2018年,多伦多大学何厚胜课题组推出了微量RNA的MeRIP-seq技术,该技术从RNA的起始量、RNA片段化的条件、清洗/洗脱条件等角度优化了MeRIP-seq实验流程,使得MeRIP-seq所需肿瘤的总RNA最低降至2µg,打破了传统protocol的限制(Zeng et al 2018),主要流程如下(图6): 1)RNA片段化 RNA片段化的温度为70℃,片段化时间...
针对现有m6A检测方法的局限性,团队开发了一种创新的计算框架pum6a,它采用了一种基于注意力的正向和非标记多实例学习策略,以提高从直接RNA-Seq数据中检测m6A位点的能力。它具有很高的灵敏度和特异性,尤其是在修饰频率较低的位点上,并能适应广泛的RNA序列和生物条件。不同于m6Anet聚合特定位点读数的特征,pum6a引入了...
在用DMSO(n=3)或STM2457 10μM(n=3)处理的22Rv1细胞中进行MeRIP-seq分析,不同处理组的m6A peaks强度以小提琴图表示。 差异m6A峰(n=25369)分布在5'UTR、3'UTR、起始密码子、终止密码子、内含子、间隔区或CDS区域。 维恩图展示通过RNA-seq和MeRIP-seq检测的显著表达或m6A峰变化(FDR<0.05, p<0.05)的基因...
一、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)测序技术原理 表观转录组指RNA序列不发生改变的情况下,由RNA上的化学修饰调节基因表达的现象。胞内RNA的修饰超过100种,其中大部分的表观修饰发生在tRNA及其他非编码RNA上[1],发生在mRNA上的修饰无论是从种类上还是数量上都较少。下图展示了部分发生在真核生物mRNA上...
然后通过Ribo-seq、RNA-seq、m6A-seq、RIP-seq和Proteomics去确定YTHDF1的分子靶点。研究结果表明,YTHDF1通过EZH2-IL-6信号促进NASH-HCC的肿瘤发生,该信号募集并激活MDSCs以引起细胞毒性CD8+T细胞功能障碍。使用脂质纳米颗粒(LNP)包裹的siRNA靶向YTHDF1显著增强了抗PD-1阻断的疗效,表明YTHDF1可能是提高NASH-HCC...
利用MeRIP-seq/m6A-seq技术鉴定全基因组范围内具有m6A修饰的区域。其原理为通过特异识别m6A修饰的抗体,对细胞内具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀。对沉淀下来的RNA片段进行高通量测序,结合生物信息学分析,即可在全基因组范围内对m6A修饰的状况进行系统...
二、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验流程 从样品处理到最终数据获得中每一个环节都会对数据质量和数量产生影响,而数据质量又会直接影响后续信息分析的结果。为了从源头上保证测序数据的准确性、可靠性,需对样品处理、建库、测序每一个生成步骤都严格把控,从根本上保证了高质量数据的产出。流程图如下: ...
关于易基因RNA m6A甲基化测序(MeRIP-seq)技术 易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量,总RNA起始量可降低至10μg,最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应...
易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量,总RNA起始量可降低至10μg,最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症发生与发展、药物应答等研究领域;可应用...
一、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)测序技术原理 表观转录组指RNA序列不发生改变的情况下,由RNA上的化学修饰调节基因表达的现象。胞内RNA的修饰超过100种,其中大部分的表观修饰发生在tRNA及其他非编码RNA上[1],发生在mRNA上的修饰无论是从种类上还是数量上都较少。下图展示了部分发生在真核生物mRNA上...