Direct RNA Sequencing(DRS)基于Nanopore测序平台,不经反转录、无需扩增,直接读取全长转录本,无测序偏好性。可以检测RNA分子上的(m6A、m5C和假尿苷)等甲基化修饰位点;能准确分析可变剪切、融合基因和鉴定新转录本;此外,还可对Poly(A)尾长度和位点进行相对准确的估算和预测,还原真实RNA特征。 在完成DRS测序后,通常...
牛津纳米孔技术公司(Oxford Nanopore Technologies)的研究人员开发出了一种在MioIon纳米孔测序仪上进行DirectRNA测序(direct RNA sequencing)的方法,近期发表在预印本网站bioRxiv上。 Oxford Nanopore公司应用程序高级主管、文章通讯作者DanielTurner说,公司计划...
Direct RNA测序(DRS) Direct RNA测序(Direct RNA Sequencing,简称DRS)是一种利用Nanopore平台进行的转录组研究技术。这项技术能够直接读取全长转录本,无需经过反转录或扩增步骤,因此可以避免这些过程中可能产生的偏差和错误。Direct RNA测序不仅能够检测RNA分子的甲基化修饰,还能解析Poly(A)特征、m5C,假尿苷等,是一种...
近年来新兴的纳米孔测序技术能够对长链RNA直接测序（nanopore direct RNA-sequencing），无需 PCR 扩增，可以同时在核苷酸序列中识别碱基修饰【3,4】。2021年7月19日，来自于新加坡A*STAR基因研究所的Jonathan Göke 研究组在Nature Biotechnology杂志上发表了题为Identification of differential RNA modifications from ...
所用的试剂盒为Direct RNA Sequencing Kit (SQK-RNA004),首先准备 poly(A) 富集的mRNA (300ng/8ul) 或者总RNA(1ug/8ul) ,通过 poly(T) 引物反转录合成cDNA链(稳定mRNA),为RNA-cDNA加上测序接头,最后在MinION或PromethION芯片上进行测序(图11),建库总用时大约为2小时15分钟。互补cDNA链不会被测序,只是...
Direct RNA Sequencing(DRS)基于Nanopore测序平台,不经反转录、无需扩增,直接读取全长转录本,无测序偏好性。可以检测RNA分子上的(m6A、m5C和假尿苷)等甲基化修饰位点;能准确分析可变剪切、融合基因和鉴定新转录本;此外,还可对Poly(A)尾长度和位点进行相对准确的估算和预测,还原真实RNA特征。
所用的试剂盒为Direct RNA Sequencing Kit (SQK-RNA004),首先准备poly(A)富集的mRNA (300ng/8ul) 或者总RNA(1ug/8ul) ,通过poly(T)引物反转录合成cDNA链(稳定mRNA),为RNA-cDNA加上测序接头,最后在MinION或PromethION芯片上进行测序(图11),建库总用时大约为2小时15分钟。互补cDNA链不会被测序,只是为了提升...
传统的RNA测序技术(如RNA-Seq)通常需要将RNA先反转录为cDNA,经过扩增后再进行测序。这个过程不仅过程繁琐,还可能引入偏差,从而可能影响结果的准确性。而直接RNA测序技术(Direct RNA Sequencing,简称DRS)能够直接对RNA分子测序,无需转录为cDNA,直接获得mRNA的序列及其修饰信息。贝纳基因的DRS分析内容,主要分为以下三大核心...
Figure 1 Nanopore natural poly(A) RNA sequencing process Long nanopore read length can improve the resolution of the exon-exon junction region, thereby mining unannotated RNA isoforms. Using the above long-read data, the researchers first detected and analyzed transcriptional isoforms. Among 33,984 ...
其次,RNA修饰中,尤其是m6A修饰主要富集在与神经递质调节和线粒体功能相关的转录本中,这些转录本也与PTSD密切相关。尽管具有修饰差异的转录本表达差异不明显,但是RNA修饰可能通过累积或者协同效应影响RNA代谢,对恐惧应激反应记忆的形成起早期调节作用。 动物应激响应:案例三 文章题目:Nanopore sequencing unveils the ...