图3. MeRIP-qPCR检测结果:Fold Enrichment分析 图4. MeRIP-qPCR检测结果:信噪比优于采用游离m6A洗脱的传统流程 图5. MeRIP-Seq结果展示:IGV可视化 图6. MeRIP-Seq结果展示:Motif分析 图7. MeRIP-Seq结果展示:m6A分布线图 图8. MeRIP-Seq结果展示:韦恩图 图9. MeRIP-Seq结果展示:m6A分布饼图 已发表文献...
近几年关于mRNA的内部修饰(internal modification)的研究逐渐增多,包括N6甲基腺苷修饰(m6A,结构见下图)、N1甲基腺苷修饰(m1A)、甲基胞嘧啶修饰(m5C)、假尿苷修饰(Ψ)等。作为mRNA中最常见的甲基化修饰,m6A主要富集在mRNA的启动子区、终止密码子区以及RRACH motif内。一旦参与m6A修饰的酶出现异常会引起一系列疾病,包...
m6A-meRIP-seq结果解读(五) ③生信分析结果 (1)如何进行数据筛选? 大体了解分析流程和分析结果后,小编建议您可先从联合分析结果部分进行感兴趣或候选基因筛选,筛选策略如下:(1)已有候选基因:可直接进行筛选;(2)暂无候选筛选目标时,可以从FC值和P值角度进行后续基因筛选;(3)由于m6A可能调控基因的表达,因此可以从...
(2)peak鉴定(peak calling)及diff peak分析:基于m6A-seq(IP,抗体富集后获取的测序数据)和RNA-seq(input)测序数据进行peak鉴定;目前默认p<0.05为diff> (4)motif分析; (5)基因定量及差异分析:差异基因表达分析; (6)diff peak和基因联合分析:可以同时查看diff peak和及其对应基因的表达水平,从而初步判断diff peak...
结果展示 图2. MeRIP-qPCR检测结果:Input%分析 图3. MeRIP-qPCR检测结果:Fold Enrichment分析 图4. MeRIP-qPCR检测结果:信噪比优于采用游离m6A洗脱的传统流程 图5. MeRIP-Seq结果展示:IGV可视化 图6. MeRIP-Seq结果展示:Motif分析 图7. MeRIP-Seq结果展示:m6A分布线图 ...
大体了解分析流程和分析结果后,小编建议您可先从联合分析结果部分进行感兴趣或候选基因筛选,筛选策略如下:(1)已有候选基因:可直接进行筛选;(2)暂无候选筛选目标时,可以从FC值和P值角度进行后续基因筛选;(3)由于m6A可能调控基因的表达,因此可以从其上下调情况进行筛选,如筛选2者表达趋势相反基因,当然这只是其中一个筛...
m6A-meRIP-seq结果解读(二) 2m6A甲基化酶(methyltransferase) m6A这种甲基化修饰被证明是可逆化的,包括甲基化转移酶、去甲基化酶和甲基化阅读蛋白等共同参与。甲基化转移酶包括METTL3/14、WTAP和KIAA1429等,主要作用就是催化mRNA上腺苷酸发生m6A修饰。其他甲基化转移酶包括ZFP217、RBM15、RBM15B、HAKAI (CBLL1)、...
近几年关于mRNA的内部修饰(internal modification)的研究逐渐增多,包括N6甲基腺苷修饰(m6A,结构见下图)、N1甲基腺苷修饰(m1A)、甲基胞嘧啶修饰(m5C)、假尿苷修饰(Ψ)等。作为mRNA中最常见的甲基化修饰,m6A主要富集在mRNA的启动子区、终止密码子区以及RRACH motif内。一旦参与m6A修饰的酶出现异常会引起一系列疾病,包...
结果展示 图2. MeRIP-qPCR检测结果:Input%分析 图3. MeRIP-qPCR检测结果:Fold Enrichment分析 图4. MeRIP-qPCR检测结果:信噪比优于采用游离m6A洗脱的传统流程 图5. MeRIP-Seq结果展示:IGV可视化 图6. MeRIP-Seq结果展示:Motif分析 图7. MeRIP-Seq结果展示:m6A分布线图 ...
Tip:对于首次拿到分析结果的老师来说,第一步是阅读结题报告以了解整体项目的分析流程、分析内容解释说明及所在的文件夹位置,以对整个项目有一个初步了解,随后查看完整分析结果并进行数据分析及筛选等。在项目结题报告中已提及的相关说明,在此不再详细描述,本文旨在结题报告的基础上进行补充说明,希望对后续的数据挖掘有...