1)MeRIP-qPCR的目的 与普通的qPCR有所不同,MeRIP-qPCR是验证某个目标基因上的某个修饰位点(以一小段区域的形式,MeRIP法精确不到单碱基)的修饰水平。得到的结果往往是一个%(IP/Input)的数值,它体现的是该位点的修饰水平(目标基因发生该修饰的转录本占该基因总转录本的比例),而普通qPCR验证的是某个基因的表达...
通过体外和体内挽救实验(In vitro and in vivo rescue experiments)验证下游靶标对ALKBH5缺失细胞或动物的功能表型作用。此外,通过RIP-qPCR、RNA下拉和RNA稳定性分析揭示了互作的reader蛋白和调控机制。 研究结果表明,ALKBH5在创缘表皮中特异性上调。ALKBH5敲除抑制了ALKBH5-/-小鼠的角质形成细胞(keratinocytes)迁移,并...
根据RNA-seq分析YTHDF2在许多类型的细胞或组织中负责调节mRNA的翻译、衰变和清除。然后,还可以用RNA免疫沉淀(RIP)qPCR方法检测了YTHDF2的候选靶向mRNA及其在处理后的变化。 图6 处理组通过YTHDF2识别和衰退减少肺细胞中抗铁死亡相关基因的表达 这样就进一步增加了机制的研究文章的档次也就上去了。 先有鸡再有蛋 第...
通过体外和体内挽救实验(In vitro and in vivo rescue experiments)验证下游靶标对ALKBH5缺失细胞或动物的功能表型作用。此外,通过RIP-qPCR、RNA下拉和RNA稳定性分析揭示了互作的reader蛋白和调控机制。 研究结果表明,ALKBH5在创缘表皮中特异性上调。ALKBH5敲除抑制了ALKBH5-/-小鼠的角质形成细胞(keratinocytes)迁移,并...
Readers的RIP-qPCR验证Readers蛋白与靶基因mRNA的结合 关于易基因RNA m6A甲基化测序(MeRIP-seq)技术 易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量,总RNA起始量可降低至10μg,最低仅需1μg总RNA。广泛应用...
MeRIP-seq还揭示了FOXO1 mRNA的m6A修饰水平在ALKBH5敲低后显著增加。表明FOXO1是ALKBH5调控的m6A修饰的直接靶基因。进一步实验(m6A-qPCR和RIP-qPCR)也证实了ALKBH5与FOXO1 mRNA的结合,并通过去甲基化调控其稳定性。 此外,MeRIP-seq还揭示了m6A修饰在mRNA上的分布模式。ALKBH5敲低后,m6A修饰分布发生了显著变化,这为...
通过RNA免疫沉淀(RIP)测序和抗YTHDF1抗体的RIP-qPCR鉴定出YTHDF1和p65 mRNA之间的直接互作(图5D)。因此,p65 mRNA是YTHDF1的直接靶点。另外,YTHDF1敲除可以降低CT26和MC38细胞中的p65蛋白表达,尤其是细胞核内的p65表达,但不影响NF-κB通路的其他调控因子(如IKKα和IκBα)的表达(图5E)。
云序m6A RIP-Seq/qPCR产品: m6A修饰的靶基因往往与m6A RNA甲基化转移酶(Writers)或去甲基化酶(Erasers)有结合,并通过结合特定的m6A结合蛋白(Readers)参与不同的分子机制。为了方便研究和加快实验进度,云序生物提供预备抗体的m6A Writers/Erasers/Readers RIP-Seq和...
(C) 甲基化 RIP-qPCR 显示使用 m6A 抗体可显著富集 MTHFD2 mRNA,在 METTL3 敲低后,这种富集显著减少。(D) RNA 稳定性测定表明敲低后 MTHFD2 mRNA IGF2BP2稳定性降低。(E) 双荧光素酶报告基因检测显示敲低后 MTHFD2 mRNA IG...
Readers的RIP-qPCR验证Readers蛋白与靶基因mRNA的结合 YTHDF1引入突变后,检测其假定靶基因的表达和与靶基因的结合是否受到影响 关于易基因RNA m6A甲基化测序(MeRIP-seq)技术 易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行...