2021年7月19日，来自于新加坡A*STAR基因研究所的Jonathan Göke 研究组在Nature Biotechnology杂志上发表了题为Identification of differential RNA modifications from nanopore direct RNA sequencing with xPore的论文，开发了一种基于nanopore direct RNA-seq的RNA修饰差异化分析计算方法xPore。xPore可以实现单碱基水平...
结果表明,nanopore direct RNA-seq/xPore鉴定的m6A位点与基于二代测序的m6ACE-seq(m6A-cross- linking-exonuclease sequencing )结果高度一致,90% xPore鉴定出的显著性m6A位点(top significant 1500 positions)与DRACH motif(D=G/A/U, R=G...
QTL-Seq MutMap 转录调控 Isoform 定量全长转录组 Direct RNA 测序 全长lncRNA测序 TAIL Iso-seq 单细胞转录组测序 单细胞全长转录组 全长转录本Reference图谱 Long non-coding RNAs测序 多组学研究方案 普通转录组测序 微生物多样性 抗生素抗性基因分析 全长宏基因组 全长微生物多样性 二代微生物多样性 医学...
结果表明,nanopore direct RNA-seq/xPore鉴定的m6A位点与基于二代测序的m6ACE-seq(m6A-cross- linking-exonuclease sequencing )结果高度一致,90% xPore鉴定出的显著性m6A位点(top significant 1500 positions)与DRACH motif(D=G/A/U, R=G/A, H=A/U/C,最常见的m6A motif)或者其他已知m6A位点高度重合。为检...
QTL-Seq MutMap 转录调控 Isoform 定量全长转录组 Direct RNA 测序 全长lncRNA测序 TAIL Iso-seq 单细胞转录组测序 单细胞全长转录组 全长转录本Reference图谱 Long non-coding RNAs测序 多组学研究方案 普通转录组测序 微生物多样性 抗生素抗性基因分析 全长宏基因组 全长微生物多样性 二代微生物多样性 医学...
nanopore sequencing 因为可以读取全长并且直接捕获RNA序列而不需要担心反转录过程中的实验影响而比较适合于RNA修饰的检测。 3. 文献研究 (开了坑不过没时间跟踪这些文献了,先留个坑,之后有空做到这个部分分析的时候再来补) 3.1 Nanopore direct RNA sequencing maps the complexity of Arabidopsis mRNA processing and ...
长读长测序可以将reads比对到转录本,鉴定可变启动子和剪接的关联,能够从重复区域鉴定新转录本,促进全长融合转录本定量,并且能够从direct RNA测序数据中分析m6A修饰。该研究充分体现了Nanopore RNA-seq的优势,并提供了在isoform水平解析复杂人细胞系转录组的基准。
本周一,Nature Methods在线发表Oxford Nanopore direct RNA测序技术测评文章,结果表明,【不经反转、无须扩增的RNA直接测序】能获得全长的链特异性RNA,无测序偏好性,并同时记录碱基修饰,为后续研究基因结构和基因表达,提供新技术新方法。 direct RNA建库测序
如果你进行两次、三次或四次读取并将它们组合在一起,那么基本上可以获得 100% 的准确度。此前,我们专门介绍过采用纳米孔直接 RNA 测序技术(Direct RNA sequenceing,DRS)分析 mRNA-1273 序列,测量 PloyA 尾巴长度(首次发现新冠mRNA疫苗体内聚腺苷酸化,增长PolyA尾巴)。
如果你进行两次、三次或四次读取并将它们组合在一起,那么基本上可以获得 100% 的准确度。此前,我们专门介绍过采用纳米孔直接 RNA 测序技术(Direct RNA sequenceing,DRS)分析mRNA-1273序列,测量 PloyA 尾巴长度(首次发现新冠mRNA疫苗体内聚腺苷酸化,增长PolyA尾巴)。