ATAC-seq(转座酶可及性染色质测序)是一种通过高通量测序技术研究基因组中染色质可及性的方法,主要用于揭示调控基因表达的开放染色质区域
ATAC-seq可以用来研究不同发育阶段细胞的染色质可及性变化,揭示基因表达调控在细胞发育中的作用。例如,研究胚胎发育过程中特定基因的表达调控。 免疫学研究: 免疫细胞的激活和分化受到严格的基因表达调控。ATAC-seq可以用来研究不同免疫细胞的染色质可及性特征,揭示免疫反应的调控机制。例如,研究T细胞激活过程中基因表达...
ATAC-seq是一种创新的表观遗传学研究技术,该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,进而获得在该特定时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。 染色体主要由DNA和蛋白质组成,每一条染色单体由单个线性DNA分子组成,细胞核中的DNA是经过高度有序的包装,包装分为多个水平,核小体核心颗粒(nucleosome ...
总结:ATAC-Seq改变了表观遗传学的研究方式 ATAC技术轻松get!ATAC-Seq完整解决方案 染色质免疫沉淀(ChIP)和RRBS等方法使研究人员更容易在全基因组范围内研究表观遗传修饰。但是,这些方法的潜在局限性之一是您需要对什么表观遗传学机制在其中起作用有初步的想法。 ATAC-Seq向研究人员提供有关整个基因组中可及染色质的...
ATAC-seq 是通过使用高通量测序对转座酶可接近性核染色质区域进行分析的一种创新表观遗传学研究技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,获得在该时空下基因组中所有活跃转录的调控序列,再通过聚类分析,挖掘这些开放位点的潜在结合转录因子,结合基因表达水平数据,发现关键的调控转录因子。 ATAC...
ATAC-Seq与ChIP-Seq的不同的是ATAC-Seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度，可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息，一般用于不知道特定的转录因子，用此方法与其他方法结合筛查感兴趣的特定调控因子；但是ChIP-Seq是明确知道感兴趣的转录因子是什么，根据感兴趣的转录因子设计抗体去做ChIP实验拉DNA，...
使用ATAC-Seq研究细胞分化和发育 细胞分化和谱系定型通常由表观遗传机制介导,包括染色质结构的大变化以及从祖细胞和干细胞中通常更开放的染色质状态逐渐过渡到分化细胞中更封闭的紧密染色质状态。 在《Science》杂志上发表的一篇论文中,以色列的一组研究人员研究了血细胞发育过程中的染色质状态。他们通过观察在所有主要血...
ATAC-Seq是一种高效表观遗传学研究工具，依赖于高活性转座酶Tn5和下一代测序（NGS）技术构建文库。其主要优势在于使用较少细胞（约50,000个）在较短时间内完成实验，且可同时评估开放染色质、核小体定位与转录因子占用。与其他技术相比，它在所需样品数量方面有显著改进，且具备生成高分辨率图谱的能力。...
ATAC-seq，全称"Assay for Targeting Accessible Chromatin with high-throughput sequencing"，是一种高通量测序技术，用于揭示染色质区域的调控因子结合位点，以及转录因子对核小体位置的影响。其核心原理是利用活性的Tn5转座酶在开放染色质区域（OCR）插入测序接头，然后进行测序，从而推断可接近性区域的特征...
ATAC-seq全称:Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing 一句话概括:高活性的Tn5 转座酶将测序接头插入OCR,然后测序,推断染色质区域的调控因子结合位点,并计算转录因子结合位点和核小体的区域位置。 基本概念: l DNA与组蛋白结合后形成核小体,核小体再进一步折叠压缩后最终形成染色质...