高通量测序目前主要以m6A-seq/MeRIP-seq为主,它是目前研究m6A修饰使用最广泛的技术之一。 MeRIP-seq将甲基化DNA 免疫共沉淀(methylated DNA immunoprecipitation, MeDIP)技术、RNA 结合蛋白免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation,RIP)技术和RNA 测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术组合起来,高精度地检测全基因组(或全转录组...
m6A甲基转移酶复合物能以S-腺苷甲硫氨酸为甲基供体，催化RNA上的m6A修饰形成，主要组分有甲基转移酶样蛋白3(METTL3)、甲基转移酶样蛋白14(METTL14)、Wilms肿瘤1相关蛋白(WTAP)等。METTL3是第一个发现的甲基转移酶，为该复合体的核心亚基，起主要的催化作用，敲除METTL3可导致m6A修饰活性几乎完全丧失[3]。METTL14...
YTHDF1-3主要在胞浆中特异性识别m6A修饰的mRNA,而YTHDC1-2的作用部位主要在细胞核内。这些蛋白都在C端有YTH结构域,并且能够与m6A motif有重叠从而介导RNA特异性结合,而脯氨酸/谷氨酰胺/天冬酰胺富集(P/Q/N-rich)结构域则与亚细胞定位有关。 eIF3蛋白能够与RNA 5’端UTR上...
易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量,总RNA起始量可降低至10μg,最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症发生与发展、药物应答等研究领域;可应用...
m6A甲基化RNA免疫沉淀试剂盒 m6A甲基化RNA免疫沉淀(MeRIP)是一种检测m6A修饰状态并在全转录组范围内定位m6A RNA修饰位置的方法。riboMeRIPTM m6A Transcriptome Profiling Kit 使用MeRIP方法进行m6A RNA修饰的鉴定和转录组分析。在MeRIP实验中,将RNA片段化后,使用针对m6A的单克隆抗体进行免疫沉淀。回收RNA后可进行qRT-PC...
作者表明 METTL3 介导的 RNA N6-甲基腺苷(m6A)形成导致正常细胞和癌细胞附近基因组位点的 DNA 去甲基化,这是由 m6A 阅读器 FXR1 和 DNA 5-mC TET1 之间的相互作用介导的。在识别 RNA m A 后,FXR1 将 TET1 募集到基因组位点以去甲基化 DNA,从而导致重编程的染色质可及性和基因转录。因此,作者表征了由 ...
一、RNA甲基化简介 1、 甲基化的概念 m6A甲基化:m6A是以S腺苷甲硫氨酸(SAM)为甲基供体,在甲基转移酶(METTL3)复合体的作用下将甲基转移到RNA腺嘌呤苷酸的N6位置形成的。 2、 参与m6A的关键分子 甲基转移酶(Writer):METTL3、METTL14、WTAP、VIRMA、RBM15/15B、Zc3H13-W...
2）mRNA由细胞核转至细胞质的过程及定位；3）mRNA的稳定性、降解、翻译过程等多个环节进行的调控；4）RNA编辑和RNA干扰等现象也属于转录后调控。2.什么是m6A？m6A甲基化修饰是指腺嘌呤的6号碳原子连接的氨基基团中的一个氢被甲基基团取代，在m6A甲基化过程中涉及的这3类重要的酶：①Writers，甲基化酶，催化m6A...
2. m6A富集: 将含protein A和protein G的磁珠用IP buffer(150 mM NaCl, 10 mM Tris-HCl pH 7.5)洗涤,然后与5 ug m6A抗体(Millipore) 4℃孵育2h;用 IP buffer洗涤两次,再用 IP buffer将磁珠重悬,加入片段化的RNA,4℃下翻转4h;用IP buffer在4℃下洗涤磁珠3次,再用m6A竞争性洗脱液,在4℃下孵育1h。将...
1、m6A甲基化的转录后调控机制 （1）m6A甲基化影响RNA加工，调节其核输出 m6A可作为RNA的一种结构开关，即其在RNA上沉积可改变RNA的局部二级结构，进而影响RNA与RNA结合蛋白（RBP）的相互作用，促进或抑制RBP与m6A修饰RNA的直接结合。m6A甲基化通过影响核小RNA（snRNA）、剪接体的关键组分、或剪接因子与per-mRNA结合...