在本项研究中，作者仅使用了2.5 μg 的骨髓瘤临床样品total RNA（direct RNA-seq 推荐量：50 μg）用于xPore m6A位点检测，利用METTL3-KO HEK293T细胞作为未修饰对照进行xPore模型建立，克服了临床样品缺乏相应对照组的问题。综上，该研究开发了一种基于Nanopore direct RNA测序的RNA甲基化差异分析计算方法，实现...
1. 什么是Nanopore 测序 测序大家都并不陌生,通过RNA-seq等测序技术我们了解了很多调控的信息。但是这些测序往往是短读长(short read)或者是cDNA测序的结果,对于一些链特异性的结果,我们需要通过对应的测序技术等等。nanopore是第三代的测序技术,主要通过在nanopore周围添加电解液,电压驱动以及驱动蛋白牵引带电粒子的方式...
Nanopore is the only technology that can directly sequence RNA strands without reverse transcription or PCR reactions. Nanopore direct RNA sequencing technology sequences natural RNA, allowing it to retain and detect RNA base modification information, estimate the poly(A) tail length relatively accurately...
将direct RNA 和 Illumina cDNA测序reads比对到参考基因组上,计算reads对基因的比对情况和覆盖度(Fig.4),direct RNA比对上的reads数量为2,045,748 (63.43%);Illumina RNA-seq reads比上的数量为708,592,030 (98.22%)。direct RNA 和 Illumina cDNA测序reads在对基因的覆盖方面,相关度很高(Spearman’s rho = 0...
1. 作为长读长测序技术,能减少短读长测序打断后重新拼接带来的歧义,结果准确度更高、更可信; 2. 能够直接对RNA进行测序,避免逆转录和PCR扩增导致的RNA修饰信息缺失; 3. 可以直接检测m6A等碱基修饰,配合优化的算法,获得无损的m6A单碱基分辨率图谱; 4. 一次测序,多套数据:转录组图谱、m6A修饰图谱、异构体、可变剪...
近日,福建农林大学海峡联合研究院林学中心顾连峰教授研究组在Plant Physiology发表了题为“Drought induces epitranscriptome and proteome changes in stem-differentiating xylem of Populus trichocarpa”的研究论文,揭示了毛果杨次生木质部中RNA全长转录本比率、N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine, m6A)修饰率、Poly(A)位点...
Nanopore 长读长可以提高RNA外显子与外显子连接区域的分辨率,从而挖掘未注释的isoform。应用Nanopore Direct RNA测序,结合FLAIR工具,鉴定到10793个基因,这些基因一共注释到33984个isoform,52.6%未注释到剪切位点 (占总reads的13.0%)(图4a)。 研究发现非编码基因的剪切类型比编码基因更为复杂(图4b),这与之前的研究...
一类是依赖参考基因组及其注释文件,如FLAIR,TAMA,TALON等;一类是reference-free,如IsoSeq,LyRic。还有就是老牌RNA-seq分析软件,StringTie2,可以结合short reads(二代测序数据)和 long reads(三代测序数据);IsoQuant和StringTie2既能依赖参考基因组注释,也能de novoannotation-free重构全长转录本。
Characterizing complex viral transcriptomes by conventional RNA sequencing approaches is complicated by high gene density, overlapping reading frames, and complex splicing patterns. Direct RNA sequencing (direct RNA-seq) using nanopore arrays offers an e
While RNA-seq has proven invaluable in elucidating various transcriptomic features, inherent limitations persist (Lorenz et al., 2020; Zhong et al., 2023). The RNA-seq process, involving reverse transcription of RNA to complementary DNA (cDNA) followed by sequencing, can introduce biases and ...