RNA反转录为cDNA：使用逆转录酶将RNA逆转录为互补DNA（cDNA）。生成的cDNA用于构建测序文库。文库构建：片段化cDNA，并在其两端连接接头（adapters），这些接头含有测序引物的结合位点。文库经过PCR扩增以增加文库浓度，最终得到用于测序的cDNA文库。高通量测序：利用Illumina、Ion Torrent、PacBio、Nanopore等高通量测序平台...
RNA-Seq可以帮助我们了解各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异。它可以检测正常组织和肿瘤组织之间的差异、药物治疗前后基因表达的差异,以及发育过程中不同发育阶段、不同组织之间的基因表达差异等。最常见的就是检测所有mRNA的表达量的差异。🔧 RNA-Seq的步骤 构建序列文库:将RNA打断成小片段,并反转录成DNA,然后...
原核生物一般基因组比较小,小于 10M,也比较简单,重复序列比例较小,因此,容易拼接出完整的基因组,所以,对于原核生物,通常可以找到近源参考序列用于 RNAseq 分析,如果没有也可以进行 DNA 测序,拼接出全基因组,用于RNAseq 分析。 原核生物通常只有 1 条染色体,而且是单倍体,因此,不用考虑杂合位点的问题。遗传信息...
高通量测序技术的应用-DNA-seq&RNA-seq
如前所述,RNase H法使用核酸酶消化RNA:DNA复合物中的rRNA,但保留降解的mRNA用于后续测序。RNA exome方法使用寡核苷酸探针来捕获RNA-seq文库分子,非常类似于外显子测序 (exome sequencing)使用的策略。这两种方法应用简单,并都能在保留降解的和片段化的mRNA的前提下降低混入的rRNA的影响,进而获得高质量的和高稳定性...
第三代技术有两种：1）单分子实时测序技术（SingleMolecular Real-Time Sequencing，SMRT），仍需要RT-PCR构建cDNA文库，代表是Pracific Bioscience测序仪；2）直接测序技术（DirectRNA-seq），代表是OxfordNanopore测序仪。1. SMRT：PracificBiosciences SMRT技术无需打碎样品，通过在模板两端接上Adapter构建成环形DNA分子...
第三代测序,同样主要是指通过化学合成法进行大规模边合成边测序,不同之处在于,可以实现对每一条DNA或RNA分子进行单独测序。每个反应所读取的序列长度(读长)变得更长,甚至可达到10000个核苷酸。 RNA-seq数据可以让我们知道很多未知的东西,比如,我们可以识别出...
因为RNA-Seq不同于DNA-Seq,DNA在转录成mRNA的时候会把内含子部分去掉。所以mRNA反转的cDNA如果比对不到参考序列,会被分开,重新比对一次,判断中间是否有内含子。 链接:https://www.jianshu.com/p/681e02e7f9af 写在前面比对问题2:如何比对?那些软件
融合基因的NGS检测,既可以采用DNA-Seq,也可以采用RNA-seq。如下图列出几种情况,在设计融合基因突变检出实验时,更建议使用RNA-seq或杂交捕获进行检测: (1) 一些临床相关的重排事件发生在区域较大的内含子中,需要更多捕获探针进行覆盖及测序数据量。像MSK-IMPACT等基于DNA样本类型的捕获设计,并没有纳入NTRK3 和 NRG...