目前,研究m6A可以采用MeRIP-seq,该技术通过特异识别m6A修饰的抗体,对细胞内具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀。结合
本研究通过MeRIP-seq分析,研究人员发现在LW和NX猪肌肉中存在差异表达基因,并且这些基因主要富集在蛋白质合成通路中。联合分析MeRIP-seq和RNA-seq数据,鉴定出27个差异表达且m6A修饰基因,其中WFS1基因在LW和NX猪中通过m6A修饰被差异调控。研究人员进一步揭示了m6A修饰通过YTHDF2依赖性方式加速WFS1降解。并识别了一个SNP...
大样本量m6A-QTL性状关联分析,传统MeRIP单个样品价格高,通常难以承担。易基因开发建立MeRIP-seq2技术,显著提成IP平行性,实现不同样本间相对定量,降低检测成本。 易基因提供适用于不同科研需求的MeRIP技术: m6A甲基化-常量mRNA 甲基化测序(MeRIP-seq)m6A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化测序(lnc-MeRIP-seq)m6A甲基化-...
大样本量m6A-QTL性状关联分析,传统MeRIP单个样品价格高,通常难以承担。易基因开发建立MeRIP-seq2技术,显著提成IP平行性,实现不同样本间相对定量,降低检测成本。 易基因提供适用于不同科研需求的MeRIP技术: m6A甲基化-常量mRNA 甲基化测序(MeRIP-seq)m6A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化测序(lnc-MeRIP-seq)m6A甲基化-...
“m6A modification enhances the stability of CDC25A promotes tumorigenicity of esophagogastric junction adenocarcinoma via cell cycle“的研究论文,研究纳入30名新诊断的AEG患者,收集其手术后的新鲜样本后通过RNA-seq、RIP/meRIP-seq、 LACE-seq等分析揭示了m6A修饰增强CDC25A稳定性,进而通过细胞周期促进食管胃...
近几年关于mRNA的内部修饰(internal modification)的研究逐渐增多,包括N6甲基腺苷修饰(m6A,结构见下图)、N1甲基腺苷修饰(m1A)、甲基胞嘧啶修饰(m5C)、假尿苷修饰(Ψ)等。作为mRNA中最常见的甲基化修饰,m6A主要富集在mRNA的启动子区、终止密码子区以及RRACH motif内。一旦参与m6A修饰的酶出现异常会引起一系列疾病,包...
CT26细胞的MeRIP-seq测序分析结果表明RELA(p65)mRNA的最后一个外显子(last exon)或3’UTR上的m6A修饰。 设计MeRIP-qPCR引物以验证p65 mRNA上的m6A修饰。潜在的m6A位点以红色标出(上),MeRIP-qPCR引物用箭头表示。MeRIP-qPCR用引物#2和#3(较低)验证了m6A修饰。
易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量,总RNA起始量可降低至10μg,最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症发生与发展、药物应答等研究领域;可应用...
发现非典型修饰位点:MeRIP-seq帮助研究者发现METTL14R298P突变优先修饰含有GGAU motif的非典型位点,这一发现是本研究的核心突破。 关联基因表达与m6A修饰:结合RNA-seq数据,MeRIP-seq结果帮助研究者分析m6A修饰变化与基因表达之间的关联,揭示了突变对WNT信号通路和细胞运动相关基因表达的影响。
(2)peak鉴定(peak calling)及diff peak分析:基于m6A-seq(IP,抗体富集后获取的测序数据)和RNA-seq(input)测序数据进行peak鉴定;目前默认p<0.05为diff> (4)motif分析; (5)基因定量及差异分析:差异基因表达分析; (6)diff peak和基因联合分析:可以同时查看diff peak和及其对应基因的表达水平,从而初步判断diff peak...