2018年,多伦多大学何厚胜课题组推出了微量RNA的MeRIP-seq技术,该技术从RNA的起始量、RNA片段化的条件、清洗/洗脱条件等角度优化了MeRIP-seq实验流程,使得MeRIP-seq所需肿瘤的总RNA最低降至2µg,打破了传统protocol的限制(Zeng et al 2018),主要流程如下(图6): 1)RNA片段化 RNA片段化的温度为70℃,片段化时间...
该研究以草莓为研究对象,通过MeRIP-seq和对应的RNA-seq等方法揭示了RNA甲基化修饰(m6A)是调控ABA通路的重要成员,进而影响草莓果实成熟。 标题:N6-methyladenosine RNA modification regulates strawberry fruit ripening in an ABA-dependent manner(N6-甲基腺苷RNA修饰以ABA依赖性方式调节草莓果实成熟) 时间:2021-06-03 ...
四、总结:甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)研究思路 MeRIP通过m6A特异性抗体富集和测序,用于研究RNA的腺苷甲基化修饰。易基因自主研发微量RNA甲基化检测技术,样本起始量可降低至10-20μg,最低仅需5μg总RNA。 m6A研究思路 整体把握m6A甲基化图谱特征:m6A peak数量变化、m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A pe...
一、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)测序技术原理 表观转录组指RNA序列不发生改变的情况下,由RNA上的化学修饰调节基因表达的现象。胞内RNA的修饰超过100种,其中大部分的表观修饰发生在tRNA及其他非编码RNA上[1],发生在mRNA上的修饰无论是从种类上还是数量上都较少。下图展示了部分发生在真核生物mRNA上...
尽管大多数m6A修饰发生于细胞核内,但是已有研究表明,诸如基孔肯雅病毒(Chikungunya virus, CHIKV)和登革热病毒(Dengue virus, DENV)等多种仅在细胞质中复制的RNA病毒,其基因组也广泛存在m6A修饰现象。然而,先前的研究大多基于m6A-Seq技术,这种技术依赖于抗体,存在高假阳性率的问题。为了验证胞质RNA病毒CHIKV和DENV是...
作者进一步分析了m6A调节因子在RNA-seq和MeRIP-seq数据中的表达模式。首先作者注释出了28个m6A调控基因,包括m6A writers、erasers和readers基因,并利用这些基因在不同组RNA-seq和MeRIP-seq数据中的表达水平,绘制了热图(图6)。作者从中发现了部分m6A调控基因在RNA-seq和MeRIP-seq数据中的表达模式具有相似性,如TaHAKAI...
关于易基因RNA m6A甲基化测序(MeRIP-seq)技术 易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量,总RNA起始量可降低至10μg,最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应...
利用MeRIP-seq/m6A-seq技术鉴定全基因组范围内具有m6A修饰的区域。其原理为通过特异识别m6A修饰的抗体,对细胞内具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀。对沉淀下来的RNA片段进行高通量测序,结合生物信息学分析,即可在全基因组范围内对m6A修饰的状况进行系统...
RNA甲基化免疫沉淀测序(MeRIP-seq或m6A-seq)是基于m6A高特异性抗体结合高通量测序的技术，可绘制转录组的m6A图谱。该法将m6A残基定位于100~200 nt长的转录组区域，但不能精确到单个碱基，也无法对修饰定量。由m6A-seq衍生的方法在分辨率和定量检测上进行了改进。光交联辅助m6A测序(PA-m6A-Seq)技术是将核糖核苷4-...
RNA甲基化是近年来研究基因表达调控转录后变化的重要研究领域,包括N6-甲基腺苷(m6A)在内的各种类型RNA甲基化参与人类疾病发展。MeRIP-seq作为一种新兴的在转录组范围内定量检测m6A水平的测序技术,拓展了RNA表观遗传学研究的基础和临床应用,且呈上升趋势。RNA甲基化数据分析的基本问题之一是通过对比病例和对照来鉴定差异...