作用。piRNA可以与lncRNA通过互补配对的方式结合,其中lncRNAs起到的主要生物学作用包括基因调控激活和抑制。本研究通过聚焦于piR-30188与lncRNA OIP5-AS1的互作调控网络来...
存在相互调控的关系,进而形成一个复杂的调控网络.因此,近些年,lnc RNA,mi RNA和m RNA之间的相互调控作用成为生物信息研究的热点之一.随着调控网络研究的发展,发现lnc RNA可以以一种竞争性内源性RNA(Competing Endogenous RNA,ce RNA)参与靶mi RNA的表达调控.同时,mi RNA能够靶向m RNA的3'UTR,抑制m RNA的翻译...
mRNA,lncRNA,circRNA 和 miRNA之间的相互作用,结合Cytoscape软件可视化显示ceRNA调控网络图,从lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA交互调控角度探讨HT的发病机制及相关信号通路... 韩荣荣 - 济宁医学院 被引量: 0发表: 2023年 阿尔茨海默病ceRNA调控网络的生物信息学分析 的预测.最后构建circRNA-miRNA-mRNA和lncRNA-miRNA-mRNA...
使用TCGA数据库获取肿瘤和正常配对组织的基因数据及miRNA数据。得到3个正常样本和304个CESC肿瘤样本。分别做临床分析、mRNA差异分析、lncRNA差异分析、miRNA差异分析、生存分析、ceRNA调控网络构建。 二、 mRNA差异表达 1、如何得到矩阵文件? 下载的是counts文件,每个样本的压缩包保存在单独的文件中。
3. PPI(protein-protein interaction)网络的建立及枢纽基因的鉴定。 4. lncRNA-miRNA-mRNA调控网络的构建:结合KEGG和软件分析的结果,建立相应的lncRNA-miRNA-mRNA相互作用网络。 想研究lncRNA–miRNA–mRNA调控网络预测的小伙伴们可以用此套路。 本研究在多个基因组平台上进行了全面的数据挖掘,证明了FOXD2-AS1/miR...
文章还有部分补充数据,对于lncRNA–miRNA–mRNA调控网络的预测方法大致总结为: 1.DEGs、DEMs和DELs的鉴定(DEGs:差异表达的基因,DELs:差异表达的长非编码RNA,DEMs:差异表达的microRNAs,lncRNA:长非编码RNA,miRNA:microRNA,mRNA:messager RNA)→以火山图或热图呈现。
先天性巨结肠lncRNA-mRNA共表达网络构建和分析 目的通过生物信息学的方法构建先天性巨结肠(Hirschsprung disease,HSCR)调控网络.方法RNA测序检测HSCR组织和正常结肠组织中的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncR... 张建军,马同胜,黄广锋,... - 《中华小儿外科杂志》 被引量: 0发表: 2024年 先天性小耳畸形...
结果五:FOXD2-AS1/miR-139-5p/BLVRA或CYTH2网络参与肝硬化HCC的发展 文章还有部分补充数据,对于lncRNA–miRNA–mRNA调控网络的预测方法大致总结为: 1.DEGs、DEMs和DELs的鉴定(DEGs:差异表达的基因,DELs:差异表达的长非编码RNA,DEMs:差异表达的microRNAs,lncRNA:长非编码RNA,miRNA:microRNA,mRNA:messager RNA)→以...
以构建ceRNA网络.将miRNA预测靶基因与差异表达mRNA取交集,构建PPI网络图,并进行GO功能和KEGG通路富集分析.利用Coremine Medical数据库筛选核心靶点预测得到的中药.结果 共鉴定出339个DEmRNA和476个lncRNA.在ceRNA网络中总共获得了4个差异的lncRNA-miRNA相互作用和39个失调的miRNA-mRNA相互作用,包括4个DElncRNA,20个...