Integration with other data types 将RNA-seq数据与其他类型的全基因组数据集成,可以将基因表达的调控与分子生理学和功能基因组学的特定方面联系起来。整合分析将RNA-seq数据作为主要基因表达读数与其他基因组实验进行比较,越来越普遍。以下,我们讨论这类分析所面临的一些额外挑战。 一、DNA sequencing DNA序列 RNA和DNA...
然而,随着单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing, scRNA-seq)等技术的引入,研究人员得以从单个细胞的角度揭开胚胎发育的秘密,描绘出生命起始的动态蓝图。11月14日Nature MethodsNature Methods “A comprehensive human embryo reference tool using single-cell RNA-sequencing data”,研究人员采用scRNA-seq,对人类胚...
2024年3月25日，良渚实验室沈宁研究员、浙江大学计算机学院王海帅研究员，硕士生原溪璐等在Cell Reports Methods上发表了题为Anchored-fusion enables targeted fusion search in bulk and single-cell RNA sequencing data的研究论文，开发了Anchored-fusion算法，以解决现有基于RNA-seq的融合基因检测方法灵敏度不足的问题...
近日,湖南大学DrugAI实验室在Cell子刊《Cell Reports Methods》上发表名为”Graph Embedding and Gaussian Mixture Variational Autoencoder Network for End-to-End Analysis of Single-Cell RNA-Sequencing Data”的研究论文,提出了一种用于scRNA-seq的“dropout”插补和特征提取的深度学习框架autoCell。autoCel是一种变分...
RNA-Seq(RNA sequencing),又称全转录组鸟枪法测序(Whole transcriptome shotgun sequencing, WTSS)。它利用新发展起来的高通量测序技术来测定一个样本组织中的全部RNA的组成(mRNA,micro RNA,circo RNA,lnc RNA等),研究不同类型的RNA采用不同的策略。该技术应用于分析不断变化的细胞转录组,能够研究可变剪切的转录本...
“A comprehensive evaluation of normalization methods for Illumina high-throughput RNA sequencing data analysis”发表于2013 的《Briefings in Bioinformatics 》 杂志上,这篇文献对TC,UQ,Med,DESeq,TMM,Q,RPKM等七种的数据标准化方法进行了综合评估,最终得出了结论--这七种方法中DESeq 和 TMM两种数据标准化方法...
A comprehensive evaluation of normalization methods for Illumina high-throughput RNA sequencing data analysis https://www.biostars.org/p/273537/ What the FPKM? A review of RNA-Seq expression units http://www.rna-seqblog.com/rpkm-fpkm-and-tpm-clearly-explained/...
A comprehensive evaluation of normalization methods for Illumina high-throughput RNA sequencing data analysis https://www.biostars.org/p/273537/ What the FPKM? A review of RNA-Seq expression units http://www.rna-seqblog.com/rpkm-fpkm-and-tpm-clearly-explained/ ...
今天和大家分享一篇于2022年4月在Genome Medicine 上发表的文章"Integratedanalysisofsingle-cell and bulk RNA sequencing data reveals a pan-cancer stemness signature predicting immunotherapy response"。免疫检查点治疗开创了癌症治疗的...