6.5 单细胞ATAC-seq的应用方向6.5.1 干细胞分化造血分化是从造血干细胞分化为具有不同功能的细胞过程。造血分化过程是一个复杂、多阶段的,受多种因子调控的过程,单细胞组学技术有助于解析造血干细胞转录和细胞命运异质性的顺式和反式调节机制。2018年,斯坦福大学的研究团队从健康人捐赠的骨髓中分选单个细胞进行scATAC...
癌症研究中胰腺癌、肝癌和膀胱癌,采用了ATAC-seq和RNA-seq与ChIP-seq等测序技术发现了新的调控机制,并指出表观遗传学调控可能是一个很有前途的抗癌靶点。 最近一个白血病的研究揭示了Ikaros蛋白的作用。该研究使用了ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq以及其他功能实验,Ikaros调控其目标基因全局表观景观和启动子区域的表观...
Scasat还成功应用于公开可用的数据集,显示其用于处理和分析使用不同协议和平台生成的单细胞ATAC-seq数据集的总体效用。该工具的成功实施有助于进一步了解单细胞水平的表观遗传机制,并为更容易和更好地分析单细胞ATAC-seq数据提供了机会。 这些数据基于实际实验结果。Nucleic Acids Research评论认为,在未来,这种分析方法...
此外，ATAC-seq与ChIP-seq结合RNA-seq技术，能构建基因表达调控的综合图谱，揭示基因组功能特征与生物调控机制。自2013年ATAC-seq技术发布以来，其应用文章数量激增，显示出多组学数据联合分析的显著趋势。研究表明，ATAC-seq技术已在不同领域超过200份期刊上发表，如Nature Communications、Scientific Reports等。
ATAC-Seq技术在间充质干细胞成脂分化早期研究中的应用
染色质在可接近状态下可以允许一些调控蛋白(比如转录因子和辅因子)过来与之相结合,ATAC-seq技术(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing)可对染色质结构开放区域进行捕获测序,仅需少量细胞便可获得实时全基因组活性调控序列信息,可应用于表观遗传机制研究领域。
近几年来,单细胞测序技术一直是讨论热度极其高的话题,除了单细胞转录组,单细胞ATAC也逐渐引起科研人员的兴趣,使得在单细胞层面研究表观调控成为可能,它可以帮助我们在单细胞水平上分析染色质开放性特征,并深入了解基因调控机制,并且自2018年10X发布scATAC-seq后,相关发文数量直线上升,可见热度很高。
6.5 单细胞ATAC-seq的应用方向 6.5.1 干细胞分化 造血分化是从造血干细胞分化为具有不同功能的细胞过程。造血分化过程是一个复杂、多阶段的,受多种因子调控的过程,单细胞组学技术有助于解析造血干细胞转录和细胞命运异质性的顺式和反式调...
5. ATAC与在胚胎发育和免疫系统疾病中的应用 2018年,郑州大学第一附属医院徐家伟等在Nature杂志上发表了题为“Chromatin analysis in human early development reveals epigenetic transition during ZGA”的文章,首次采用ATAC-seq技术揭示人类胚胎合子基因组激活(ZGA)前存在广泛的染色质开放区域,并阐明其在胚胎发育过程的...
图4 应用ATAC-seq数据建立了65种物种的系统发育树。 人类疾病的应用案例 表观遗传的改变被认为是导致癌症的原因之一。癌症研究中胰腺癌、肝癌和膀胱癌,采用了ATAC-seq和RNA-seq与ChIP-seq等测序技术发现了新的调控机制,并指出表观遗传学调控可能是一个很有前途的抗癌靶点。