RNA-Seq Applications RNA-Seq is used to measure gene and transcript abundance levels, and to assess qualitative information of the transcriptome of all species. It is commonly used to: perform differential expression analysis, identify and quantify transcript isoforms, ...
RNA-seq检测到新的PTEN-ATAD融合基因的表达。同时还检测到TCF7-CSF1R(图2C)和ETV6-CRX(图2D)两个新的候选T-ALL驱动融合。综上所述,这些数据表明RNA-seq在识别儿童T-ALL中新的融合以及潜在靶向驱动融合方面有独特优势。 图2 T-ALL中的...
1 ng, and 1000 ng Universal Human Reference RNA (UHRR) were used as input for rRNA depletion with RiboCop and library preparation using CORALL Total RNA-Seq V2. Libraries were sequenced on Illumina® NextSeq500 (2×150 bp). The number of detected genes is plotted against the number of...
CORALL文库构建基于特有的链置换终止和连接技术,首先置换终止引物(DSP,包含P7序列)3’端可随机结合到RNA模板上,然后进行反转录延伸,当延伸到下一个DSP时,延伸终止,因此文库构建过程不需要进行片段化。插入片段的大小取决于两个结合到模板RNA上DSP的距离。此外,这种终止可阻止伪第二链的合成,保持出色的链特异性。寡...
他们推测，RNA-Seq已用于发现B-ALL的新分子亚型，也可能成为临床上对B-ALL病例进行诊断分类的有用工具。为了检验这一假设，研究人员通过临床核型分析、荧光原位杂交、染色体微阵列以及下一代测序DNA和RNA融合面板测试，分析了28例已知亚型的B-ALL病例和48例未确定亚型的RNA-Seq数据。RNA-Seq分析准确识别了所有28例...
他们推测,RNA-Seq已用于发现B-ALL的新分子亚型,也可能成为临床上对B-ALL病例进行诊断分类的有用工具。 为了检验这一假设,研究人员通过临床核型分析、荧光原位杂交、染色体微阵列以及下一代测序DNA和RNA融合面板测试,分析了28例已知亚型的B-ALL病例和48例未确定亚型的RNA-Seq数据。RNA-Seq分析准确识别了所有28例已知...
为解决儿童 B-ALL 复发预测难题,南方医科大学南方医院研究人员整合 RNA-seq 数据开展相关研究。他们构建了 PCD 相关的复发预测模型,还明确多种 PCD 模式与复发的关系。该成果对疾病研究及个性化治疗意义重大,值得科研读者一读。 南方医科大学南方医院儿科的研究人员 Yaxin Luo、Lin Tan、Chuikai Meng 等人在《Scientif...
其中,768例进行了全基因组测序(WGS),1808例进行了单核苷酸变异测定(SNP),1729例进行了初诊及缓解期样本的全外显子测序(WEG),1889例进行了肿瘤的全转录组测序(RNA-seq)。 结合2754名ALL儿童患者的全基因组、外显子组和转录组测序,...
1、先对560名ALL病人进行RNA-seq,发现到新的染色体重排结果,其中包括MEF2D-BCL9重排。 2、在1164名ALL病人中得到验证,然后通过对MEF2D重排的基因进行结构和功能特征的研究,发现了HDAC9与MEF2D重排的白血病细胞间的关系。 3、在小鼠身上进行存在有MEF2D重排的白血病细胞的异种移植,且在体外对得到的白血病细胞进行化疗...
研究团队首先对临床特征与药物敏感性的相关性进行了检测。通过5447次50%致死浓度(LC50)检测,得到805位ALL患儿样本对18种化疗药物的敏感性,随后通过RNA-seq将上述样本分为23个亚型(图1)。结果显示,不同个体间的药物敏感性差异较大,平均变异系数为55.3%。