3. PPI（protein-protein interaction）网络的建立及枢纽基因的鉴定。4. lncRNA-miRNA-mRNA调控网络的构建：结合KEGG和软件分析的结果，建立相应的lncRNA-miRNA-mRNA相互作用网络。想研究lncRNA–miRNA–mRNA调控网络预测的小伙伴们可以用此套路。本研究在多个基因组平台上进行了全面的数据挖掘，证明了FOXD2-AS1/miR-...
随后对人类细胞中超过3300个lncrna的调查显示，约20%(但仅约2%)的mrna与PRC2[^18]相互作用，其他lnc...
为更大范围探索受lncRNA调控的mRNA,研究者筛选出15个具有代表性的lncRNA(7个组间表达量差异倍数>2.5的差异lncRNA,8个差异倍数>7的差异甲基化修饰lncRNA)进行CRC分子调控网络构建,分别从lncRNA竞争结合miRNA调控基因表达以及lncRNA直接与mRNA互作影响基因表达两种思路筛选构建调控网络。 图4 调控网络图(左图:lncRNA-...
结果四:lncRNA-miRNA-mRNA调控网络的构建 结果五:FOXD2-AS1/miR-139-5p/BLVRA或CYTH2网络参与肝硬化HCC的发展 文章还有部分补充数据,对于lncRNA–miRNA–mRNA调控网络的预测方法大致总结为: 1.DEGs、DEMs和DELs的鉴定(DEGs:差异表达的基因,DELs:差异表达的长非编码RNA,DEMs:差异表达的microRNAs,lncRNA:长非编码RN...
lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA调控关系如Sankey图(图7H和图7I)。总共5个lncRNA、6个circRNA、8个miRNA和5个mRNA构成了ceRNA网络(图7J)。 5.关键基因在肝细胞癌中的诊断和预后价值 对ceRNA网络中的关键基因进行ROC曲线分析。结果表明,所有mR...
为了研究H19是否通过拮抗let-7b、miR-17、miR-200b、miR-29a来调控TFs及其下游靶点的表达,使用乳腺癌细胞系BT-549、HCC38、MCF7和MDA-MB-231诱导H19异位表达。与对照细胞相比,H19过表达可明显上调乳腺癌细胞系中SP1(let-7b/ miR-200b调节),ETS1(miR-29a/ miR-200b调节)及STAT3(miR-17调节)的mRNA表达水...
该课题组利用Arraystar piRNA芯片等表达谱芯片研究发现piR-30188和miR-367-3p、lncRNA OIP5-AS1 与CEBPA基因的 mRNA形成ceRNA机制,调控下游TRAF4基因表达,影响神经胶质瘤的增殖侵袭等。该研究成果发表在课题组在国际知名学术期刊Theranostics(影响因子8.766)。(芯片实验由Aksomics提供技术服务) 研究背景 成胶质细胞瘤...
然后作者利用SCENIC构建了单细胞水平TF的调控网络(图4A),包含184 module,其中包含141个细胞特异的TF以及不同的target(基因和lncRNA)。为了验证构建网络的准确性,作者又利用已知根的RNA-seq数据,利用WGCNA也构建了mRNA-lncRNA的共表达网络,然后比较这2个网络的一致性(图4C),发现大部分SCENIC构建的module都可以和WGCNA...
通过网络数据库miR CODE、LNCBase等预测LncRNA-miRNA-mRNA轴上相关的靶基因。确定靶基因后，通过miRNA的种子序列或自由能结合方式进行miRNA与LncRNA可能结合位点的预测，并通过双荧光素酶实验进行验证。本期内容针对LncRNA的简介分类、功能、常用数据库、研究思路及功能调控等四大方面进行了详细介绍，希望对LncRNA研究方向...