Direct RNA Sequencing(DRS)基于Nanopore测序平台,不经反转录、无需扩增,直接读取全长转录本,无测序偏好性。可以检测RNA分子上的(m6A、m5C和假尿苷)等甲基化修饰位点;能准确分析可变剪切、融合基因和鉴定新转录本;此外,还可对Poly(A)尾长度和位点进行相对准确的估算和预测,还原真实RNA特征。 在完成DRS测序后,通常需...
牛津纳米孔技术公司(Oxford Nanopore Technologies)的研究人员开发出了一种在MioIon纳米孔测序仪上进行DirectRNA测序(direct RNA sequencing)的方法,近期发表在预印本网站bioRxiv上。 Oxford Nanopore公司应用程序高级主管、文章通讯作者DanielTurner说,公司计划...
而直接RNA测序技术(Direct RNA Sequencing,简称DRS)只需将mRNA单链反转录为RNA - cDNA双链后就能直接对其测序,整个过程无RNA/cDNA 双链转DNA双链和PCR扩增过程,直接获得mRNA的序列及其碱基修饰信息(图6)。 由于牛津纳米孔科技(Oxford Nanopore Technologies,ONT)三代测序平台的技术原理 ---RNA/cDNA双链能直接在马...
Direct RNA Sequencing(DRS)基于Nanopore测序平台,不经反转录、无需扩增,直接读取全长转录本,无测序偏好性。可以检测RNA分子上的(m6A、m5C和假尿苷)等甲基化修饰位点;能准确分析可变剪切、融合基因和鉴定新转录本;此外,还可对Poly(A)尾长度和位点进行相对准确的估算和预测,还原真实RNA特征。 在完成DRS测序后,通常需...
Direct RNA测序(DRS)基于Nanopore测序平台,不经反转录、无需扩增,直接读取全长转录本,无测序偏好性。可以检测单个RNA分子上单碱基的m6A、m5C和假尿苷等RNA修饰位点;能准确分析可变剪切、APA、融合基因和鉴定新转录本;此外,还可对Poly(A)长度进行相对准确的估算,还原真实的RNA特征。
方法:20 µg Total RNA,调取约600ng PolyA RNA;GridION平台,direct RNA sequencing 结果 1、线虫测序数据统计及全长转录本鉴定 选取线虫发育的L1、L2、L3、L4、幼年成虫(YA)和成虫时期,以及雄性成虫,其中幼年成虫和成虫雌雄同体,对其进行direct RNA测序,每个时期两个技术重复。共计获得5.54M reads,其平均长度为...
近年来新兴的纳米孔测序技术能够对长链RNA直接测序（nanopore direct RNA-sequencing），无需 PCR 扩增，可以同时在核苷酸序列中识别碱基修饰【3,4】。2021年7月19日，来自于新加坡A*STAR基因研究所的Jonathan Göke 研究组在Nature Biotechnology杂志上发表了题为Identification of differential RNA modifications from ...
然而二代RNA测序技术存读长较短,依赖mRNA反转录和PCR扩增,系统偏向性的缺陷。近年来新兴的纳米孔测序技术能够对长链RNA直接测序(nanopore direct RNA-sequencing),无需 PCR 扩增,可以同时在核苷酸序列中识别碱基修饰【3,4】。 2021年7月19日...
4. Gao Y, Liu X, Wu B, Wang H, Xi F, Kohnen MV, Reddy ASN, Gu L. Quantitative profiling of N6-methyladenosine at single-base resolution in stem-differentiating xylem of Populus trichocarpa using Nanopore direct RNA sequencing. Genome Biol. 2021....
Direct RNA测序是一种高度平行的、实时单分子测序方法,绕过了反转录和扩增步骤,可获得全长、链特异性的RNA序列,并能直接检测RNA中的核苷酸类似物。 bioRxiv: 人类天然poly(A) RNA转录组测序[2] 来自约翰霍普金斯大学的研究者利用Nanopore测序技术完成了对人GM12878细胞系中的天然poly(A) RNA分子的直接测序,其研究...