高通量测序目前主要以m6A-seq/MeRIP-seq为主,它是目前研究m6A修饰使用最广泛的技术之一。 MeRIP-seq将甲基化DNA 免疫共沉淀(methylated DNA immunoprecipitation, MeDIP)技术、RNA 结合蛋白免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation,RIP)技术和RNA 测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术组合起来,高精度地检测全基因组(或全转录组...
检测m6A的实验方法主要是m6A-Seq和MeRIP-Seq,但是这两种方法的分辨率低,新的技术miCLIP-Seq分辨率能够达到单碱基。今天介绍的DeepM6ASeq工具(https://github.com/rreybeyb/DeepM6ASeq)就是基于miCLIP-Seq实验数据构建神经网络模型来实现m6A位点的预测。DeepM6ASeq相比其他m6A预测工具的优势在于它不仅能够预测单碱基m6A情...
(4)全基因组MeRIP-seq和RNA-seq鉴定出PELI2是ALKBH5的下游靶标 图4:在人表皮样本和角质形成细胞系中受ALKBH5调控的m6A修饰基因表征 m6A修饰下游分析流程图。MeRIP-seq鉴定出人类表皮样本和角质形成细胞系共有的3710个基因,在3'UTR中具有特异性m6A peaks。RNA-seq在 ALKBH5敲低后鉴定出306个下调基因;以|FC|<0...
有限的分辨率 经典的m6A-seq技术可将m6A定位到三碱基至数十碱基的序列窗口内[13, 3, 4, 5]。一些改进方法(比如miCLIP-seq)通过将m6A抗体和其结合的RNA交联,从而在修饰位点附近诱导序列突变或发生截断,可实现近乎单碱基分辨率的检测水平[12, 14]。然而,这些突变或截断类型十分复杂,不同位点之间差异很大,常分散在...
m6A-Seq:Dominissini D. et al. (2012) Topology of the human and mouse m6A RNA methylomes revealed by m6A-seq. Nature 485: 201-206 TruSeq Small RNA Library Prep kit TruSeq Stranded total RNA library prep kit TruSeq DNA PCR-Free library prep kit ...
一、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)测序技术原理 表观转录组指RNA序列不发生改变的情况下,由RNA上的化学修饰调节基因表达的现象。胞内RNA的修饰超过100种,其中大部分的表观修饰发生在tRNA及其他非编码RNA上[1],发生在mRNA上的修饰无论是从种类上还是数量上都较少。下图展示了部分发生在真核生物mRNA上...
m6A甲基化是转录后调控中重要的表观遗传修饰方式,它普遍存在于病毒和真核生物中。MeRIP-seq(高通量测序法)作为m6A修饰的检测方法,其具有针对全基因组范围内检测m6A的存在;能够明确每个基因的修饰水平,进行组与组之间比较等优势。接下来就让小编带大家详细了解m6A和MeRIP-seq。
在这些方法中,DART-seq要求的RNA起始量要求是相对比较低的,为10 ng 总RNA,而且可以用于单个细胞中m6A的鉴定。由于DART-seq实验过程需要体外转基因表达APOBEC1-YTH,因此,它不适用于研究体内系统(早期胚胎发育过程)中m6A修饰的分析。 得益于作者在低DNA/细胞起始量ChIP-seq实验方面长期积累的经验,他们开发了适用于低...
内源性RBM33与m6A修饰的RNA底物结合亲和力比与未修饰的RNA寡核苷酸的结合亲和力高;去除RBM33的RRM结构域去除后丧失其与m6A修饰的RNA寡核苷酸结合的能力;RIP-Seq显示近70%的ALKBH5靶基因与RBM33结合。绝大多数RBM33和ALKBH5的共同结合位点位于蛋白质编码转录本和LncRNAs中;PAR-CLIP揭示m6A修饰经典序列“RACH”出现在RB...
利用MeRIP-seq/m6A-seq技术鉴定全基因组范围内具有m6A修饰的区域。其原理为通过特异识别m6A修饰的抗体,对细胞内具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀。对沉淀下来的RNA片段进行高通量测序,结合生物信息学分析,即可在全基因组范围内对m6A修饰的状况进行系统...