MeRIP-seq是参考Chip-seq发展出来的鉴定RNA修饰的一种方法,目前meRIP-seq已成功应用于m6A和m5C。其原理和步骤为首先通过Olig dT捕获mRNA,或者通过rRNA探针去除rRNA,然后将获得的RNA打成100nt左右的小片段;之后使用修饰特异的抗体(m6A或m5C抗体)进行免疫共沉淀,含有修饰的RNA片段被富集并回收;进而对回收的RNA进行文库构...
这些m6A修饰在剪接的病毒mRNA中比在基因组RNA中更密集,在维持HIV-1 RNA正常剪接和翻译水平方面发挥着关键作用。同时发现HIV-1产生具有不同m6A组合的多种RNA亚种,通过保持多种m6A模式增强其稳定性和适应性,提出了一种基于RNA水平的新型病毒进化策略。总之,该研究不仅强调了HIV-1 RNA中m6A修饰的保守性和对病毒生命周...
在全长转录组基础之上,ONT-三代测序平台的直接RNA测序(Direct RNA-seq),相对于传统的反转录cDNA - PCR扩增(二代和三代RNA-seq测序都有相应的建库方案)流程,其能够保留并检测天然RNA碱基修饰信息,还原真实RNA特征,也省去了传统 RNA m6A甲基化修饰繁琐的实验检测步骤, 如 MeRIP-seq/m6A-seq和m6A-SEAL-seq等 。
Direct RNA测序是基于Nanpore测序平台,第一次实现转录组水平的RNA直接测序。相比于传统二代RNA-Seq技术,Direct RNA测序不经反转录,无需扩增,直接读取全长转录本,无测序偏好性,可获取poly(A)尾的信息,诺禾致源Direct RNA结题报告在转录本分析的基础上...
相比于传统的RNA测序技术(如RNA-Seq),Direct RNA测序不经反转、无需扩增,直接读取全长RNA分子,可以检测单个RNA分子的m6A、m5C和假尿苷(Ψ)等修饰位点,准确分析可变剪切和鉴定isoform,还原真实的RNA特征,能够以更深的维度、更广的视角揭示从表型到分子的内在调控变化,结合定量定性验证以及功能机制探究,深入解析生物学...
传统的RNA测序技术(如RNA-Seq)通常需要将RNA先反转录为cDNA,经过扩增后再进行测序。这个过程不仅过程繁琐,还可能引入偏差,从而可能影响结果的准确性。而直接RNA测序技术(Direct RNA Sequencing,简称DRS)能够直接对RNA分子测序,无需转录为cDNA,直接获得mRNA的序列及其修饰信息。贝纳基因的DRS分析内容,主要分为以下三大核心...
Helicos BioSciences公司在2009年开发出一种DirectRNA测序方法,该方法不依赖于将RNA转换成cDNA,SeqLL公司目前将这种方法作为一种服务提供给用户。然而这种方法读长非常短,约为20~50bp。Turner认为,Helicos将他们的方法当做是DirectRNA测序方法,是有争议的,因...
相较于RNA-seq,基于Nanopore三代测序平台的转录组研究,无需打断,直接读取5’ 端到3’-PolyA的高质量完整转录本,准确鉴定可变剪接、新基因/新异构体、可变多聚腺苷酸化、融合基因等,完善基因组注释。此外,Nanopore平台更拥有独一无二的Direct RNA测序方式。
近年来新兴的纳米孔测序技术能够对长链RNA直接测序（nanopore direct RNA-sequencing），无需 PCR 扩增，可以同时在核苷酸序列中识别碱基修饰【3,4】。2021年7月19日，来自于新加坡A*STAR基因研究所的Jonathan Göke 研究组在Nature Biotechnology杂志上发表了题为Identification of differential RNA modifications from ...
在全长转录组基础之上,ONT - 三代测序平台的直接RNA测序(Direct RNA-seq),相对于传统的反转录cDNA - PCR扩增(二代和三代RNA-seq测序都有相应的建库方案)流程,其能够保留并检测天然RNA碱基修饰信息,还原真实RNA特征,也省去了传统 RNA m6A甲基化修饰繁琐的实验检测步骤, 如 MeRIP-seq/m6A-seq和m6A-SEAL-seq等...