RNA-Seq Applications RNA-Seq is used to measure gene and transcript abundance levels, and to assess qualitative information of the transcriptome of all species. It is commonly used to: perform differential expression analysis, identify and quantify transcript isoforms, ...
RNA-seq检测到新的PTEN-ATAD融合基因的表达。同时还检测到TCF7-CSF1R(图2C)和ETV6-CRX(图2D)两个新的候选T-ALL驱动融合。综上所述,这些数据表明RNA-seq在识别儿童T-ALL中新的融合以及潜在靶向驱动融合方面有独特优势。 图2 T-ALL中的...
Correlation analysis of CORALL total RNA-Seq libraries from 1 ng total RNA input prior to rRNA depletion with RiboCop reveals excellent reproducibility for libraries of all sizes (Fig. 2). Figure 2 | Excellent reproducibility between replicates for low input RNA. Correlation analysis between replica...
CORALL文库构建基于特有的链置换终止和连接技术,首先置换终止引物(DSP,包含P7序列)3’端可随机结合到RNA模板上,然后进行反转录延伸,当延伸到下一个DSP时,延伸终止,因此文库构建过程不需要进行片段化。插入片段的大小取决于两个结合到模板RNA上DSP的距离。此外,这种终止可阻止伪第二链的合成,保持出色的链特异性。寡...
急性淋巴细胞白血病(ALL)是最常见的儿童癌症，占所有儿科病例的30%以上。发表在《分子诊断杂志》上的一项研究证实了采用RNA测序分析(RNA-Seq)用于小儿B急性淋巴细胞白血病(B-ALL)分子亚型临床诊断的可行性。这种针对B-ALL的有前景且具有效益，可能会带来更准确的诊断以及有针对性的治疗选择。ALL包含一系列不同的分子...
他们推测,RNA-Seq已用于发现B-ALL的新分子亚型,也可能成为临床上对B-ALL病例进行诊断分类的有用工具。 为了检验这一假设,研究人员通过临床核型分析、荧光原位杂交、染色体微阵列以及下一代测序DNA和RNA融合面板测试,分析了28例已知亚型的B-ALL病例和48例未确定亚型的RNA-Seq数据。RNA-Seq分析准确识别了所有28例已知...
研究通过 RNA-seq 和 scRNA-seq 综合分析,确定了 9 种与 B-ALL 复发密切相关的 PCD 模式。对其中部分模式涉及的模型基因进行深入研究发现,如细胞凋亡相关的 BIK、BCL2L2 和 WWOX 基因,自噬相关的 TSPO 和 PIP4K2C 基因,坏死性凋亡相关的 MLKL 和 STAT2 基因等,它们在 B-ALL 的发展、耐药及复发过程中发...
其中,768例进行了全基因组测序(WGS),1808例进行了单核苷酸变异测定(SNP),1729例进行了初诊及缓解期样本的全外显子测序(WEG),1889例进行了肿瘤的全转录组测序(RNA-seq)。 结合2754名ALL儿童患者的全基因组、外显子组和转录组测序,...
基于以上测序平台,华大智造提供从样本提取到数据分析的SEQ ALL全流程工具。同时,华大智造先后推出了多款测序文库制备试剂套装,这些试剂套装与测序仪深度磨合,能够更好地匹配用户的多样化应用场景,涵盖了DNA、外显子组、RNA、甲基化等多种测序文库类型。此外,华大智造提供App系列产品,适配多种接头的文库,兼容性强;可...
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