然后,还可以用RNA免疫沉淀(RIP)qPCR方法检测了YTHDF2的候选靶向mRNA及其在处理后的变化。 图6 处理组通过YTHDF2识别和衰退减少肺细胞中抗铁死亡相关基因的表达 这样就进一步增加了机制的研究文章的档次也就上去了。 先有鸡再有蛋 第一种思路是先通过m6A甲基化来与铁死亡相关联,第二种思路5自然是先有铁死亡再有...
1)MeRIP-qPCR的目的 与普通的qPCR有所不同,MeRIP-qPCR是验证某个目标基因上的某个修饰位点(以一小段区域的形式,MeRIP法精确不到单碱基)的修饰水平。得到的结果往往是一个%(IP/Input)的数值,它体现的是该位点的修饰水平(目标基因发生该修饰的转录本占该基因总转录本的比例),而普通qPCR验证的是某个基因的表达水...
技术原理:RIP(RNA结合蛋白免疫沉淀)是研究细胞内蛋白与RNA结合情况的技术。运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行分析,结合的RNA可以通过高通量测序(RIP-seq)或定量PCR(RIP-qPCR)方法来鉴定。RIP...
第五步,使用上一步设计好的引物,对input、m6A-IP和IgG-IP中的RNA进行qPCR反应并计算相应的CT值。 MeRIP-qPCR结果的计算 MeRIP-qPCR结果计算如下表: *其中DF和IF分别是稀释倍数。是说一个样品,由于其中IP到的RNA量一定会比不IP直接保留的Input的RNA量少很多,IP和Input实际取来做逆转录+qPCR的模板稀释倍数不同...
通过m6A MeRIP-qPCR和RIP-qpcr实验验证(图6c、d),再次说明了3’UTR中的两个Stat1位点被m6 A甲基化,并与YTHDF2存在相互作用。mRNA稳定性测定显示(图6e),与Ythdf2f/f BMDMs相比,Ythdf2cKO BMDMs中Stat1 mRNA的半衰期增加。此外,作者通过双荧光素酶报告实验对2个m6A位点进行突变(图6f),结果显示野生型Ythdf2...
作者设计了一段人工合成的目标转录本syn,将其连接在报告基因Cluc的3‘-UTR端,并且设计了相对应的gRNA,共转染HEK293T细胞。Me-RIP-RT-qPCR检测Cluc syn的m6A水平以说明系统的靶向编辑效率。 进一步将合成基因换成Socs2基因的转录本,获得了相同的结果,表明Cas13-M3、Cas13-M3M14能够有效对外源转入的RNA进行靶向位点...
在利用MeRIP-seq得到m6A甲基化差异基因后,下一步可以通过MeRIP-qPCR直接对该基因进行验证。也可以通过关联多组学(比如RNA-seq)分析基因表达和m6A修饰的变化,从多方面挖掘分析内容。 在线留言 我已阅读并同意《隐私保护》 提交 相关产品 多重PCR_SNP分型
(J)MeRIP-qPCR分析:转染或不转染si-METTL3的人FLS(第2代)中ATG7的m6A水平。 (K)Western blot分析:转染或不转染O/E-METTL3处理后转染或不转染针对YTHDF1或YTHDF2的siRNA的人Con-FLS(第2代)中METTL3, YTHDF1, YTHDF2和ATG7...
优势一:发表10分以上文章最多的m6A RNA甲基化测序服务平台。 优势二:全面检测mRNA和各类非编码RNA(circRNA,lncRNA, Pri-miRNA等)。 优势三:独家提供m6A一站式服务:m6A整体水平检测、m6A测序、MeRIP-qPCR验证、RIP和RNA pull-down等。 优势四:率先研发超微量MeRIP测序技术,RNA量低至500ng起。