7.Price A M, Hayer K E, McIntyre A B R, et al. Direct RNA sequencing reveals m6A modifications on adenovirus RNA are necessary for efficient splicing[J]. Nature Communications, 2020, 11(1): 6016. 8.Sun B, Bhati K K, Song P, et al. FIONA1-mediated methylation of the 3’UTR of...
所用的试剂盒为Direct RNA Sequencing Kit (SQK-RNA004),首先准备 poly(A) 富集的mRNA (300ng/8ul) 或者总RNA(1ug/8ul) ,通过 poly(T) 引物反转录合成cDNA链(稳定mRNA),为RNA-cDNA加上测序接头,最后在MinION或PromethION芯片上进行测序(图11),建库总用时大约为2小时15分钟。互补cDNA链不会被测序,只是...
牛津纳米孔技术公司(Oxford Nanopore Technologies)的研究人员开发出了一种在MioIon纳米孔测序仪上进行DirectRNA测序(direct RNA sequencing)的方法,近期发表在预印本网站bioRxiv上。 Oxford Nanopore公司应用程序高级主管、文章通讯作者DanielTurner说,公司计划...
传统的RNA测序技术(如RNA-Seq)通常需要将RNA先反转录为cDNA,经过扩增后再进行测序。这个过程不仅过程繁琐,还可能引入偏差,从而可能影响结果的准确性。而直接RNA测序技术(Direct RNA Sequencing,简称DRS)能够直接对RNA分子测序,无需转录为cDNA,直接获得mRNA的序列及其修饰信息。贝纳基因的DRS分析内容,主要分为以下三大核心...
Direct RNA Sequencing(DRS)基于Nanopore测序平台,不经反转录、无需扩增,直接读取全长转录本,无测序偏好性。可以检测RNA分子上的(m6A、m5C和假尿苷)等甲基化修饰位点;能准确分析可变剪切、融合基因和鉴定新转录本;此外,还可对Poly(A)尾长度和位点进行相对准确的估算和预测,还原真实RNA特征。
所用的试剂盒为Direct RNA Sequencing Kit (SQK-RNA004),首先准备poly(A)富集的mRNA (300ng/8ul) 或者总RNA(1ug/8ul) ,通过poly(T)引物反转录合成cDNA链(稳定mRNA),为RNA-cDNA加上测序接头,最后在MinION或PromethION芯片上进行测序(图11),建库总用时大约为2小时15分钟。互补cDNA链不会被测序,只是为了提升...
传统的RNA测序技术(如RNA-Seq)通常需要将RNA先反转录为cDNA,经过扩增后再进行测序。这个过程不仅过程繁琐,还可能引入偏差,从而可能影响结果的准确性。而直接RNA测序技术(Direct RNA Sequencing,简称DRS)能够直接对RNA分子测序,无需转录为cDNA,直接获得mRNA的序列及其修饰信息。贝纳基因的DRS分析内容,主要分为以下三大核心...
方法:20 µg Total RNA,调取约600ng PolyA RNA;GridION平台,direct RNA sequencing 结果 1、线虫测序数据统计及全长转录本鉴定 选取线虫发育的L1、L2、L3、L4、幼年成虫(YA)和成虫时期,以及雄性成虫,其中幼年成虫和成虫雌雄同体,对其进行direct RNA测序,每个时期两个技术重复。共计获得5.54M reads,其平均长度为...
2021年7月19日，来自于新加坡A*STAR基因研究所的Jonathan Göke 研究组在Nature Biotechnology杂志上发表了题为Identification of differential RNA modifications from nanopore direct RNA sequencing with xPore的论文，开发了一种基于nanopore direct RNA-seq的RNA修饰差异化分析计算方法xPore。xPore可以实现单碱基水平...
实验材料:秀丽隐杆线虫胚胎(EMB)、幼虫(L1)和成虫(YA)三个阶段的总RNA 方法:MinION (ONT),direct RNA sequencing 研究结果 1. Reads长度和可映射性统计 研究者用纯化后的带有poly(A)尾的RNA直接测序,从三个不同发育阶段的样品中共得到约600万条长reads,每个阶段获得的reads数均在160万条以上。这些reads的平均...