图2. 短读长、长度长和直接RNA测序技术比较(RNA sequencing: the teenage years) 在全长转录组基础之上,ONT-三代测序平台的直接RNA测序(Direct RNA-seq),相对于传统的反转录cDNA - PCR扩增(二代和三代RNA-seq测序都有相应的建库方案)流程,其能够保留并检测天然RNA碱基修饰信息,还原真实RNA特征,也省去了传统 R...
虽然已知“exitron”存在于数百个人转录本中,但作者使用报告基因检测和Direct RNA测序(dRNA-seq)证实,CD19 exitron是逆转录的产物。并在公共数据集中检测到类似结果。该研究强调了dRNA-seq对isoform验证的重要性。 文章题目:Direct long-read RNA sequencing identifies a subset of questionable exitrons likely ari...
相比于传统的RNA测序技术(如RNA-Seq),Direct RNA测序不经反转、无需扩增,直接读取全长RNA分子,可以检测单个RNA分子的m6A、m5C和假尿苷(Ψ)等修饰位点,准确分析可变剪切和鉴定isoform,还原真实的RNA特征,能够以更深的维度、更广的视角揭示从表型到分子的内在调控变化,结合定量定性验证以及功能机制探究,深入解析生物学...
图2. 短读长、长度长和直接RNA测序技术比较(RNA sequencing: the teenage years) 在全长转录组基础之上,ONT - 三代测序平台的直接RNA测序(Direct RNA-seq),相对于传统的反转录cDNA - PCR扩增(二代和三代RNA-seq测序都有相应的建库方案)流程,其能够保留并检测天然RNA碱基修饰信息,还原真实RNA特征,也省去了传统...
Direct RNA Sequencing(DRS)基于Nanopore测序平台,不经反转录、无需扩增,直接读取全长转录本,无测序偏好性。可以检测RNA分子上的(m6A、m5C和假尿苷)等甲基化修饰位点;能准确分析可变剪切、融合基因和鉴定新转录本;此外,还可对Poly(A)尾长度和位点进行相对准确的估算和预测,还原真实RNA特征。
图3 CHIKV RNA的DRS分析没有检测到抗体依赖性m6A peak内的修饰 案例四 Direct RNA 测序揭示了腺病毒 RNA 上的 m6A 修饰是有效剪接所必需的 英文标题:Direct RNA sequencing reveals m6A modifications on adenovirus RNA are necessary for efficient splicing ...
1RNA-Seq RNA-Seqis the sequencing approach that utilizes next-generation sequencing technology to study the entire transcriptome. RNA-Seq is a high-throughput alternative to the traditional RNA/cDNA cloning and sequencing strategies. Furthermore, RNA-Seq also provides information on the expression leve...
这种晚期的基因偏向效应主要是METTL3的缺失降低了RNA剪接效率,并可以扩展到所有多重剪接的腺病毒晚期RNA。总的来说,这些结果突出了一个新的长读长RNA测序的技术进步,揭示m6A影响病毒病原体的剪接和表达。 参考文章 Price AM, Hayer KE...
Table 17.1.Properties of Various RNA-Seq Applications NameDescription mRNA-SeqSequencing of polyadenylated transcripts ssRNA-Seq (Strand-specific)Preserves transcriptional directionality/orientation Small RNASize selected fraction of total RNA (<200 nucleotide (nt) fraction); ideal for microRNA (miRNA), ...
Direct RNA测序是一种高度平行的、实时单分子测序方法,绕过了反转录和扩增步骤,可获得全长、链特异性的RNA序列,并能直接检测RNA中的核苷酸类似物。 bioRxiv: 人类天然poly(A) RNA转录组测序[2] 来自约翰霍普金斯大学的研究者利用Nanopore测序技术完成了对人GM12878细胞系中的天然poly(A) RNA分子的直接测序,其研究...