转录组测序（RNA-Seq，RNA sequencing）是通过高通量测序技术对生物体内全部转录产物（包括mRNA、非编码RNA等）进行测序的技术。转录组测序能够定量检测基因表达、发现新的转录本、分析基因结构变异和识别基因表达调控网络，是揭示基因功能和调控机制的重要手段。一、转录组测序的概念与原理 转录组是指一个细胞、组织或生...
Sample preparation for RNA sequencing Support Behind the Bench sequencing blog Technical support Ion Torrent training and webinars Sequencing education 仅供科研使用,不可用于诊断目的。 Cookie设置 我们及我们的关联方等通过运用Cookie等技术来为您提供您感兴趣的网站定制内容、识别访问者、保障安全登录和收集数据。
大部分应用都是基于Illumina short-read测序,但最近基于long-read RNA-seq和direct RNA sequencing (dRNA-seq)的方法可以帮助解决Illumina short-read技术处理不了的问题。 本文中,我们先熟悉'baseline'流程,用short-read RNA-seq技术分析DGE。先描述短读长测序的文库构建过程、实验设计注意事项和计算分析流程,探究其...
目前,RNA-seq方法可用于研究RNA生物学的许多不同方面,包括单细胞基因表达、翻译和RNA结构。随着直接RNA-seq技术和更好的数据分析工具的出现,RNA-seq的发展有助于更全面地理解生物科学,本文解读一篇2019年发表在Nature的RNA-sequencing综述。 DGE:基因差异表达 ...
RNA-Seq的最新进展还包括单细胞转录组学( single cell sequencing)和固定组织的原位测序( in situ sequencing of fixed tissue)。 二、实验流程 RNA-Seq对转录组进行测序和分析的工作流程包括:(1)提取RNA,富集mRNA或消除rRNA,合成cDNA和构建测序文库。(2)高通量测序,主要是illumina产生short reads,也有使用PacBio ...
尤其是在使用单端测序 (single-end sequencing)时更是如此,因为一对片段只要一端序列相同就会被认为是一个重复 (duplicate);而双端测序 (paired-end sequencing)中,片段化的两端必须发生在同样位置才会导致duplicate,而这个的发生概率比较低。但是,在制备cDNA文库时,由于PCR的偏好性,还是会引入duplication reads;很难...
RNA exome方法使用寡核苷酸探针来捕获RNA-seq文库分子,非常类似于外显子测序 (exome sequencing)使用的策略。这两种方法应用简单,并都能在保留降解的和片段化的mRNA的前提下降低混入的rRNA的影响,进而获得高质量的和高稳定性的基因表达数据。3ʹ末端标记测序技术与扩增子测序(PCR扩增超过2万个外显子)方法也可以...
这使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,因此又被称为深度测序(deep sequencing)。📊 转录组学 转录组(transcriptome)广义上指某一生理条件下,细胞内所有转录产物的集合,包括mRNA、tRNA、rRNA以及非编码RNA;狭义上指所有mRNA的集合。🔬 RNA-Seq的应用...
RNA-Seq(RNA sequencing),也称为全转录组测序,是一种利用深度测序技术来研究样本的RNA组成的技术。这种技术能够提供关于细胞中RNA存在性和丰度的信息,可以用来鉴定和量化在特定时间点或条件下所有类型的RNA分子,包括mRNA、非编码RNA和小RNA。 RNA-Seq开始于RNA的抽取和纯化。接着,通常会使用一种叫作逆转录的过程将...