RNA-seq检测到新的PTEN-ATAD融合基因的表达。同时还检测到TCF7-CSF1R(图2C)和ETV6-CRX(图2D)两个新的候选T-ALL驱动融合。综上所述,这些数据表明RNA-seq在识别儿童T-ALL中新的融合以及潜在靶向驱动融合方面有独特优势。 图2 T-ALL中的...
RNA-Seq Applications RNA-Seq is used to measure gene and transcript abundance levels, and to assess qualitative information of the transcriptome of all species. It is commonly used to: perform differential expression analysis, identify and quantify transcript isoforms, ...
CORALL Total RNA-seq文库构建试剂盒 CORALL试剂盒可以在4.5h内快速完成单分子标签(UMIs)以及链特异性(>99%)的RNA文库构建。Lexogen专有的链置换终止和连接技术,无需片段化,可提供完整的转录表达信息,包括转录的起始和终止位点信息。 产品优势: 完整覆盖转录本信息,从起始到终止位点信息,用于全转录组分析; ...
他们推测，RNA-Seq已用于发现B-ALL的新分子亚型，也可能成为临床上对B-ALL病例进行诊断分类的有用工具。为了检验这一假设，研究人员通过临床核型分析、荧光原位杂交、染色体微阵列以及下一代测序DNA和RNA融合面板测试，分析了28例已知亚型的B-ALL病例和48例未确定亚型的RNA-Seq数据。RNA-Seq分析准确识别了所有28例...
急性淋巴细胞白血病(ALL)是最常见的儿童癌症,占所有儿科病例的30%以上。发表在《分子诊断杂志》上的一项研究证实了采用RNA测序分析(RNA-Seq)用于小儿B急性淋巴细胞白血病(B-ALL)分子亚型临床诊断的可行性。这种针…
1、先对560名ALL病人进行RNA-seq,发现到新的染色体重排结果,其中包括MEF2D-BCL9重排。 2、在1164名ALL病人中得到验证,然后通过对MEF2D重排的基因进行结构和功能特征的研究,发现了HDAC9与MEF2D重排的白血病细胞间的关系。 3、在小鼠身上进行存在有MEF2D重排的白血病细胞的异种移植,且在体外对得到的白血病细胞进行化疗...
1 ng, and 1000 ng Universal Human Reference RNA (UHRR) were used as input for rRNA depletion with RiboCop and library preparation using CORALL Total RNA-Seq V2. Libraries were sequenced on Illumina® NextSeq500 (2×150 bp). The number of detected genes is plotted against the number of...
技术的进步,特别是NGS的全外显子组、基因组和转录组测序(RNA-seq)的引入,极大地提高了我们检测这些驱动基因突变的能力。NGS可以检测常规检测不明显的重排,如DUX4重排ALL,或这些重排汇集在单个基因上。 最近,Gu等人描述了B细胞ALL(B-ALL)的“修...
研究团队首先对临床特征与药物敏感性的相关性进行了检测。通过5447次50%致死浓度(LC50)检测,得到805位ALL患儿样本对18种化疗药物的敏感性,随后通过RNA-seq将上述样本分为23个亚型(图1)。结果显示,不同个体间的药物敏感性差异较大,平均变异系数为55.3%。
通过全外显子测序和RNA-seq分析，我们发现BCR::ABL1阳性ALL患者中存在多种基因变异和表达异常。其中，HBS1L缺失或单体7、IKZF1-/-等基因变异在不同亚型中存在显著差异。此外，我们还发现不同亚型的基因表达谱存在明显的聚类现象，这些聚类与患者的临床特征和预后密切相关。例如，某些基因表达簇的激活与患者的生存期...