高通量测序目前主要以m6A-seq/MeRIP-seq为主,它是目前研究m6A修饰使用最广泛的技术之一。 MeRIP-seq将甲基化DNA 免疫共沉淀(methylated DNA immunoprecipitation, MeDIP)技术、RNA 结合蛋白免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation,RIP)技术和RNA 测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术组合起来,高精度地检测全基因组(或全转录组...
m6A-seq是近两年来备受瞩目的一项表观组学技术,这项技术利用抗体抓取带有甲基化修饰的RNA片段,配合测序获得RNA甲基化修饰的全基因组分布特征。为了减少数据背景对于结果的干扰,m6A-seq测序通常会再做一个input对照(即相同样本进行常规转录组测序)。 聪明的小伙伴应该能马上想到:既然进行了转录组测序,同时也拥有了转录本...
易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量,总RNA起始量可降低至10μg,最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症发生与发展、药物应答等研究领域;可应用...
将组织放入事先标记好样本信息的RNAase-free管中(管子速冻后无法做标记),立即液氮速冻2min,-80℃保存。 6. MeRIP-seq建库测序流程? MeRIP-seq技术包括MeRIP实验和测序两个部分。 流程图如下图所示: 每组MeRIP-seq由两种类型的样本组成,即immunoprecipitation(IP)样本和Input对照样本。RNA分子首先被片段化成约100-200...
技术平台:m6A-seq(MeRIP-seq)、RNA-seq、m6A-RIP-qPCR 、qRT-PCR、Dot-blot、WB/IF等 研究摘要: 创面再上皮化受损会导致皮肤屏障重建功能障碍。m6A RNA修饰参与RNA命运决定,m6A甲基化变异会触发许多疾病发病机制。然而,m6A在创面再上皮化中的作用仍然未知。本研究构建ALKBH5-/-小鼠以研究ALKBH5敲除后创面再上皮...
首先,将UV交联步骤结合到RNA免疫沉淀中,如m6A单核苷酸分辨率交联和免疫沉淀(miCLIP)、m6A交联免疫沉淀(m6A-CLIP)和光交联辅助m6A测序(PA-m6A-seq),但如果不利用甲基化加标对照或input文库进行矫正或标准化,这些方法无法量化样品之间的差异修饰。其次,应用特异性逆转录酶来提高RNA修饰的检测分辨率,这些修饰在逆转录过程...
一、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)测序技术原理 表观转录组指RNA序列不发生改变的情况下,由RNA上的化学修饰调节基因表达的现象。胞内RNA的修饰超过100种,其中大部分的表观修饰发生在tRNA及其他非编码RNA上[1],发生在mRNA上的修饰无论是从种类上还是数量上都较少。下图展示了部分发生在真核生物mRNA上...
经典的m6A-seq技术可将m6A定位到三碱基至数十碱基的序列窗口内[13, 3, 4, 5]。一些改进方法(比如miCLIP-seq)通过将m6A抗体和其结合的RNA交联,从而在修饰位点附近诱导序列突变或发生截断,可实现近乎单碱基分辨率的检测水平[12, 14]。然而,这些突变或截断类型十分复杂,不同位点之间差异很大,常分散在3~4碱基的序...
利用MeRIP-seq/m6A-seq技术鉴定全基因组范围内具有m6A修饰的区域。其原理为通过特异识别m6A修饰的抗体,对细胞内具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀。对沉淀下来的RNA片段进行高通量测序,结合生物信息学分析,即可在全基因组范围内对m6A修饰的状况进行系统...
图a表示m6A-seq, 和chip_seq类似的技术,用抗体富集发生了m6A修饰的fragment, 然后和input样本相比较,通过peak calling识别发生了m6A修饰的区域, 该技术通量高,但是分辨率不够,只能够定位到m6A修饰位点附近200nt左右的区域,无法达到单碱基的分辨率;图b表示PA-m6A-seq, 加入4SU加强交联,同时将T碱基变成U碱基,用365...