从这个图的C图可以看出,ATAC-seq signal的peak主要位于enhancer和promoter区域,通常也是转录因子和Polii结合的位置。 From: Chromatin accessibility profiling by ATAC-seq ChIP-seq的peak代表转录因子的结合峰…
从这一步开始才是后面的个性化分析的第一步,所以ATAC-seq的数据分析是比较麻烦的。那什么是一致性peak呢?简单来讲就是我们需要获得和RNA-seq一样的基因表达矩阵,基因矩阵的话是在每个样本中某个基因的表达量,这个基因的名字都是字母,例如“ABC”;但是peak的是“chr1-100-300”,他是一个范围,因此我们需要在不...
所以说,ATAC-seq可以帮助识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子,也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、增强子序列,以及一些反式调控因子结合的位点。 那基因的body不是染色质开放区吗?是的~但是基因body区的染色质开放并不是稳定的,当进行转录时,body区域每往前走一步,开放后进行转录,转录后迅速回复原有状态。
A:ChIP-seq(cut&tag)分析中peak指的是特定蛋白质(如转录因子或组蛋白修饰)在基因组上富集的区域,这些蛋白质富集的区域被称为peak,这些peak可能位于基因的启动子区域或者基因区域。 2、Q:chip-seq、cut&tag等分析中IP组和Input组分别代表什么,后续是如何分析的? A:IP组是指通过特定抗体捕获目标蛋白及其结合的DNA...
ChIP-seq:由于转录因子的结合区域在染色质开放区,因此ATAC-seq的peak和ChIP-seq的peak之间存在部分重叠,因此这两个组学联用可以相互验证,而转录因子在ChIP-seq中独有的Peak则暗示这个转录因子可能是结合在异染色质区域的驱动型转录因子(Pioneer TFs)。对于组蛋白修饰的ChIP-seq而言,前面也说过组蛋白乙酰化与染色质开...
ATAC-Seq 是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写。 ATAC-Seq 方法依赖于使用高活性转座酶 Tn5 的下一代测序(NGS)文库的构建。将 NGS 接头连接到转座酶上,该转座酶可以使染色质断裂并同时将这些接头整合到开放的染色质区域中。构建的文库可通过 NGS 测序,并使用生物...
(3)motif富集分析:得到每个peak region里motif的位置和频率,再和随机背景或其它条件比较,就可以做motif的富集分析。 (4)footprint分析:ATAC-seq中的footprint是指一个TF结合在DNA上,阻止Tn5切割,在染色质开放区域留下一个相对缺失的位置。而TF周围的组蛋白因为TF造成的空间的推挤反而形成了开放度比较高的区域。
差异peaks分析是ATAC-seq下游分析中非常重要的一步,可以鉴定出不同样本之间开放程度不同的DARs(Different Accessible Regions),继而可以鉴定出DARs对应的基因。这类分析目前最常用的软件是DiffBind,通过调用DESeq2与EdgeR这类常用的差异表达基因分析包来进行差异peaks分析。但是DiffBind自身绘图的功能不是很灵活,同样需要调用...
所以，在ATAC-seq的libraries中 mono nucleosome的ATAC-seq library长度大概是(单核小体146bp+核小体free region)+两端的adaptor及Tn5最里面部分ME序列长度（50bp+12bp+13bp+53bp）=274bp+free region，也就是bioanalyzer里面看到的第二个peak。图中显示大概是340bp左右。所以free region应该是330bp-...
例如:在某些疾病、肿瘤组织,根据RNA-seq的结果提示样本转录表达的差异,在这些情况下,ATAC-seq可以从源头,即基因转录的情况提供信息,从而有可能证明转录差异的表达是由转录起始的某些调控因子引起的。 ATAC-seq数据处理方法: ATAC-seq.narrowPeak ATAC-seq.bigWig ...