RNA甲基化在调控基因表达、剪接、RNA编辑、RNA稳定性、控制mRNA寿命和降解等方面可能扮演重要角色。与传统技术不同,纳米孔Direct RNA测序(DRS)可以对天然RNA分子进行测序,无需扩增或逆转录,可以在读取RNA碱基序列的同时获得碱基修饰信息。 RNA修饰类型 使用Nanopore官方的basecall软件Dorado(版本:0.8.0)可以精准检测和...
ONT测序平台根据监测单个分子在合成聚合物膜嵌入的纳米孔中穿过时引起的电流变化直接测序DNA或RNA,修饰碱基穿孔产生的电流可能与对应的经典碱基有所不同,因此可以根据检测到的电流差异来检测包括m6A在内的修饰碱基【12,13】。自那时起,已经有十余种计...
这种晚期的基因偏向效应主要是METTL3的缺失降低了RNA剪接效率,并可以扩展到所有多重剪接的腺病毒晚期RNA。总的来说,这些结果突出了一个新的长读长RNA测序的技术进步,揭示m6A影响病毒病原体的剪接和表达。 参考文章 Price AM, Hayer KE...
2022年11月10日，新加坡国立大学Jonathan Göke研究组与泰国朱拉隆功大学Alexandre Thiery研究组合作在Nature Methods上发表了文章Detection of m6A from direct RNA sequencing using a multiple instance learning framework，提出了一种基于神经网络的方法m6Anet，利用多实例学习框架处理数据中的缺失，对不同的细胞系和物种...
We perform long-read, direct RNA nanopore sequencing, as well as Ultima high-coverage RNA-sequencing, of whole blood sampled longitudinally from four SpaceX Inspiration4 astronauts at seven timepoints, spanning pre-flight, day of return, and post-flight recovery. We report key genetic pathways, ...
Direct RNA测序(Direct RNA sequencing, DRS)是一种新兴的测序技术,它无需先转换成cDNA,直接读取RNA分子的核苷酸序列、RNA修饰及Poly(A)尾等信息。DRS技术可以准确且无偏好地鉴定可变剪切,同时,不依赖抗体,直接检测RNA上的单碱基分辨率的m6A修饰。因此DRS技术已成为解析癌症发展进程中m6A修饰与可变剪接之间复杂相互作用...
ONT测序平台根据监测单个分子在合成聚合物膜嵌入的纳米孔中穿过时引起的电流变化直接测序DNA或RNA,修饰碱基穿孔产生的电流可能与对应的经典碱基有所不同,因此可以根据检测到的电流差异来检测包括m6A在内的修饰碱基[12,13]。自那时起,已经有十余种计算工具被开发出来(图1),用于从直接RNA测序(Direct RNA Sequencing,...
与原始LINE-1序列相比该突变体的RNA稳定性和转座活性均显著降低。该实验证明了m6A的直接作用于LINE-1的功能,避免了很多敲低调节蛋白实验所常常遇到的直接还是间接作用(direct effect or secondary effect)的困扰。 上面的结果说明,对于LINE-1序列而言,m6A是一个进化上且在分子水平上都有一定“益处”的调节元素。但是...
Base-calling “errors” can be used as a proxy to identify RNA modifications in direct RNA sequencing reads.aSchematic overview of the strategy used in this work to train and test an m6A RNA base-calling algorithm.bIGV snapshot of one of the four transcripts used in this work. In the up...
1.一种 m6A 的分析方法,其特征在于,包括: 利用 Nanopore Direct RNA Sequencing 技术获得 mRNA 的原始的电信号; 基于原始的电信号进行 m6A 位点的检测; 基于检测到的 m6A 位点,分析不同处理的样本间的差异 m6A 位点; 所述分析不同处理的样本间的差异 m6A 位点具体包括: 采用 SMART2 软件的 DMC 模块,通过控...