转录组测序（RNA-Seq，RNA sequencing）是通过高通量测序技术对生物体内全部转录产物（包括mRNA、非编码RNA等）进行测序的技术。转录组测序能够定量检测基因表达、发现新的转录本、分析基因结构变异和识别基因表达调控网络，是揭示基因功能和调控机制的重要手段。一、转录组测序的概念与原理 转录组是指一个细胞、组织或生...
RNA-seq(RNA sequencing)即转录组测序技术,就是用高通量测序技术进行测序分析,反映出mRNA,smallRNA,noncodingRNA等或者其中一些的表达水平。 在过去的十年中,RNA-Seq技术迅速发展,并成为了在转录组水平上分析差异基因表达/mRNA可变剪切的不可缺少的工具。随着下一代测序技术的发展,RNA-Seq技术应用范围变得更加广泛:一...
随着下一代测序技术的发展,RNA-seq也在发展。 目前,RNA-seq方法可用于研究RNA生物学的许多不同方面,包括单细胞基因表达、翻译和RNA结构。随着直接RNA-seq技术和更好的数据分析工具的出现,RNA-seq的发展有助于更全面地理解生物科学,本文解读一篇2019年发表在Nature的RNA-sequencing综述。 DGE:基因差异表达 流程: RNA...
大部分应用都是基于Illumina short-read测序,但最近基于long-read RNA-seq和direct RNA sequencing (dRNA-seq)的方法可以帮助解决Illumina short-read技术处理不了的问题。 本文中,我们先熟悉'baseline'流程,用short-read RNA-seq技术分析DGE。先描述短读长测序的文库构建过程、实验设计注意事项和计算分析流程,探究其...
到目前为止,已从标准的RNA-seq流程中衍生出多达100种不同的应用。大部分应用都是基于Illumina short-read测序,但最近基于long-read RNA-seq和direct RNA sequencing (dRNA-seq)的方法可以帮助解决Illumina short-read技术处理不了的问题。 本文中,我们先熟悉'baseline'流程,用short-read RNA-seq技术分析DGE。先描述...
大部分应用都是基于Illumina short-read测序,但最近基于long-read RNA-seq和direct RNA sequencing (dRNA-seq)的方法可以帮助解决Illumina short-read技术处理不了的问题。 本文中,我们先熟悉'baseline'流程,用short-read RNA-seq技术分析DGE。先描述短读长测序的文库构建过程、实验设计注意事项和计算分析流程,探究其...
今天,我们一同回顾由剑桥大学James Hadfield教授等在Nature Reviews Genetics杂志上发表文章《RNA sequencing: the teenage years》,虽然文章发表于2019年末,但其全面总结了RNA-seq十余年的发展,囿于篇幅,挂一漏万,非常建议各位读者阅读原文。 RNA-seq至今已有近二十年的发展,为我们认知基因组功能助力巨大。RNA-seq最常...
RNA Sequencing (RNA-Seq) Transcriptome Sequencing Targeted RNA Sequencing for Gene Expression Analysis Using NGS DNA Sequencing Next-Generation Sequencing (NGS) Epigenetic Sequencing Sequencing Technology Solutions Fragment Analysis Sanger Sequencing and...
RNA高通量测序(RNA-sequencing,缩写为RNA-seq)是目前高通量测序技术中被用得最广的一种技术,RNA-seq可以帮助我们了解:各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异。它可以检测的差异有:正常组织和肿瘤组织的之间的差异;也可以检测药物治疗前后基因表达的差异;还可以检测发育过程中,不同的发育阶段,不同的组织之间的基因...