DNA测序和RNA测序是两种不同的测序技术,主要的区别在于测序的目标分子不同。DNA(脱氧核糖核酸)是基因组的主要成分,通过DNA测序可以对基因组进行全面地解析和研究;RNA(核糖核酸)则是在生命体内转录出来的一种信息中介分子,通过RNA测序可以揭示转录组的...
与DNA-seq不同,RNA-seq需要先将提取的RNA反转录为cDNA,然后再进行扩增。 RNA测序最常见的应用是检测基因表达的变化,可变剪接,转录后修饰,基因融合,也可以检测突变和SNP。
DNAseq检测为驱动基因变异阴性的232例患者中，经RNAseq可检测到更多融合及MET 14号外显子跳跃15.5%（36/232）（图4），其中融合阳性患者为30例，将融合阳性率从7.7%（195/2522）提高到10.4%（225/2165），可见，RNAseq可挽回DNAseq漏检的融合。图3 肺腺癌队列 图4 DNAseq和RNAseq的驱动突变 在专业权威杂志...
RNA-Seq可进行全基因组水平的基因表达差异研究,具有定量更准确、可重复性更高、检测范围更广、分析更可靠等特点。除了分析基因表达水平,RNA-Seq还能发现新的转录本、SNP和剪接变体,并提供等位基因特异的基因表达。 如果将某一个物种的基因组比喻成该物种的“生命的读本...
cDNA和gDNA区别是较大的,gDNA是基因组DNA,cDNA是由mRNA反转录而获得的DNA序列。gDNA反应的是基因组上的信息,所以一般检测的是某个基因的拷贝数信息。而对cDNA的检测,能反应待检测基因的表达水平,也叫做转录水平。所以在之前我们一直做基因融合的时候一直使用的是cdna的信息,因为它也可以反应一下转录的水平(也就是rn...
因为RNA-Seq不同于DNA-Seq,DNA在转录成mRNA的时候会把内含子部分去掉。所以mRNA反转的cDNA如果比对不到参考序列,会被分开,重新比对一次,判断中间是否有内含子。 链接:https://www.jianshu.com/p/681e02e7f9af 写在前面比对问题2:如何比对?那些软件
高通量测序技术的应用-DNA-seq&RNA-seq
3) RNA-seq (3.1) RNA-seq Expression Matrix: featureCounts, HTseq Differential Expression: Deseq2, EdgeR Alternative Splicing: rMATS RNA Editing: RNAEditor, REDItools ... (3.2) Single Cell RNA-seq (scRNA-seq) 4) Interactome (4.1) ChIP-seq (4.2) CLIP-seq Pre-process: fastqc Mapping: bow...
两个流程的一致性在98.6-98.8%左右，主要区别来自于GATK版本号的不匹配。Sentieon RNAseq与开源比对结果 RNA定量 基因定量方面，我们使用SIRV样本作为测试样本。SIRV基因是Lexogen公司人工合成的7个基因，每个基因有多条转录本，共69个转录本，可用以检测可变剪切事件，并作定量内参使用。在这些转录本数据中我们选取...