表观组学|ATAC-seq原理介绍 ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin high throughput sequencing)是一种高通量的分子生物学技术,是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色体上的开放染色质区域即染色质可及性。 原理:利用转座酶Tn5可结合开放染色质的性质,使用Tn...
当然，基于开放染色质区域通常是基因的启动子调控区域，所以将染色质开放区与基因的表达情况进行关联分析，即ATAC-seq+RNA-seq进行关联分析，来找寻关键的转录因子调控的关键靶基因是最常见的研究思路。当然了，ATAC-seq联合Hi-C以及组蛋白修饰的数据进行增强子鉴定，又是另外一个故事了。翌圣关联产品速递参考文献[1] B...
Chip-seq是实验前明确有一个感兴趣的转录因子,根据目标转录因子设计抗体去做Chip-seq实验拉DNA,验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用;而ATAC-Seq一般用于不知道特定的转录因子,是在全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,用这个技术方法与其他方法结合是想去筛感...
1、ATAC-seq+RNA-seq: 一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样再做RNA-seq可以找到对应的转录本相关基因,对富集到的基因...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)使用高通量测序对Tn5转座酶易接近性核染色质区域进行测序分析,是一种表观遗传学研究技术。通过ATAC-seq测序可以得到全基因组范围内的染色质可及性图谱,获得所有活跃的调控序列,如潜在的活跃转录因子及靶基因。
ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息，RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息，将两个组学数据联合分析，可以获得该时间点下影响基因表达的上游调控区域，寻找到影响基因表达的潜在转录因子。另外ATAC-seq还可以与其它组学技术联用，例如ChIP-seq，或者三个以上的技术一起组合使用。6.5 绘制染色质开放...
ATAC-seq应用广泛,常用的可以分为以下三点: 用于不同病理状态和疾病分组的患者组织细胞/血液细胞的染色质开放景观全景图谱的绘制,同时可与mRNA表达信息进行整合,并从中得到转录异常调控的信息; 单细胞ATAC组学研究可以从单细胞的角度分析特定细胞群(比如免疫细胞,间质细胞,肿瘤细胞等)表观遗传学信息的异质性; ...
单细胞ATAC-seq技术,顾名思义就是在单细胞水平上的ATAC-seq技术,它兼具单细胞技术的高分辨率及ATAC-seq的优势,是目前研究基因表观组学的热门技术。ATAC-seq的全称是Assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,是基于高通量测序对开放性染色质(open chromatin)进行研究的技术。
ATAC-Seq产品介绍华大基因依托BGISEQ-500平台强大的测序实力,推出性价比超高的表观组学研究利器ATAC-Seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using Sequencing)。该技术通过改造后活性极高的转座酶介导,对染色质结构开放区域进行捕获测序,仅需少量细胞便可获得实时全基因组活性调控序列信息,广泛应用于转录因子结合...
ChIP-seq&CUT&Tag 1、Q:chip-seq、cut&tag分析中中peak是什么意思? A:ChIP-seq(cut&tag)分析中peak指的是特定蛋白质(如转录因子或组蛋白修饰)在基因组上富集的区域,这些蛋白质富集的区域被称为peak,这些peak可能位于基因的启动子区域或者基因区域。