高通量测序目前主要以m6A-seq/MeRIP-seq为主,它是目前研究m6A修饰使用最广泛的技术之一。 MeRIP-seq将甲基化DNA 免疫共沉淀(methylated DNA immunoprecipitation, MeDIP)技术、RNA 结合蛋白免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation,RIP)技术和RNA 测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术组合起来,高精度地检测全基因组(或全转录组...
易基因开发建立MeRIP-seq2技术,显著提成IP平行性,实现不同样本间相对定量,降低检测成本。 易基因提供适用于不同科研需求的MeRIP技术: m6A甲基化-常量mRNA 甲基化测序(MeRIP-seq) m6A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化测序(lnc-MeRIP-seq) m6A甲基化-微量mRNA +lncRNA甲基化测序(Micro-lnc-MeRIP-seq) 高通量m6A甲基...
m6A敏感性MazF酶切法测序(RNase MazF-sequencing ,MAZTER-seq)和RNA修饰靶标测序(DART-seq)可以同时对转录组范围的m6A甲基化进行单核苷酸分辨率和化学计量定量。在MAZTER-seq中,未甲基化ACA motifs上游用细菌RNase(MazF)选择性酶切,且ACA reads与m6A丰度相关,但这种方法在哺乳动物中只有16%-25%的m6A位点可以被捕获。
大样本量m6A-QTL性状关联分析,传统MeRIP单个样品价格高,通常难以承担。易基因开发建立MeRIP-seq2技术,显著提成IP平行性,实现不同样本间相对定量,降低检测成本。 易基因提供适用于不同科研需求的MeRIP技术: m6A甲基化-常量mRNA 甲基化测序(MeRIP-seq) m6A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化测序(lnc-MeRIP-seq) m6A甲基...
此外,已经开发出使用与不同样本的RNA连接的条形码适配器的m6A-seq2,用于同时检测不同样本的m6A动态,该方法可以扩展到使用其特异性抗体来检测其他RNA修饰。 尽管基于抗体的方法具有多功能性,但其应用必须依赖于高质量的抗体和大量的起始RNA。基于化学诱导标记的亚硫酸盐测序(BS-seq)以检测m5C RNA修饰(图1b)已被...
转录组范围内的RNA修饰实验的鉴定主要可以通过三种方法实现，其一是给予特异性结合修饰核苷酸抗体的免疫沉淀方法，比如MeRIP-Seq、m6A-Seq、PA-m6A-Seq、m6A-CLIP/IP、miCLIP、m6A-LAIC-Seq、m6ACE-Seq和m6A-Seq2等；其二是通过基于化合物选择性地与修饰的核糖核苷酸反应的化学方法，比如Pseudo-Seq3以及 AlkAniline-...
(2)RBM33是新的m6A结合蛋白,通过RRM结合m6A RNA转录本,并招募ALKBH5将其去甲基化 内源性RBM33与m6A修饰的RNA底物结合亲和力比与未修饰的RNA寡核苷酸的结合亲和力高;去除RBM33的RRM结构域去除后丧失其与m6A修饰的RNA寡核苷酸结合的能力;RIP-Seq显示近70%的ALKBH5靶基因与RBM33结合。绝大多数RBM33和ALKBH5的共同...
m6A甲基化-微量mRNA +lncRNA甲基化测序(Micro-lnc-MeRIP-seq) 高通量m6A甲基化-常量mRNA甲基化测序(MeRIP-seq2) 技术优势: 起始量低:样本起始量可降低至10-20μg,最低仅需1μg总RNA; 转录组范围内:可以同时检测mRNA和lncRNA; 样本要求:可用于动物、植物、细胞及组织的m6A检测; ...
图2:m⁶A与生物学功能 早期的实验方法已经在rRNA和mRNA中鉴定到m6A的存在,但由于实验技术的限制,对m6A的研究一直没有大的进展。近年来,RNA去甲基化酶FTO的报道,使得对m6A修饰的研究再次进入人们的视野。随后,MeRIP-seq/m6A-seq实验方法的建立使得...
图2 DDX21 可以和 m6A 甲基转移酶复合体直接互作(图源:[1]) 进一步地,该团队通过 caPAR-CLIP-seq 分析证实,与质谱和蛋白互作实验结果相同,DDX21 与 METTL3 可在新生成的转录本上共定位,并相互作用。ssDRIP-seq 分析结果显示,R-loop...