通过Northern blot验证RNA的表达情况,且对目的片段大小检测等有较高的灵敏度:Northern Blot 采用琼脂糖凝胶电泳,根据分子量大小不同将不同的RNA分离开来,将其原位转移至固相支持物(如尼龙膜、纤维膜等)上,再用标记过的DNA或RNA探针,依据碱基互补配对的原则进行杂交,然后进行显影或显色,以检测目标RNA所在位置,而其显...
而直接RNA测序技术(Direct RNA Sequencing,简称DRS)只需将mRNA单链反转录为RNA - cDNA双链后就能直接对其测序,整个过程无RNA/cDNA 双链转DNA双链和PCR扩增过程,直接获得mRNA的序列及其碱基修饰信息(图6)。 由于牛津纳米孔科技(Oxford Nanopore Technologies,ONT)三代测序平台的技术原理 ---RNA/cDNA双链能直接在马...
该研究反驳了m6A修饰普遍存在于胞质RNA病毒的观点,并强调利用多种技术验证RNA修饰的必要性。 图3 CHIKV RNA的DRS分析没有检测到抗体依赖性m6A peak内的修饰 案例四 Direct RNA 测序揭示了腺病毒 RNA 上的 m6A 修饰是有效剪接所必需的 英文标题:Direct RNA sequencing reveals m6A modifications on adenovirus RNA a...
Direct RNA Sequencing(DRS)基于Nanopore测序平台,不经反转录、无需扩增,直接读取全长转录本,无测序偏好性。可以检测RNA分子上的(m6A、m5C和假尿苷)等甲基化修饰位点;能准确分析可变剪切、融合基因和鉴定新转录本;此外,还可对Poly(A)尾长度和位点进行相对准确的估算和预测,还原真实RNA特征。 在完成DRS测序后,通常需...
ONT - Direct RNA Sequecing (DRS,直接RNA测序)技术能够对天然全长RNA链进行测序,同时能够保留并检测RNA碱基的修饰信息,并能够相对准确地估算 poly(A) 尾的长度,从而还原RNA的真实特征。" 图1. Direct RNA Sequencing | Nature Method封面技术 (2018年1月)...
传统的RNA测序技术(如RNA-Seq)通常需要将RNA先反转录为cDNA,经过扩增后再进行测序。这个过程不仅过程繁琐,还可能引入偏差,从而可能影响结果的准确性。而直接RNA测序技术(Direct RNA Sequencing,简称DRS)能够直接对RNA分子测序,无需转录为cDNA,直接获得mRNA的序列及其修饰信息。贝纳基因的DRS分析内容,主要分为以下三大核心...
为RNA分子的表观遗传研究提供了强大的技术支持。参考文献：Gao, Yubang et al. Quantitative profiling of N6-methyladenosine at single-base resolution in stem-differentiating xylem of Populus trichocarpa using Nanopore direct RNA sequencing. Genome Biology, 2021 ...
We have developed a direct RNA sequencing (DRS) approach, in which, unlike other technologies, RNA is sequenced directly without prior conversion to cDNA. The benefits of DRS include the ability to use minute quantities (e.g. on the order of several femtomoles) of RNA with minimal sample ...
Direct RNA sequencing https://community.nanoporetech.com/protocols/direct-rna-sequencing/v/drs_9026_v1_revj_15dec201 (2016). The HDF Group. Hierarchical data format, version 5, 1997–2017. http://www.hdfgroup.org/HDF5/. Quinlan, A.R. & Hall, I.M. BEDTools: a flexible suite of ...
DRS of theArabidopsistranscriptome To understand the impact of TEs on RNA processing and the prevalence of chimeric TE-G transcript formation in theArabidopsistranscriptome, we exploited ONT-DRS, which allows for native long-transcript sequencing46. DRS with wild-type Columbia (Col-0) seedlings (Sup...