在本项研究中，作者仅使用了2.5 μg 的骨髓瘤临床样品total RNA（direct RNA-seq 推荐量：50 μg）用于xPore m6A位点检测，利用METTL3-KO HEK293T细胞作为未修饰对照进行xPore模型建立，克服了临床样品缺乏相应对照组的问题。综上，该研究开发了一种基于Nanopore direct RNA测序的RNA甲基化差异
1. 什么是Nanopore 测序 测序大家都并不陌生,通过RNA-seq等测序技术我们了解了很多调控的信息。但是这些测序往往是短读长(short read)或者是cDNA测序的结果,对于一些链特异性的结果,我们需要通过对应的测序技术等等。nanopore是第三代的测序技术,主要通过在nanopore周围添加电解液,电压驱动以及驱动蛋白牵引带电粒子的方式...
更值得一提的是,文章中大量使用了nanopore direct RNA sequencing(DRS)技术,为我们展示了这一前沿测序技术在研究RNA分子特征上的独特优势。 背景知识:mTOR和LARP1的那些事儿 mTOR(哺乳动物雷帕霉素靶点)是一种丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,它在细胞生长和代谢中扮演关键角色。mTOR信号通路通过整合营养物质、生长因子和能量状...
Nanopore is the only technology that can directly sequence RNA strands without reverse transcription or PCR reactions. Nanopore direct RNA sequencing technology sequences natural RNA, allowing it to retain and detect RNA base modification information, estimate the poly(A) tail length relatively accurately...
Direct RNA测序是一种高度平行的、实时单分子测序方法,绕过了反转录和扩增步骤,可获得全长、链特异性的RNA序列,并能直接检测RNA中的核苷酸类似物。 bioRxiv: 人类天然poly(A) RNA转录组测序[2] 来自约翰霍普金斯大学的研究者利用Nanopore测序技术完成了对人GM12878细胞系中的天然poly(A) RNA分子的直接测序,其研究...
What direct RNA nanopore sequencing can bring to research across numerous applications, with a worked example. Authors:Libby Snell, Director, RNA and cDNA Sample Technology (R&D), Oxford Nanopore, Daniel Garalde, Associate Director - Technology Markets, Oxford Nanopore ...
Characterizing complex viral transcriptomes by conventional RNA sequencing approaches is complicated by high gene density, overlapping reading frames, and complex splicing patterns. Direct RNA sequencing (direct RNA-seq) using nanopore arrays offers an e
为了将RNA直接测序应用于单位点分辨率的RNA修饰从头测序,研究员研发了利用纳米孔RNA直接测序的m6A鉴定软件(MINES),对HEK293T细胞转录本进行了分析,鉴定超过13,000个之前未注释的DRACH位点的m6A甲基化状态;还在人乳腺上皮细胞(包括异构体)中鉴定得40,000个位点,这些位点分别对m6A writer、METTL3、eraser、ALKBH5敏感。
该研究应用Nanopore Direct RNA测序技术研究中华鳖转录组的复杂性。与M表型相比,F表型可变剪接差异显著。m5C和m6A两种RNA甲基化修饰在不同性别表型之间存在差异,并对关键基因的m6A甲基化水平进行了验证。该研究揭示了生物表观遗传在中华鳖性逆转过程中扮演的重要作用。