2018年,多伦多大学何厚胜课题组推出了微量RNA的MeRIP-seq技术,该技术从RNA的起始量、RNA片段化的条件、清洗/洗脱条件等角度优化了MeRIP-seq实验流程,使得MeRIP-seq所需肿瘤的总RNA最低降至2µg,打破了传统protocol的限制(Zeng et al 2018),主要流程如下(图6): 1)RNA片段化 RNA片段化的温度为70℃,片段化时间...
一、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)测序技术原理 表观转录组指RNA序列不发生改变的情况下,由RNA上的化学修饰调节基因表达的现象。胞内RNA的修饰超过100种,其中大部分的表观修饰发生在tRNA及其他非编码RNA上[1],发生在mRNA上的修饰无论是从种类上还是数量上都较少。下图展示了部分发生在真核生物mRNA上...
一、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)测序技术原理 表观转录组指RNA序列不发生改变的情况下,由RNA上的化学修饰调节基因表达的现象。胞内RNA的修饰超过100种,其中大部分的表观修饰发生在tRNA及其他非编码RNA上[1],发生在mRNA上的修饰无论是从种类上还是数量上都较少。下图展示了部分发生在真核生物mRNA上...
作者首先用PolyA RNA(来自小鼠肝脏组织)和体外培养细胞(小鼠胚胎干细胞)进行了picoMeRIP-seq的评估,证实picoMeRIP-seq可以用于100 pg PolyA RNA和10个小鼠胚胎干细胞起始情况下全转录组水平的m6A鉴定。同时,使用METTL3敲除的小鼠胚胎干细胞以及m6A参...
RNA修饰是近几年一个热点,其中m6A 是一种普遍并且丰富的RNA修饰。在人类,老鼠和酵母中都有m6A的存在。检测m6A的实验方法主要是m6A-Seq和MeRIP-Seq,但是这两种方法的分辨率低,新的技术miCLIP-Seq分辨率能够达到单碱基。今天介绍的DeepM6ASeq工具(https://github.com/rreybeyb/DeepM6ASeq)就是基于miCLIP-Seq实验数据...
MeRIP-seq将RNA上发生m6A修饰的区域富集后进行测序,因此发生m6A修饰的区域,IP文库所覆盖的reads数会显著高于input文库,从而形成“峰(peak)”。检测这些峰的位置即可得到RNA上发生m6A修饰的位置。 鉴定得到m6A修饰后,再对m6A修饰进行注释、分布统计、motif鉴定等分析。
图1:m6A甲基化和去甲基化示意图 目前对m6A的转录组研究方法为MeRIP-seq(mRNA甲基化测序)的方法,其原理是通过m6A特异性抗体对细胞内具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀,将富集下来的RNA片段进行高通量测序。结合生物信息学分析,即可在转录组范围内对m6A修饰进行系统研究。 服务...
MeRIP-seq（高通量测序法）作为m6A修饰的检测方法，其具有针对全基因组范围内检测m6A的存在；能够明确每个基因的修饰水平，进行组与组之间比较等优势。接下来就让小编带大家详细了解m6A和MeRIP-seq。 1.在介绍m6A之前，首先认识一下什么是转录后调控？转录后调控(post-transcriptional control)是指在转录后水平(RNA)上...
为了寻找CYCLINL1/CDK19/NEAT1-1复合物的靶基因,研究人员通过RNA-seq发现了5166个可以通过删除NEAT1-1和删除NEAT1-1位点#4 m6A来调节的靶基因。其中部分靶基因为骨转移相关基因,如RUNX2。接下来,研究人员通过DNATriplex预测发现NEAT1-1可能与RUNX2的启动子相互作用。ChIRP 实验证实了NEAT1-1与RUNX2的启动子在...
RNA甲基化免疫沉淀测序(MeRIP-seq或m6A-seq)是基于m6A高特异性抗体结合高通量测序的技术，可绘制转录组的m6A图谱。该法将m6A残基定位于100~200 nt长的转录组区域，但不能精确到单个碱基，也无法对修饰定量。由m6A-seq衍生的方法在分辨率和定量检测上进行了改进。光交联辅助m6A测序(PA-m6A-Seq)技术是将核糖核苷4-...