在本项研究中，作者仅使用了2.5 μg 的骨髓瘤临床样品total RNA（direct RNA-seq 推荐量：50 μg）用于xPore m6A位点检测，利用METTL3-KO HEK293T细胞作为未修饰对照进行xPore模型建立，克服了临床样品缺乏相应对照组的问题。综上，该研究开发了一种基于Nanopore direct RNA测序的RNA甲基化差异分析计算方法，实现...
1. 什么是Nanopore 测序 测序大家都并不陌生,通过RNA-seq等测序技术我们了解了很多调控的信息。但是这些测序往往是短读长(short read)或者是cDNA测序的结果,对于一些链特异性的结果,我们需要通过对应的测序技术等等。nanopore是第三代的测序技术,主要通过在nanopore周围添加电解液,电压驱动以及驱动蛋白牵引带电粒子的方式...
Nanopore is the only technology that can directly sequence RNA strands without reverse transcription or PCR reactions. Nanopore direct RNA sequencing technology sequences natural RNA, allowing it to retain and detect RNA base modification information, estimate the poly(A) tail length relatively accurately...
传统二代测序实际上是一种短读长RNA-seq,难以获得完整的转录本,无法体现异构体的多样性。 表观生物推出ONT Direct RNA全长转录组测序服务,基于Oxford Nanopore公司的纳米孔测序平台,直接对RNA进行测序,具有长读长的优势,提高对异构体的检测,还能直接检测m6A、假尿嘧啶pseudoU等核酸修饰,在可变剪切研究方面具有独特的...
Direct RNA测序是一种高度平行的、实时单分子测序方法,绕过了反转录和扩增步骤,可获得全长、链特异性的RNA序列,并能直接检测RNA中的核苷酸类似物。 bioRxiv: 人类天然poly(A) RNA转录组测序[2] 来自约翰霍普金斯大学的研究者利用Nanopore测序技术完成了对人GM12878细胞系中的天然poly(A) RNA分子的直接测序,其研究...
What direct RNA nanopore sequencing can bring to research across numerous applications, with a worked example. Authors:Libby Snell, Director, RNA and cDNA Sample Technology (R&D), Oxford Nanopore, Daniel Garalde, Associate Director - Technology Markets, Oxford Nanopore ...
Characterizing complex viral transcriptomes by conventional RNA sequencing approaches is complicated by high gene density, overlapping reading frames, and complex splicing patterns. Direct RNA sequencing (direct RNA-seq) using nanopore arrays offers an e
近日,福建农林大学海峡联合研究院林学中心顾连峰教授研究组在Plant Physiology发表了题为“Drought induces epitranscriptome and proteome changes in stem-differentiating xylem of Populus trichocarpa”的研究论文,揭示了毛果杨次生木质部中RNA全长转录本比率、N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine, m6A)修饰率、Poly(A)位点...
作者将xPore应用于6个细胞系和无对照样本的多发性骨髓瘤患者样本的Direct RNA-seq数据,发现许多m6A位点在不同细胞类型中保留,而修饰率在不同细胞类型中表现出显著差异。本研究结果表明,xPore可以从Direct RNA-seq数据中高精度鉴定RNA修饰,能够从单次高通量实验中分析差异修饰和表达。