ONT测序平台根据监测单个分子在合成聚合物膜嵌入的纳米孔中穿过时引起的电流变化直接测序DNA或RNA,修饰碱基穿孔产生的电流可能与对应的经典碱基有所不同,因此可以根据检测到的电流差异来检测包括m6A在内的修饰碱基【12,13】。自那时起,已经有十余种计...
MeRIP-seq 技术将甲基化DNA 免疫共沉淀(methylated DNA immunoprecipitation,MeDIP) 技术、RNA 结合蛋白免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation,RIP)技术和RNA 测序(RNA sequencing,RNA-seq) 技术组合起来,高精度地检测全基因组(或全转录组)范围内的RNA 甲基化。MeRIP-seq 技术采用免疫共沉淀方法,即甲基化RNA 特异性抗体...
上图来自以下文献 Epitranscriptome sequencing technologies: decoding RNA modifications https://www.nature.com/articles/nmeth.4110 m6A是其中最常见,数量最多的一种转录后修饰,不仅在mRNA上存在,在tRNA, rRNA, lncRNA上也都存在,只不过研究最多的是mRNA上的m6A。m6A这个名字来源于发生甲基化修饰的位置 腺苷酸第6...
[4] Kim D, Langmead B, et al., HISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements. Nat Methods. 2015 Apr;12(4):357-60. [5] Meng J, Cui X,et al., Exome-based analysis for RNA epigenome sequencing data. Bioinformatics. 2013 Jun 15;29(12):1565-7. [6] Meng J, Lu Z...
关键技术:meRIP-seq (methylated RNA immunoprecipitation sequencing),也称m6A-seq 最近几年来m6A研究迅速发展,正是得益于meRIP-seq技术的开发及应用。meRIP-seq高通量测序技术的出现,能够高效精确检测全转录组不同的RNA 甲基化,是成功发现RNA 甲基化机理及功能的关键技术。
[5] Meng J, Cui X,et al., Exome-based analysis for RNA epigenome sequencing data. Bioinformatics. 2013 Jun 15;29(12):1565-7. [6] Meng J, Lu Z,et al.,A protocol for RNA methylation differential analysis with MeRIP-Seq data and exomePeak R/Bioconductor package. Methods. 2014 Oct ...
MeRIP-seq 技术将甲基化DNA 免疫共沉淀(methylated DNA immunoprecipitation, MeDIP) 技术、RNA 结合蛋白免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation,RIP)技术和RNA 测序(RNA sequencing,RNA-seq) 技术组合起来,高精度地检测全基因组(或全转录组)范围内的RNA 甲基化。MeRIP-seq 技术采用免疫共沉淀方法,即甲基化RNA 特异性...
2022年11月10日，新加坡国立大学Jonathan Göke研究组与泰国朱拉隆功大学Alexandre Thiery研究组合作在Nature Methods上发表了文章Detection of m6A from direct RNA sequencing using a multiple instance learning framework，提出了一种基于神经网络的方法m6Anet，利用多实例学习框架处理数据中的缺失，对不同的细胞系和物种...
(A)-selected RNA was fragmented and immunoprecipitated using anti-m6A antibody. Libraries from both input and IP RNA fragments in two replicates were prepared and subjected to massive parallel sequencing with different sequencing depth (TableS2and Fig.S2a-d). Reads were uniquely aligned to a ...
美国希望之城陈建军教授和芝加哥大学陈梦洁教授合作在Nature Biotechnology杂志上发表了题为m6A RNA modifications are measured at single-base resolution across the mammalian transcriptome的文章,该研究开发的新方法m6A-SAC-Seq(Selective Allyl Chemical labeling and Sequencing)可直接标记m6A,能够覆盖几乎所有的m6A经典...