ONT poly(A)-iso-seq文库准备示意图 Direct RNA测序(DRS) Direct RNA测序(Direct RNA Sequencing,简称DRS)是一种利用Nanopore平台进行的转录组研究技术。这项技术能够直接读取全长转录本,无需经过反转录或扩增步骤,因此可以避免这些过程中可能产生的偏差和错误。Direct RNA测序不仅能够检测RNA分子的甲基化修饰,还能解析...
相比于传统的RNA测序技术(如RNA-Seq),Direct RNA测序不经反转、无需扩增,直接读取全长RNA分子,可以检测单个RNA分子的m6A、m5C和假尿苷(Ψ)等修饰位点,准确分析可变剪切和鉴定isoform,还原真实的RNA特征,能够以更深的维度、更广的视角揭示从表型到分子的内在调控变化,结合定量定性验证以及功能机制探究,深入解析生物学...
在全长转录组基础之上,ONT - 三代测序平台的直接RNA测序(Direct RNA-seq),相对于传统的反转录cDNA - PCR扩增(二代和三代RNA-seq测序都有相应的建库方案)流程,其能够保留并检测天然RNA碱基修饰信息,还原真实RNA特征,也省去了传统 RNA m6A甲基化修饰繁琐的实验检测步骤, 如 MeRIP-seq/m6A-seq和m6A-SEAL-seq等...
结果表明，nanopore direct RNA-seq/xPore鉴定的m6A位点与基于二代测序的m6ACE-seq （m6A-cross- linking-exonuclease sequencing ）结果高度一致，90% xPore鉴定出的显著性m6A位点（top significant 1500 positions）与DRACH motif (D=G/A/U, R=G/A, H=A/U/C，最常见的m6A motif) 或者其他已知m6A位点高度...
传统的RNA测序技术(如RNA-Seq)通常需要将RNA先反转录为cDNA,经过扩增后再进行测序。这个过程不仅过程繁琐,还可能引入偏差,从而可能影响结果的准确性。而直接RNA测序技术(Direct RNA Sequencing,简称DRS)能够直接对RNA分子测序,无需转录为cDNA,直接获得mRNA的序列及其修饰信息。贝纳基因的DRS分析内容,主要分为以下三大核心...
相比于传统的RNA测序技术(如RNA-Seq),Direct RNA测序不经反转、无需扩增,直接读取全长RNA分子,可以检测单个RNA分子的m6A、m5C和假尿苷(Ψ)等修饰位点,准确分析可变剪切和鉴定isoform,还原真实的RNA特征,能够以更深的维度、更广的视角揭示从表型到分子的内在调控变化,结合定量定性验证以及功能机制探究,深入解析生物学...
结果表明,nanopore direct RNA-seq/xPore鉴定的m6A位点与基于二代测序的m6ACE-seq(m6A-cross- linking-exonuclease sequencing )结果高度一致,90% xPore鉴定出的显著性m6A位点(top significant 1500 positions)与DRACH motif(D=G/A/U, R=G...
相比于传统二代RNA-Seq技术,Direct RNA测序不经反转录,无需扩增,直接读取全长转录本,无测序偏好性,可获取poly(A)尾的信息,诺禾致源Direct RNA结题报告在转录本分析的基础上增加poly(A)尾分析和甲基化分析,一份报告多份结果,为您科研道路保驾护航。
Figure 1 (a) Direct RNA-seq文库的制备方法;(b)一个转录本通过纳米孔引起的电流信号 此外,文章还指出direct RNA测序还可以从测序信号中直接读取样本的可变多聚腺苷酸化信息(Fig.1b)和碱基修饰信息(Fig.2)。 Fig. 2 合成RNA链上的碱基修饰检测
将direct RNA 和 Illumina cDNA测序reads比对到参考基因组上,计算reads对基因的比对情况和覆盖度(Fig.4),direct RNA比对上的reads数量为2,045,748 (63.43%);Illumina RNA-seq reads比上的数量为708,592,030 (98.22%)。direct RNA 和 Illumina cDNA测序reads在对基因的覆盖方面,相关度很高(Spearman’s rho = ...