2020年12月,《J Cereb Blood Flow Metab》杂志发表了“Epitranscriptomic regulation by m6A RNA methylation in brain development and diseases”的综述文章,讨论了m6A调控的分子机制及其在大脑发育、生理和病理过程中的作用。 期刊:JOURNAL OF CEREBRAL BLOOD FLOW AND METABOLISM 日期:2020.12 IF:6.96 摘要 细胞RNA上...
我国学者最近开发了一种基于m6A敏感性RNA核糖核酸酶的测序技术（m6A-REF-seq）[22]，通过筛选出能特异区分ACA基序的RNA内切酶MazF，实现全转录组内以单碱基分辨率量化m6A水平。该方法不依赖于m6A抗体，大大降低了样本量，检测出的m6A位点与m6A-seq非常相似，但缺点在于该酶识别的m6A序列模式有限。m6A修饰在肿瘤中的生...
11、Parker, M.T., Knop, K., Sherwood, A.V., Schurch, N.J., Mackinnon, K., Gould, P.D., Hall, A.J., Barton, G.J., and Simpson, G.G. (2020). Nanopore direct RNA sequencing maps the complexity of Arabidopsis mRNA processing and m6A modification. Elife 9:e49658. ...
1. Fu, Y., Dan, D., Rechavi, G., & He, C*. "Gene expression regulation mediated through reversible m6A RNA methylation." Nature Reviews Genetics 15.5 (2014):293-306. 2. Roundtree, I. A., Evans, M. E., Pan, T., & He, C*. "Dynamic RNA Modifications in Gene Expression Regul...
表观遗传是在不改变DNA基本序列的前提下,通过调控基因组与环境之间的相互作用而将基因表达或功能改变进行的稳定遗传,主要包括DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑、RNA修饰等。表观遗传学异常被认为是最重要的致癌机制之一,目前人们对DNA和蛋白质修饰的表观遗传调控了解较为深入,但RNA修饰很大程度上仍是未知的领域。
1. Fu, Y., Dan, D., Rechavi, G., & He, C. "Gene expression regulation mediated through reversible m6A RNA methylation." Nature Reviews Genetics 15.5 (2014):293-306. 2. Roundtree, I. A., Evans, M. E., Pan, T., & He, C. "Dynamic RNA Modifications in Gene Expression Regulatio...
2023年9月,云序客户苏州大学陈涛团队在Journal of Hazardous Materials(IF=13.6)上发表题为“AHR-mediated m6A RNA methylation contributes to PM2.5-induced cardiac malformations in zebrafish larvae”的研究性论文。在这项研究中,通过m6A Merip-seq、 RNA-seq 等实验证明了 PM2.5 中的可萃取有机物(EOM)会显著...
周宇团队长期从事生物信息与RNA生物学研究,围绕“RNA加工的调控与功能”开展了系统性研究,取得了一系列创新性成果,包括开发了新组学技术并建立了以解析多维RNA图谱为基础的RNA加工调控研究范式;发现了全新的RNA渐进式加尾模式;鉴定了RNA非...
建立原位眼内异种移植模型以检查RB的致癌行为,病进行全基因组多组学分析以鉴定NSUN2的功能靶标,包括蛋白质组学分析,转录组筛选和m5C甲基化RNA免疫沉淀测序(m5C meRIP-seq)。研究结果表明,NSUN2介导的m5C RNA甲基化在RB的致癌过程中促进嘌呤的生物合成。 图:m5C MeRIP-seq鉴定NSUN2的潜在RNA靶标[3] 案例4:m7G...
2018年,多伦多大学何厚胜课题组推出了微量RNA的MeRIP-seq技术,该技术从RNA的起始量、RNA片段化的条件、清洗/洗脱条件等角度优化了MeRIP-seq实验流程,使得MeRIP-seq所需肿瘤的总RNA最低降至2µg,打破了传统protocol的限制(Zeng et al 2018),主要流程如下(图6): 1)RNA片段化 RNA片段化的温度为70℃,片段化时间...