1)MeRIP-qPCR的目的 与普通的qPCR有所不同,MeRIP-qPCR是验证某个目标基因上的某个修饰位点(以一小段区域的形式,MeRIP法精确不到单碱基)的修饰水平。得到的结果往往是一个%(IP/Input)的数值,它体现的是该位点的修饰水平(目标基因发生该修饰的转录本占该基因总转录本的比例),而普通qPCR验证的是某个基因的表达水...
MeRIP-qPCR 是m6A-IP-qPCR 的另一种说法。所以从名称上我们就能发现,m6A-IP-qPCR基本和常规的RIP-qPCR相似。当然在讨论RIP-qPCR之前,我们先来看看常规的RT-qPCR 是如何计算相对表达量的。 关于RT-qPCR的方法学论文很多,所以这里关于实验部分就不细讲了。计算基因的绝对定量需要加入外参基因,所以暂且我们先来看看相...
通过体外和体内挽救实验(In vitro and in vivo rescue experiments)验证下游靶标对ALKBH5缺失细胞或动物的功能表型作用。此外,通过RIP-qPCR、RNA下拉和RNA稳定性分析揭示了互作的reader蛋白和调控机制。 研究结果表明,ALKBH5在创缘表皮中特异性上调。ALKBH5敲除抑制了ALKBH5-/-小鼠的角质形成细胞(keratinocytes)迁移,并...
Western blot验证靶基因的蛋白水平 Readers的RIP-qPCR验证Readers蛋白与靶基因mRNA的结合 关于易基因RNA m6A甲基化测序(MeRIP-seq)技术 易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量,总RNA起始量可降低至10μg...
MeRIP-seq还揭示了FOXO1 mRNA的m6A修饰水平在ALKBH5敲低后显著增加。表明FOXO1是ALKBH5调控的m6A修饰的直接靶基因。进一步实验(m6A-qPCR和RIP-qPCR)也证实了ALKBH5与FOXO1 mRNA的结合,并通过去甲基化调控其稳定性。 此外,MeRIP-seq还揭示了m6A修饰在mRNA上的分布模式。ALKBH5敲低后,m6A修饰分布发生了显著变化,这为...
技术平台:m6A-seq(MeRIP-seq)、RNA-seq、m6A-RIP-qPCR 、qRT-PCR、Dot-blot、WB/IF等 研究摘要: 创面再上皮化受损会导致皮肤屏障重建功能障碍。m6A RNA修饰参与RNA命运决定,m6A甲基化变异会触发许多疾病发病机制。然而,m6A在创面再上皮化中的作用仍然未知。本研究构建ALKBH5-/-小鼠以研究ALKBH5敲除后创面再上皮...
m6A-RIP和qPCR的联合使用证实OGDH mRNA发生m6A修饰,而且当ALKBH5缺乏时或者在病毒感染期间,OGDH mRNA上的m6A水平会进一步升高。野生型ALKBH5而不是H205A或R107Q突变体的过表达拯救了缺乏ALKBH5的巨噬细胞中的OGDH表达。因病毒感染而受到损...
采用甲基化RNA免疫沉淀测序(MeRIP-seq)和RNA-seq结合的高通量测序分析方法鉴定出ALKBH5的下游靶标。通过体外和体内挽救实验(In vitro and in vivo rescue experiments)验证下游靶标对ALKBH5缺失细胞或动物的功能表型作用。此外,通过RIP-qPCR、RNA下拉和RNA稳定性分析揭示了互作的reader蛋白和调控机制。
Readers的RIP-qPCR验证Readers蛋白与靶基因mRNA的结合 YTHDF1引入突变后,检测其假定靶基因的表达和与靶基因的结合是否受到影响 关于易RNA m6A甲基化测序(MeRIP-seq)技术 易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位...