自官方推出的Nanopolish与Tombo以来,学术界陆续在权威期刊上发表了MINES, Nanom6A, m6Anet等软件,也广泛应用于RNA修饰的检测,极大地拓宽了RNA修饰检测的范围,提升了检测准确性。目前,可以精细识别全motif的m5C、m6A、假尿苷等修饰。下面以m6A修饰检测为例,详细介绍DRS测序在RNA修饰方面的分析内容。 与常用的MeRIP-seq...
MeRIP-seq是参考Chip-seq发展出来的鉴定RNA修饰的一种方法,目前meRIP-seq已成功应用于m6A和m5C。其原理和步骤为首先通过Olig dT捕获mRNA,或者通过rRNA探针去除rRNA,然后将获得的RNA打成100nt左右的小片段;之后使用修饰特异的抗体(m6A或m5C抗体)进行免疫共沉淀,含有修饰的RNA片段被富集并回收;进而对回收的RNA进行文库构...
在全长转录组基础之上,ONT-三代测序平台的直接RNA测序(Direct RNA-seq),相对于传统的反转录cDNA - PCR扩增(二代和三代RNA-seq测序都有相应的建库方案)流程,其能够保留并检测天然RNA碱基修饰信息,还原真实RNA特征,也省去了传统 RNA m6A甲基化修饰繁琐的实验检测步骤, 如 MeRIP-seq/m6A-seq和m6A-SEAL-seq等 。
Direct RNA测序是基于Nanpore测序平台,第一次实现转录组水平的RNA直接测序。相比于传统二代RNA-Seq技术,Direct RNA测序不经反转录,无需扩增,直接读取全长转录本,无测序偏好性,可获取poly(A)尾的信息,诺禾致源Direct RNA结题报告在转录本分析的基础上...
2021年7月19日，来自于新加坡A*STAR基因研究所的Jonathan Göke 研究组在Nature Biotechnology杂志上发表了题为Identification of differential RNA modifications from nanopore direct RNA sequencing with xPore的论文，开发了一种基于nanopore direct RNA-seq的RNA修饰差异化分析计算方法xPore。xPore可以实现单碱基水平...
2021年7月19日,来自于新加坡A*STAR基因研究所的Jonathan Göke研究组在Nature Biotechnology杂志上发表了题为Identification of differential RNA modifications from nanopore direct RNA sequencing with xPore的论文,开发了一种基于nanopore dire...
传统的RNA测序技术(如RNA-Seq)通常需要将RNA先反转录为cDNA,经过扩增后再进行测序。这个过程不仅过程繁琐,还可能引入偏差,从而可能影响结果的准确性。而直接RNA测序技术(Direct RNA Sequencing,简称DRS)能够直接对RNA分子测序,无需转录为cDNA,直接获得mRNA的序列及其修饰信息。贝纳基因的DRS分析内容,主要分为以下三大核心...
为了验证METTL3催化的m6A在调控细胞身份基因mRNA稳定性中的作用,对METTL3敲低的细胞和对照CD4+T细胞使用Nanopore Direct RNA-seq绘制m6A图谱。结果显示在METTL3敲低的细胞中m6A修饰水平显著降低(图6A–C)。已知的T细胞身份基因(如XBP1、ITK、CCR7和SOCS1)的m6A修饰水平显著降低(图6D)。并对mRNA半衰期进行RT-qPCR验证...
相较于RNA-seq,基于Nanopore三代测序平台的转录组研究,无需打断,直接读取5’ 端到3’-PolyA的高质量完整转录本,准确鉴定可变剪接、新基因/新异构体、可变多聚腺苷酸化、融合基因等,完善基因组注释。此外,Nanopore平台更拥有独一无二的Direct RNA测序方式。
在全长转录组基础之上,ONT - 三代测序平台的直接RNA测序(Direct RNA-seq),相对于传统的反转录cDNA - PCR扩增(二代和三代RNA-seq测序都有相应的建库方案)流程,其能够保留并检测天然RNA碱基修饰信息,还原真实RNA特征,也省去了传统 RNA m6A甲基化修饰繁琐的实验检测步骤, 如 MeRIP-seq/m6A-seq和m6A-SEAL-seq等...