高通量测序目前主要以m6A-seq/MeRIP-seq为主,它是目前研究m6A修饰使用最广泛的技术之一。 MeRIP-seq将甲基化DNA 免疫共沉淀(methylated DNA immunoprecipitation, MeDIP)技术、RNA 结合蛋白免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation,RIP)技术和RNA 测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术组合起来,高精度地检测全基因组(或全转录组...
m6A甲基转移酶复合物能以S-腺苷甲硫氨酸为甲基供体，催化RNA上的m6A修饰形成，主要组分有甲基转移酶样蛋白3(METTL3)、甲基转移酶样蛋白14(METTL14)、Wilms肿瘤1相关蛋白(WTAP)等。METTL3是第一个发现的甲基转移酶，为该复合体的核心亚基，起主要的催化作用，敲除METTL3可导致m6A修饰活性几乎完全丧失[3]。METTL14...
m6A单碱基分辨率交联和免疫沉淀方法(m6A-CLIP/miCLIP)可以成功生成单碱基分辨率的m6A位点信息。该方法片段化的RNA与m6A抗体孵育,然后RNA-抗体复合物通过254 nm UV光交联,通过蛋白酶消化得到的氨基酸残基抑制逆转录中的碱基配对,导致在m6A位点附近发生片段化或突变,最终以单碱基分辨率获得m6A位点信息(图1A)。抗体和RNA的...
4)RNA编辑和RNA干扰等现象也属于转录后调控。 2.什么是m6A? m6A甲基化修饰是指腺嘌呤的6号碳原子连接的氨基基团中的一个氢被甲基基团取代,在m6A甲基化过程中涉及的这3类重要的酶: ①Writers,甲基化酶,催化m6A甲基化的发生; ②Erasers,去甲基化酶:去除m6A甲基化的修饰; ③Readers,m6A识别蛋白,识别m6A修饰位点。
m6A甲基化RNA免疫沉淀试剂盒 m6A甲基化RNA免疫沉淀(MeRIP)是一种检测m6A修饰状态并在全转录组范围内定位m6A RNA修饰位置的方法。riboMeRIPTM m6A Transcriptome Profiling Kit 使用MeRIP方法进行m6A RNA修饰的鉴定和转录组分析。在MeRIP实验中,将RNA片段化后,使用针对m6A的单克隆抗体进行免疫沉淀。回收RNA后可进行qRT-PC...
研究表明,m6A已知的最主要功能是调控mRNA的稳定性:胞质内经过m6A修饰的mRNA可以被YTHDF2识别,使其富集到Processing body(P-body)从而加速mRNA的降解。此外,m6A修饰还可以改变RNA的二级结构、调控microRNA的靶标识别来调控mRNA的稳定性。在核内,m6A修饰...
1、m6A甲基化的转录后调控机制 (1)m6A甲基化影响RNA加工,调节其核输出 m6A可作为RNA的一种结构开关,即其在RNA上沉积可改变RNA的局部二级结构,进而影响RNA与RNA结合蛋白(RBP)的相互作用,促进或抑制RBP与m6A修饰RNA的直接结合。 m6A甲基化通过影响核小RNA(snRNA)、剪接体的关键组分、或剪接因子与per-mRNA结合来介导...
目前,关于m6A甲基化转移酶参与NSCLC靶向耐药的研究多集中在METTL3的调节机制方面,如有报道指出,对顺铂耐药的A549细胞中m6A的表达水平显著高于对照组A549细胞,其中,METTL3不仅参与了NSCLC的增殖分化过程,而且在肿瘤尤其是实体瘤的耐药中发挥了重要作用,敲...
图2:亨廷顿蛋白突变诱导影响突触和HD相关基因的海马m6A RNA修饰改变 (A)Naive条件下,5月龄KI和WT小鼠之间的差异甲基化peaks火山图 (B)Naive条件下,8月龄KI和WT小鼠之间的差异甲基化peaks火山图 (C)5月龄和8月龄的Naive KI和WT小鼠之间差异m6A修饰转录本重叠Venn图,在症状前和症状期阶段之间只有5%差异m6A标记转...
两期公众号已经系统介绍了RNA m6A的发生、调控、序列、区域和功能方面的特征,给读者的感觉是,RNA m6A已有的特征鲜明,在序列、调控过程已经形成了一定的共识,包括motif DRACH、明显富集于终止密码子区,对RNA的稳定性和翻译效率有明确的影响;但是RNAm6A的功能是多变的,这种“content-dependent”的变化会依赖于不同细胞...