MeRIP-qPCR 是m6A-IP-qPCR 的另一种说法。所以从名称上我们就能发现,m6A-IP-qPCR基本和常规的RIP-qPCR相似。当然在讨论RIP-qPCR之前,我们先来看看常规的RT-qPCR 是如何计算相对表达量的。 关于RT-qPCR的方法学论文很多,所以这里关于实验部分就不细讲了。计算基因的绝对定量需要加入外参基因,所以暂且我们先来看看相...
1、m6A-IP-qPCR m6A-IP-qPCR也叫MeRIP-qPCR,即利用m6A抗体在富集到带甲基化修饰的RNA后,下一步使用qPCR直接对富集到的RNA进行定量的一种技术。 其次,我们知道m6A修饰的过程离不开甲基转移酶(writer)、去甲基转移酶(eraser)和阅读蛋白(reader)的作用,如下图展示了与m6A修饰作用相关的各种RNA结合蛋白: 所以RNA-...
通过RIP-qPCR实验发现FIP37在体内可与和转录本结合，并且在蓝光生长的幼苗富集到和转录本比在黑暗中生长的黄化幼苗多（图5b）。进一步通过m6A-IP-qPCR检测了FIP37和CRY1对和的影响，结果显示在和突变体中，和转录本的m6A修饰均减少（图5c），表明CRY1和FIP37调控了和的m6A修饰。测量在蓝光下和 转录本的衰减率发...
MeRIP-qPCR 是m6A-IP-qPCR的另一种说法。所以从名称上我们就能发现,m6A-IP-qPCR基本和常规的RIP-qPCR相似。当然在讨论RIP-qPCR之前,我们先来看看常规的RT-qPCR 是如何计算相对表达量的。 关于RT-qPCR的方法学论文很多,所以这里关于实验部分就不细讲了。计算基因的绝对定量需要加入外参基因,所以暂且我们先来看看相对...
Readers的突变/敲降/敲除/过表达实验: RT-PCR验证靶基因的mRNA水平 Western blot验证靶基因的蛋白水平 Readers的RIP-qPCR验证Readers蛋白与靶基因mRNA的结合 YTHDF1引入突变后,检测其假定靶基因的表达和与靶基因的结合是否受到影响 关于易RNA m6A甲基化测序(MeRIP-seq)技术 ...
完整的实验离不开后续的验证。话不多说,接下来我们就细数一下MeRIP-seq,都有哪些相关的验证实验吧~ 一、m6A区域验证 首先,如果需要对m6A修饰位点进行严格的验证,可以用下面这个方法: 1、m6A-IP-qPCR m6A-IP-qPCR,也叫MeRIP-qPCR,即m6A抗体富集到带甲基化修饰的RNA,下一步使用qPCR直接对富集到的RNA进行定量的...
比例尺:100 μm。IGV轨迹显示ALKBH5敲低后PELI2的MeRIP-seq reads覆盖情况。实验设置2个重复。通过基因特异性m6A-RIP-qPCR检测HACAT细胞中ALKBH5敲低后PELI2转录本的m6A修饰增加。实验重复3次,将每组mRNA的相对表达量与input值进行比较,以平均值±SD表示。单因素方差分析,ns不显著,*P<0.05,****P<0.0001...
Readers的突变/敲降/敲除/过表达实验: RT-PCR验证靶基因的mRNA水平 Western blot验证靶基因的蛋白水平 Readers的RIP-qPCR验证Readers蛋白与靶基因mRNA的结合 关于易基因RNA m6A甲基化测序(MeRIP-seq)技术 易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量...
通过RIP-qPCR实验发现FIP37在体内可与和转录本结合,并且在蓝光生长的幼苗富集到和转录本比在黑暗中生长的黄化幼苗多(图5b)。进一步通过m6A-IP-qPCR检测了FIP37和CRY1对和的影响,结果显示在和突变体中,和转录本的m6A修饰均减少(图5c),表明CRY1和FIP37调控了和的m6A修饰。测量在蓝光下和 转录本的衰减率发现,与...
采用甲基化RNA免疫沉淀测序(MeRIP-seq)和RNA-seq结合的高通量测序分析方法鉴定出ALKBH5的下游靶标。通过体外和体内挽救实验(In vitro and in vivo rescue experiments)验证下游靶标对ALKBH5缺失细胞或动物的功能表型作用。此外,通过RIP-qPCR、RNA下拉和RNA稳定性分析揭示了互作的reader蛋白和调控机制。