结果表明，nanopore direct RNA-seq/xPore鉴定的m6A位点与基于二代测序的m6ACE-seq （m6A-cross- linking-exonuclease sequencing ）结果高度一致，90% xPore鉴定出的显著性m6A位点（top significant 1500 positions）与DRACH motif (D=G/A/U, R=G/A, H=A/U/C，最常见的m6A motif) 或者其他已知m6A位点高度...
结果表明,nanopore direct RNA-seq/xPore鉴定的m6A位点与基于二代测序的m6ACE-seq(m6A-cross- linking-exonuclease sequencing )结果高度一致,90% xPore鉴定出的显著性m6A位点(top significant 1500 positions)与DRACH motif(D=G/A/U, R=G...
Direct RNA 测序 全长lncRNA测序 TAIL Iso-seq 单细胞转录组测序 单细胞全长转录组 全长转录本Reference图谱 Long non-coding RNAs测序 多组学研究方案 普通转录组测序 微生物多样性 抗生素抗性基因分析 全长宏基因组 全长微生物多样性 二代微生物多样性 医学...
Direct RNA 测序 全长lncRNA测序 TAIL Iso-seq 单细胞转录组测序 单细胞全长转录组 全长转录本Reference图谱 Long non-coding RNAs测序 多组学研究方案 普通转录组测序 微生物多样性 抗生素抗性基因分析 全长宏基因组 全长微生物多样性 二代微生物多样性 医学...
结果表明,nanopore direct RNA-seq/xPore鉴定的m6A位点与基于二代测序的m6ACE-seq(m6A-cross- linking-exonuclease sequencing )结果高度一致,90% xPore鉴定出的显著性m6A位点(top significant 1500 positions)与DRACH motif(D=G/A/U, R=G/A, H=A/U/C,最常见的m6A motif)或者其他已知m6A位点高度重合。为...
普通RNA-seq需要考虑建库过程中的artifect而Nanopore可以直接检测到antisense transcripts 普通RNA-seq需要在合成cDNA的基础上进行PCR扩增建库而Nanopore直接对RNA进行阅读,所以可以保留splice junction,RNA修饰等信息 Nanopore可以阅读long-read RNA Nanopore不需要enzymatic synthesis reaction 2. RNA修饰是什么 RNA修饰指的是...
21号,BASE团队在Nature Communications发表文章:mRNA vaccine quality analysis using RNA sequencing,他们开发了一种采用长读长纳米孔测序分析 mRNA 疫苗关键质量属性的方法,称为 VAX-seq,对 mRNA 序列,长度,完整度,纯度,修饰核苷展开精确定量分析。相比现有昂贵耗时的分析方法(HPLC、毛细管电泳、凝胶电泳等),VAX-seq ...
21号,BASE团队在Nature Communications发表文章:mRNA vaccine quality analysis using RNA sequencing,他们开发了一种采用长读长纳米孔测序分析 mRNA 疫苗关键质量属性的方法,称为 VAX-seq,对 mRNA 序列,长度,完整度,纯度,修饰核苷展开精确定量分析。相比现有昂贵耗时的分析方法(HPLC、毛细管电泳、凝胶电泳等),VAX-seq序...
本周一,Nature Methods在线发表Oxford Nanopore direct RNA测序技术测评文章,结果表明,【不经反转、无须扩增的RNA直接测序】能获得全长的链特异性RNA,无测序偏好性,并同时记录碱基修饰,为后续研究基因结构和基因表达,提供新技术新方法。 direct RNA建库测序
[1]Parker M T , Knop K , Sherwood A V , et al. Nanopore direct RNA sequencing maps the complexity of Arabidopsis mRNA processing and m6A modification[J]. Elife Sciences, 2020, 9:e49658. [2]Froussios K , Kira Mourão, Simpson G , et al. Relative Abundance of Trans ( RATs ): ...