近几年关于mRNA的内部修饰(internal modification)的研究逐渐增多,包括N6甲基腺苷修饰(m6A,结构见下图)、N1甲基腺苷修饰(m1A)、甲基胞嘧啶修饰(m5C)、假尿苷修饰(Ψ)等。作为mRNA中最常见的甲基化修饰,m6A主要富集在mRNA的启动子区、终止密码子区以及RRACH motif内。一旦参与m6A修饰的酶出现异常会引起一系列疾病,包...
(2)peak鉴定(peak calling)及diff peak分析:基于m6A-seq(IP,抗体富集后获取的测序数据)和RNA-seq(input)测序数据进行peak鉴定;目前默认p<0.05为diff> (4)motif分析; (5)基因定量及差异分析:差异基因表达分析; (6)diff peak和基因联合分析:可以同时查看diff peak和及其对应基因的表达水平,从而初步判断diff peak...
大体了解分析流程和分析结果后,小编建议您可先从联合分析结果部分进行感兴趣或候选基因筛选,筛选策略如下:(1)已有候选基因:可直接进行筛选;(2)暂无候选筛选目标时,可以从FC值和P值角度进行后续基因筛选;(3)由于m6A可能调控基因的表达,因此可以从其上下调情况进行筛选,如筛选2者表达趋势相反基因,当然这只是其中一个筛...
m6A-meRIP-seq结果解读(五) ③生信分析结果 (1)如何进行数据筛选? 大体了解分析流程和分析结果后,小编建议您可先从联合分析结果部分进行感兴趣或候选基因筛选,筛选策略如下:(1)已有候选基因:可直接进行筛选;(2)暂无候选筛选目标时,可以从FC值和P值角度进行后续基因筛选;(3)由于m6A可能调控基因的表达,因此可以从...
近几年关于mRNA的内部修饰(internal modification)的研究逐渐增多,包括N6甲基腺苷修饰(m6A,结构见下图)、N1甲基腺苷修饰(m1A)、甲基胞嘧啶修饰(m5C)、假尿苷修饰(Ψ)等。作为mRNA中最常见的甲基化修饰,m6A主要富集在mRNA的启动子区、终止密码子区以及RRACH motif内。一旦参与m6A修饰的酶出现异常会引起一系列疾病,包...
m6A-meRIP-seq结果解读(二) 2m6A甲基化酶(methyltransferase) m6A这种甲基化修饰被证明是可逆化的,包括甲基化转移酶、去甲基化酶和甲基化阅读蛋白等共同参与。甲基化转移酶包括METTL3/14、WTAP和KIAA1429等,主要作用就是催化mRNA上腺苷酸发生m6A修饰。其他甲基化转移酶包括ZFP217、RBM15、RBM15B、HAKAI (CBLL1)、...
随即将其分为两份,一份加入带有预混好的m6A抗体免疫磁珠,对含有m6A甲基化的mRNA片段进行富集;另一份作为对照,直接构建转录组测序文库(即PolyA抓取+dUTP建库)。采用链特异性建库流程构建测序文库,分别将构建好的2个测序文库进行高通量测序。因此同一个样本会获得2部分测序数据,用于后续的数据分析。
m6A甲基化酶(methyltransferase) m6A这种甲基化修饰被证明是可逆化的,包括甲基化转移酶、去甲基化酶和甲基化阅读蛋白等共同参与。甲基化转移酶包括METTL3/14、WTAP和KIAA1429等,主要作用就是催化mRNA上腺苷酸发生m6A修饰。其他甲基化转移酶包括ZFP217、RBM15、RBM15B、HAKAI (CBLL1)、ZC3H13,其中ZC3H13被证明可直接...
随即将其分为两份,一份加入带有预混好的m6A抗体免疫磁珠,对含有m6A甲基化的mRNA片段进行富集;另一份作为对照,直接构建转录组测序文库(即PolyA抓取+dUTP建库)。采用链特异性建库流程构建测序文库,分别将构建好的2个测序文库进行高通量测序。因此同一个样本会获得2部分测序数据,用于后续的数据分析。
(2)peak鉴定(peak calling)及diff peak分析:基于m6A-seq(IP,抗体富集后获取的测序数据)和RNA-seq(input)测序数据进行peak鉴定;目前默认p<0.05为diff> (4)motif分析; (5)基因定量及差异分析:差异基因表达分析; (6)diff peak和基因联合分析:可以同时查看diff peak和及其对应基因的表达水平,从而初步判断diff peak...