m6A-meRIP-seq结果解读(五) ③生信分析结果 (1)如何进行数据筛选? 大体了解分析流程和分析结果后,小编建议您可先从联合分析结果部分进行感兴趣或候选基因筛选,筛选策略如下:(1)已有候选基因:可直接进行筛选;(2)暂无候选筛选目标时,可以从FC值和P值角度进行后续基因筛选;(3)由于m6A可能调控基因的表达,因此可以从其上下调情况进行
高通量测序目前主要以m6A-seq/MeRIP-seq为主,它是目前研究m6A修饰使用最广泛的技术之一。 MeRIP-seq将甲基化DNA 免疫共沉淀(methylated DNA immunoprecipitation, MeDIP)技术、RNA 结合蛋白免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation,RIP)技术和RNA 测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术组合起来,高精度地检测全基因组(或全转录组...
Tip:对于首次拿到分析结果的老师来说,第一步是阅读结题报告以了解整体项目的分析流程、分析内容解释说明及所在的文件夹位置,以对整个项目有一个初步了解,随后查看完整分析结果并进行数据分析及筛选等。在项目结题报告中已提及的相关说明,在此不再详细描述,本文旨在结题报告的基础上进行补充说明,希望对后续的数据挖掘有...
大样本量m6A-QTL性状关联分析,传统MeRIP单个样品价格高,通常难以承担。易基因开发建立MeRIP-seq2技术,显著提成IP平行性,实现不同样本间相对定量,降低检测成本。 易基因提供适用于不同科研需求的MeRIP技术: m6A甲基化-常量mRNA 甲基化测序(MeRIP-seq) m6A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化测序(lnc-MeRIP-seq) m6A甲基...
MeRIP-seq将RNA上发生m6A修饰的区域富集后进行测序,因此发生m6A修饰的区域,IP文库所覆盖的reads数会显著高于input文库,从而形成“峰(peak)”。检测这些峰的位置即可得到RNA上发生m6A修饰的位置。 鉴定得到m6A修饰后,再对m6A修饰进行注释、分布统计、motif鉴定等分析。
不同RNA起始量MeRIP-seq结果比较 使用Millipore抗体测试不同起始量总RNA (32ug、12ug、6ug、2ug、1ug和0.5ug)的m6A MeRIP效率。SETD7/GAPDH信噪比随着总RNA起始量的减少而逐渐降低,重复性如0.5ug总RNA起始展示的,呈现较好(r=0.9)。提高RNA的起始量可相应增加...
易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量,总RNA起始量可降低至10μg,最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症发生与发展、药物应答等研究领域;可应用...
通过m6A免疫沉淀测序(MeRIP-seq)对接受海马认知训练的HD小鼠分析评估m6A修饰水平,并通过亚细胞分离和Western blot分析评估m6A修饰蛋白(FTO和METTL14)的相对水平。进行AAV-shFTO立体定向CA1海马转导,以研究RNA m6A失调在HD记忆障碍中的作用...
CT26细胞的MeRIP-seq测序分析结果表明RELA(p65)mRNA的最后一个外显子(last exon)或3’UTR上的m6A修饰。 设计MeRIP-qPCR引物以验证p65 mRNA上的m6A修饰。潜在的m6A位点以红色标出(上),MeRIP-qPCR引物用箭头表示。MeRIP-qPCR用引物#2和#3(较低)验证了m6A修饰。