在ATAC-seq组学中，peak是指在基因组中某一位置或区域，测序信号（开放信号）达到最大值的现象。这种现...
也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、增强子序列,以及一些反式调控因子结合的位点。 相比起来,ATAC-seq的重复性,比MNase-seq和DNase-seq的更强,操作起来也更加简单,而且只需要很少的细胞/组织量,同时出来的信号更加漂亮。目前已经是研究染色质开放性首选的技术方法。编辑于 2021-03-26 14:50 测序 染色体 ...
ATAC-seq的主要功能是揭示转录调控的各个方面,其第三步分析要在4种水平对结果进行分析和解释:1. Peak注释和差异Peak分析;2. Motif分析;3. 核小体占位分析;4. 转录因子足迹分析。 Peak注释和差异Peak分析 一般情况下,软件会关联Peak与其最近的基因或者调控元件来进行Peak注释,HOMER、ChIPseeker和ChIPpeakAnno这三个...
ATAC-Seq 是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写。 ATAC-Seq 方法依赖于使用高活性转座酶 Tn5 的下一代测序(NGS)文库的构建。将 NGS 接头连接到转座酶上,该转座酶可以使染色质断裂并同时将这些接头整合到开放的染色质区域中。构建的文库可通过 NGS 测序,并使用生物...
差异peaks分析是ATAC-seq下游分析中非常重要的一步,可以鉴定出不同样本之间开放程度不同的DARs(Different Accessible Regions),继而可以鉴定出DARs对应的基因。这类分析目前最常用的软件是DiffBind,通过调用DESeq2与EdgeR这类常用的差异表达基因分析包来进行差异peaks分析。但是DiffBind自身绘图的功能不是很灵活,同样需要调用...
(3)motif富集分析:得到每个peak region里motif的位置和频率,再和随机背景或其它条件比较,就可以做motif的富集分析。 (4)footprint分析:ATAC-seq中的footprint是指一个TF结合在DNA上,阻止Tn5切割,在染色质开放区域留下一个相对缺失的位置。而TF周围的组蛋白因为TF造成的空间的推挤反而形成了开放度比较高的区域。
1、Q:chip-seq、cut&tag分析中中peak是什么意思? A:ChIP-seq(cut&tag)分析中peak指的是特定蛋白质(如转录因子或组蛋白修饰)在基因组上富集的区域,这些蛋白质富集的区域被称为peak,这些peak可能位于基因的启动子区域或者基因区域。 2、Q:chip-seq、cut&tag等分析中IP组和Input组分别代表什么,后续是如何分析的...
ChIP-seq:由于转录因子的结合区域在染色质开放区,因此ATAC-seq的peak和ChIP-seq的peak之间存在部分重叠,因此这两个组学联用可以相互验证,而转录因子在ChIP-seq中独有的Peak则暗示这个转录因子可能是结合在异染色质区域的驱动型转录因子(Pioneer TFs)。对于组蛋白修饰的ChIP-seq而言,前面也说过组蛋白乙酰化与染色质开...
ChIP-seq在开展实验以前我们已经有已知确定的转录因子，我们通过ChIP-seq来筛选这个转录因子相互作用的基因组DNA。而ATAC-seq不涉及已知的转录因子，我们是捕获全部基因组上的开放区域，这些开放区域里含有很多转录因子的结合位点，我们需要通过peak峰处的motif来确定可能有哪些转录因子与这些部位相互作用。6、本次活动中...
ATAC-seq的结果,通常会分两大类,一类是核小体定位,一类是转录因子。发展到现在,关注转录因子的群体越来越多,通过获得的peak进行motif分析,然后预测motif对应的转录因子来进行后续的研究。当然,基于开放染色质区域通常是基因的启动子调控区域,所以将染色质开放区与基于的表达情况进行关系分析,即ATAC-seq+RNA-seq进行...