很多实验室纷纷使用ATAC-seq 与 RNA-seq, 及epi-genomics的数据结合在一起分析,以达到更加准确地分析基因差异表达与调控关系的目的。 ATAC-seq的分析方法是建立在对ATAC-seq原理的理解之上的。现在很多流行的ATAC-seq分析的流程多半是直接将ChIP-seq的流程拿过来稍做甚至不做修改就直接使用在ATAC-seq上,这显然是应...
基于转座酶和高通量测序的染色质分析技术(ATAC-seq)是一种新的表观遗传学技术,是一种利用转座酶(改造后Tn5转座酶)来研究全基因组范围内染色质开放性的方法。ATAC-seq是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写,最早是由斯坦福大学的Howard Chang和William Greenleaf实验室...
ATACseq, MNaseseq and DNaseseq DNaseseq- 酶消化以从转录因子结合位点周围的开放染色质中提取信号。 MNaseseq- 酶消化以提取代表核小体定位的信号。 ATACseq- 使用转座酶并提供一种同时从单个样本的转录因子结合位点和核小体位置提取信号的方法。 3. Work 在本教程[1]中,我们将使用一些公开的数据来了解R中ATA...
ATAC-Seq 是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写。 ATAC-Seq 方法依赖于使用高活性转座酶 Tn5 的下一代测序(NGS)文库的构建。将 NGS 接头连接到转座酶上,该转座酶可以使染色...
ATACseq ATACseq - 使用转座酶并提供一种同时从单个样本的转录因子结合位点和核小体位置提取信号的方法。 1. 数据类型 上面这意味着我们的数据中可能包含多种信号类型。 我们将从无核小体区域和转录因子(我们的较短片段)周围获得信号。 我们的一部分信号将来自开放染色质(较长片段)中的核小体周围。
ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)是一种利用转座酶研究染色质可接近性的测序技术,利用DNA转座酶Tn5切割开放的DNA区域结合高通量测序研究染色质的开放状态。与传统的MNase-seq以及DNase-seq相比,其具有可重复性强,实验步骤简单,需要的实验样本量少等优点,因而被广泛应...
目前,单细胞ATAC-seq分析工具Scasat在细胞分类中的表现出积极的作用。Scasat是一个用简单的步骤处理scATAC-seq数据的完整管道。它将数据视为二进制,并应用特别适用于二进制数据的统计方法。该管道是在Jupyter笔记本环境中开发的,该环境包含可执行代码以及必要的描述和结果。 一.完整的Scasat工作流程 下图描述了完整的...
ATAC-seq与RNA-seq联合分析,可以获得生物体的转录调控机制。通过ATAC-seq获得细胞在某一特定时空侠染色质展开区域的信息,可用于检测在该条件下发生转录的基因及顺式作用元件。通过RNA-seq技术可获得细胞在该特定时空下所有转录本信息。将两者数据相整合,则可以推断相关基因上游的顺式调控序列,宏观分析细胞在特定时空下...
Motif分析旨在识别开放染色质区域中的调控元件和转录因子结合位点。通过分析ATAC-seq数据,研究者可以识别出富集的短序列模式(motifs),并推测可能的转录因子及其对基因表达的影响。这种分析在基础生物学研究和疾病机制探索中具有重要意义,能够帮助我们理解基因调控网络的动态变化和生物学功能。
ATAC-seq分析干货 ATAC-seq技术由于其要求细胞量少,实验简单、快速、高效且应用范围广,是近年来转录调控、表观遗传修饰研究的一项重要的技术手段。近两年应用ATAC-seq方法发表的文章数量也是飞速上升,可见ATAC-seq的火爆程度。现在,如果你还不了解ATAC,还不抓紧学起来!今天我们先来学习一下ATAC-seq相关的背景介绍。