MeRIP-seq/m6A- seq是目前研究m6A修饰使用最广泛的技术之一。 二、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验流程 从样品处理到最终数据获得中每一个环节都会对数据质量和数量产生影响,而数据质量又会直接影响后续信息分析的结果。为了从源头上保证测序数据的准确性、可靠性,需对样品处理、建库、测序每一个生成步骤都
然后将免疫共沉淀(IP)样本和对照样本中的序列片段对比(或定位)到参考基因组/ 转录组上,检测RNA 甲基化位点。对照样本测量对应RNA 的表达量,本质上是RNA-seq 数据。 MeRIP-seq 技术检测m6A 技术流程 m6A测序数据分析流程 m6A-seq数据分析的原理和过程跟ChIP-seq十分相似,大体包括如下几个步骤。 1. 原始read质控 ...
网上各种关于MeRIP-seq分析或者叫m6A-seq分析的流程我基本看了一遍,结合自己的实际数据跑通了一遍流程,是比较简化的版本,供大家参考。 上游分析的几个步骤,曾健明老师给的教程非常完成,可以直接学习 基本流程: 测序下机得到的fastq文件 去除rRNA(必要时也可去除tRNA) 比对到参考基因组 Peak Calling Peak Annotation Pe...
峰值检测是m6A-seq数据分析的核心步骤之一,用于识别m6A修饰的RNA片段。常用的峰值检测工具包括MACS2、exomePeak等。 选择峰值检测工具:根据数据特点和分析需求选择适合的工具,如MACS2适用于一般的峰值检测,exomePeak专门用于m6A-seq数据。 参数设置:根据实验设计和数据特点设置峰值检测的参数,如p值阈值、窗口大小等。 ...
3. 计算基因表达量 mRNA：通过StringTie和TPM算法计算基因表达量。 lncRNA：进行筛选和表达量计算，包括编码能力预测和表达量标准化。4. circRNA鉴定与表达量计算 结合使用find_circ和CIRCexplorer2软件确定circRNA，并计算其表达量。5. 差异表达基因鉴定与富集分析 通过DESeq2或edgeR软件进行差异表达基因的...
研究人员首先证明METTL14(一种m6A甲基转移酶)沉默可抑制成肌细胞的分化,促进C2C12 成肌细胞增殖。采用m6A-seq(MeRIP-seq)测序方法,对猪骨骼肌发育六个胚胎期的纵向转录组和表观转录组图谱进行分析。 结论 MeRIP-seq结果显示:胚胎期骨骼肌发育六个不同阶段的m6A修饰呈现高度的动态变化,且大多数受影响的基因在与骨骼...
专注于表观组学研究的深圳市易基因科技，作为多组学科研服务的领先者，提供甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)信息分析的详细流程。首先，原始的FASTQ格式下机数据需经过质控，使用Trimmomatic去除接头序列和低质量碱基，参数设置为特定值。然后，经过过滤的序列通过hisat2软件比对到参考基因组，形成m6A...
实验流程 图1:GenSeq® m6A MeRIP试剂盒实验流程 结果展示 图2. MeRIP-qPCR检测结果:Input%分析 图3. MeRIP-qPCR检测结果:Fold Enrichment分析 图4. MeRIP-qPCR检测结果:信噪比优于采用游离m6A洗脱的传统流程 图5. MeRIP-Seq结果展示:IGV可视化 图6. MeRIP-Seq结果展示:Motif分析 ...
测序数据下机之后,我们就可以获得原始测序序列(Sequenced Reads),在有相关物种参考序列或参考基因组的情况下,我们通过如下标准流程进行生物信息分析: 8. MeRIP-seq后续的实验验证? MeRIP-qPCR:利用m6A抗体在富集到带甲基化修饰的RNA后,下一步使用qPCR直接对富集到的RNA进行定量的一种技术。建议结合基因表达RT-qPCR 、...
三、信息分析流程：原始数据需进行质控，去除接头序列及低质量碱基。数据比对至参考基因组，形成“峰”（peak）以判断m6A修饰位置。MeRIP-seq与Input文库的reads数差异，形成峰（peak），定位m6A修饰区域。接下来进行m6A修饰的注释、分布统计、motif鉴定等深入分析。四、研究思路与案例：MeRIP-seq/m6A-seq...