但是miRNA和snoRNAs的非编码初级转录本也可以具有功能，并且rRNAs、tRNAs和snoRNAs经过处理生成小的调控RNA...
结果四：lncRNA-miRNA-mRNA调控网络的构建 结果五：FOXD2-AS1/miR-139-5p/BLVRA或CYTH2网络参与肝硬化HCC的发展 文章还有部分补充数据，对于lncRNA–miRNA–mRNA调控网络的预测方法大致总结为：1.DEGs、DEMs和DELs的鉴定（DEGs：差异表达的基因，DELs：差异表达的长非编码RNA，DEMs：差异表达的microRNAs，lncRNA：长...
结果二:GEO数据库中所有DEGs的Mfuzz聚类和PPI网络构建分析 结果三:在TCGA数据库中建立基因序列,并获取关键基因序列 结果四:lncRNA-miRNA-mRNA调控网络的构建 结果五:FOXD2-AS1/miR-139-5p/BLVRA或CYTH2网络参与肝硬化HCC的发展 文章还有部分补充数据,对于lncRNA–miRNA–mRNA调控网络的预测方法大致总结为: 1.DEGs...
第二步快速论证ncRNA调控功能 一般在细胞水平,通过gain/loss of function干预第一步确定的ncRNA,使用Western Blot等方法检测所关注生物学过程(如自噬、凋亡、增殖、迁移等)的相关marker,论证ncRNA的调控功能。 第三步揭示ncRNA调控作用的分子机制 首先,确定ncRNA的亚细胞定位。然后,通过targetscan、catrapid、RNAhybrid、lncb...
寻找浸润性乳癌病人外周血单个核细胞(PBMC)的核心(HUB)基因,并构建mRNA-miRNA-lncRNA网络,探讨浸润性乳癌诊疗新靶点。 方法 基于对基因表达综合数据库(GEO)的数据分析,获取浸润性乳癌病人术前PBMC的表达谱。应用GEO2R在線工具筛选差异基因,DAVID工具进行GO功能注释分析和KEGG信号通路分析,STRING数据库构建差异基因蛋白互...
1、miRNA对mRNA 的调控网络图 2、lncRNA对mRNA的调控网络图 3、环状RNA对miRNA的调控网络图首页 联系我们 留言板 第三代测序服务 代谢组学服务 生物信息学服务 蛋白质组学服务 CRISPR/Cas9技术服务 DNA甲基化服务 lncRNA技术服务 miRNA技术服务 环状RNA技术服务 转录组测序服务 转录因子技术服务...
由这篇经典文献可见,分析lncRNA可能结合的miRNA并进一步验证下游靶基因mRNA的表达量,或分析lncRNA直接结合的mRNA,为我们研究转录组及转录水平调控提供了两种行之有效的研究思路。这样的研究不仅仅局限于相关性研究,更可以进一步探讨产生表型的深层调控机制,也更有利于高影响因子文章的发表。
构建ceRNA网络,根据上述得到的lncRNA-miRNA-mRNA文件,连同分类及regulation,构建特征文件,cytoscape可视化ceRNAnet 所需要的文件 不变的: 1. mircode.txt 构建lnc和miRNA的关系 2. starBase_miRNA.txt 标准化miRNA 变的: 1. deg-miRNA、deg-lncRNA、deg-mRNA ...
lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA调控关系如Sankey图(图7H和图7I)。总共5个lncRNA、6个circRNA、8个miRNA和5个mRNA构成了ceRNA网络(图7J)。 5.关键基因在肝细胞癌中的诊断和预后价值 对ceRNA网络中的关键基因进行ROC曲线分析。结果表明,所有mR...
基于测序分析得到的差异显著RNA,构建了lncRNA/miRNA/mRNA调控网络。在CA/CPR患者中共鉴定出56818对lncRNA/miRNA/mRNA靶标对,在OGD/R刺激的星形胶质细胞上清液中共鉴定出1387对lncRNA/miRNA/mRNA靶标对。进一步通过miRNA微阵列分析(图2A,D)和Starbase数据库搜索,选择miR-137作下一步研究。miR-137是CA/CPR患者血液和...