结果四：lncRNA-miRNA-mRNA调控网络的构建 结果五：FOXD2-AS1/miR-139-5p/BLVRA或CYTH2网络参与肝硬化HCC的发展 文章还有部分补充数据，对于lncRNA–miRNA–mRNA调控网络的预测方法大致总结为：1.DEGs、DEMs和DELs的鉴定（DEGs：差异表达的基因，DELs：差异表达的长非编码RNA，DEMs：差异表达的microRNAs，lncRNA：长...
结果二:GEO数据库中所有DEGs的Mfuzz聚类和PPI网络构建分析 结果三:在TCGA数据库中建立基因序列,并获取关键基因序列 结果四:lncRNA-miRNA-mRNA调控网络的构建 结果五:FOXD2-AS1/miR-139-5p/BLVRA或CYTH2网络参与肝硬化HCC的发展 文章还有部分补充数据,对于lncRNA–miRNA–mRNA调控网络的预测方法大致总结为: 1.DEGs...
但是miRNA和snoRNAs的非编码初级转录本也可以具有功能，并且rRNAs、tRNAs和snoRNAs经过处理生成小的调控RNA...
根据对应关系,建立了miRNA-mRNA网络(图6B)。这些预测的miRNA的表达数据在OncomiR数据库中获得。结果发现只有15个有显着差异表达(表2)。在上述miRNA的基础上,利用StarBase和LncBase获得了106个常见的lncRNA-miRNA调控对(图7A)。与GEPIA的表达...
近年来各类lncRNA被大量发现,同时也被证实参与细胞内多种重要的调控过程。lncRNA作为竞争性内源RNA(ceRNA),与miRNA 结合,在细胞中起到miRNA海绵的作用,从而降低miRNA的活性,间接上调miRNA相关靶基因的表达。lncRNA在癌症中很重要,但它如何在复杂和动态的细胞系统中发挥其调节作用,尤其是在泛癌水平上,仍是未知数。因...
一、miRNA与mRNA结合预测 miRNA是非编码调控小分子,通过抑制基因表达发挥作用,前体pri-miRNA、pre-miRNA通过核内的drosa酶作用,由核孔复合体进入至胞浆中,在通过Dicer酶的剪切,形成成熟的miRNA,AGO2可介导miRNA结合至mRNA的3’UTR,进而对基因的表达进行抑制,可在mRNA、蛋白水平发生降解作用 ...
miRNA-seq高通量测序解读 (1)差异miRNA分析 (2)miRNA-mRNA数据库(验证和预测结果) (3)miRNA与靶基因结合位点(MRE)分析(4) VENN图分析 (5)癌症的miRNA预后分析 15:20~17:00 lncRNA分析 lncRNA-seq高通量测序解读 (1)miRNA-lncRNA数据库 (2)lncRNA-target分析 ...
该课题组利用Arraystar piRNA芯片等表达谱芯片研究发现piR-30188和miR-367-3p、lncRNA OIP5-AS1 与CEBPA基因的 mRNA形成ceRNA机制,调控下游TRAF4基因表达,影响神经胶质瘤的增殖侵袭等。该研究成果发表在课题组在国际知名学术期刊Theranostics(影响因子8.766)。(芯片实验由Aksomics提供技术服务) 研究背景 成胶质细胞瘤...
需要注意的是,lncRNA的Trans作用靶基因预测只适合于样本量大的情况,如果样本量太少(如6个以下),分析将不可靠。 图4.lncRNA-mRNA共表达网络图分析示意图 3.3 LncRNAantisense分析 除了Cis作用和Trans作用调控,LncRNA参与调控许多转录后进程时,与miRNA和snoRNA等小RNA类似的,这些调控往往与碱基的互补配对有关。一部分...
通过利用lncRNA、miRNA和mRNA数据形成的cerNA网络，我们在转录水平上对基因间表达的调控机制有了更清晰的...