数据整理:整理m6A-seq数据,包括原始数据、比对结果、峰值文件等,确保数据的完整性和可重复性。 数据上传:将整理好的数据上传到公共数据库,如GEO、SRA等,生成数据集的访问链接。 数据描述:撰写数据描述文件,详细说明实验设计、数据处理方法和结果。 数据共享:通过研究论文、会议报告等形式发布研究结果,
然后将免疫共沉淀(IP)样本和对照样本中的序列片段对比(或定位)到参考基因组/ 转录组上,检测RNA 甲基化位点。对照样本测量对应RNA 的表达量,本质上是RNA-seq 数据。 MeRIP-seq 技术检测m6A 技术流程 m6A测序数据分析流程 m6A-seq数据分析的原理和过程跟ChIP-seq十分相似,大体包括如下几个步骤。 1. 原始read质控 ...
图9:修饰与Poly(A)关联分析[5] (三) m6A修饰验证思路 比较常见的验证方法主要是斑点杂交、质谱检测、SELECT试剂盒检测以及MeRIP-qPCR或者MeRIP-Seq。 1. 斑点杂交 首先是斑点杂交。斑点杂交(Dot blot)可检测和鉴定 DNA、RNA 和蛋白质,通过显影斑点的有无及颜色的深浅来判断是否有杂交及其杂交强度。在研究 RNA ...
44%的m6A基因与疾病相关；RNA-seq用于分析TO处理后基因表达变化和通路富集情况；RNA-seq分析暗示TO处理可...
筛选策略如下:(1)已有候选基因:可直接进行筛选;(2)暂无候选筛选目标时,可以从FC值和P值角度进行后续基因筛选;(3)由于m6A可能调控基因的表达,因此可以从其上下调情况进行筛选,如筛选2者表达趋势相反基因,当然这只是其中一个筛选标准,后续需基于具体筛选目标做相应调整;(4)此外,也可基于文献的筛选策略进行数据挖掘。
m6A-seq 的数据分析通常侧重于整体分布模式和总体变化趋势，而 m6aclip-seq 则更关注修饰位点的局部特征及其与特定生物学过程的关系。两种技术在数据挖掘的思路和下游实验设计上也存在差异，m6A-seq 更适合于探索 m6A 修饰的普遍规律，而 m6aclip-seq 则更适用于深入研究 m6A 修饰的分子机制及其具体功能...
MeRIP-seq作为一种新兴的在转录组范围内定量检测m6A水平的测序技术,拓展了RNA表观遗传学研究的基础和临床应用,且呈上升趋势。RNA甲基化数据分析的基本问题之一是通过对比病例和对照来鉴定差异甲基化区域(DMR)。现有开发了多种用于DMR检测的分析方法,但缺乏对这些分析方法的综合评估。
专注于表观组学研究的深圳市易基因科技，作为多组学科研服务的领先者，提供甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)信息分析的详细流程。首先，原始的FASTQ格式下机数据需经过质控，使用Trimmomatic去除接头序列和低质量碱基，参数设置为特定值。然后，经过过滤的序列通过hisat2软件比对到参考基因组，形成m6A...
利用MeRIP-seq/m6A-seq技术鉴定全基因组范围内具有m6A修饰的区域。其原理为通过特异识别m6A修饰的抗体,对细胞内具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀。对沉淀下来的RNA片段进行高通量测序,结合生物信息学分析,即可在全基因组范围内对m6A修饰的状况进行系统...
甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)信息分析流程 (一)原始下机数据质控 原始下机数据为FASTQ格式,是高通量测序的标准格式。FASTQ文件每四行为一个单位,包含一条测序序列(read)的信息。该单位第一行为read的ID,一般以@符号开头;第二行为测序的序列,也就是reads的序列;第三行一般是一个+号,或者与第一行的...