大样本量m6A-QTL性状关联分析,传统MeRIP单个样品价格高,通常难以承担。易基因开发建立MeRIP-seq2技术,显著提成IP平行性,实现不同样本间相对定量,降低检测成本。 易基因提供适用于不同科研需求的MeRIP技术: m6A甲基化-常量mRNA 甲基化测序(MeRIP-seq) m6A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化测序(lnc-MeRIP-seq) m6A甲基...
目前,研究m6A可以采用MeRIP-seq,该技术通过特异识别m6A修饰的抗体,对细胞内具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀
体外实验中,siRNA介导的Lrpprc下调导致大鼠PASMC增殖增强和Cenpf mRNA表达升高。本研究结果揭示了PAH大鼠肺动脉中转录组范围的m6A修饰图谱变化和相关调控机制,可能为未来治疗策略提供新的靶点。深圳市易基因科技为本研究提供MeRIP-seq和RNA-seq技术服务。 研究思路: 研究结果 (1)PAH大鼠模型的m6A基本特征 图1: PAH大鼠...
近几年关于mRNA的内部修饰(internal modification)的研究逐渐增多,包括N6甲基腺苷修饰(m6A,结构见下图)、N1甲基腺苷修饰(m1A)、甲基胞嘧啶修饰(m5C)、假尿苷修饰(Ψ)等。作为mRNA中最常见的甲基化修饰,m6A主要富集在mRNA的启动子区、终止密码子区以及RRACH motif内。一旦参与m6A修饰的酶出现异常会引起一系列疾病,包...
关于易基因RNA m6A甲基化测序(MeRIP-seq)技术 易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量,总RNA起始量可降低至10μg,最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应...
通过m6A免疫沉淀测序(MeRIP-seq)对接受海马认知训练的HD小鼠分析评估m6A修饰水平,并通过亚细胞分离和Western blot分析评估m6A修饰蛋白(FTO和METTL14)的相对水平。进行AAV-shFTO立体定向CA1海马转导,以研究RNA m6A失调在HD记忆障碍中的作用...
采用RIP-qPCR、MeRIP-seq、miCLIP-seq和RNA稳定性实验来研究FAT4对m6A水平的作用机制。 研究结果首先表明了眼部黑色素瘤细胞对HDACis的易感性。HDACis触发眼黑色素瘤中m6A RNA修饰的升高。进一步的研究表明,METTL14是HDACis的下游候选基因。METTL14在组蛋白低乙酰化状态下沉默,而HDACi恢复了METTL14的正常组蛋白乙酰化...
CT26细胞的MeRIP-seq测序分析结果表明RELA(p65)mRNA的最后一个外显子(last exon)或3’UTR上的m6A修饰。 设计MeRIP-qPCR引物以验证p65 mRNA上的m6A修饰。潜在的m6A位点以红色标出(上),MeRIP-qPCR引物用箭头表示。MeRIP-qPCR用引物#2和#3(较低)验证了m6A修饰。
不同RNA起始量MeRIP-seq结果比较 使用Millipore抗体测试不同起始量总RNA (32ug、12ug、6ug、2ug、1ug和0.5ug)的m6A MeRIP效率。SETD7/GAPDH信噪比随着总RNA起始量的减少而逐渐降低,重复性如0.5ug总RNA起始展示的,呈现较好(r=0.9)。提高RNA的起始量可相应增加...
由于我们也介绍过MeRIP-seq只能说明m6A和哪个位置结合,但是并不能说明影响表达,对于相同的分组,作者也做了RNA-seq的分析。 通过最后的交叉分析,最后可以得到158个基因是是两个分组重叠出来的结果。 进一步对这158个基因进行了富集分析,说明这158个基因主要是和干细胞分化有关系,说明METTL3介导的转移有可能是通过干...