ATAC-seq被广泛应用于解析基因组中转座酶易接触位点，并以此绘制染色质开放图谱，预测TF结合位点，展现启动子、增强子等关键调控元件分布，帮助阐明基因表达调控机制。转入医学研究场景，ATAC-seq不仅可以解析在特定生理或病理状态下基因组关键区域的染色质开放性变化，还可以辅助全基因组关联研究的疾病变异定位，通过TF结合...
接下来，通过高通量测序，我们就能读取这些被标记的DNA序列，并绘制出染色质开放的“地图”。当我们把这一过程应用于单个细胞时，我们就可以知道每个细胞中的哪些基因是“打开”的，哪些是“关闭”的，这就是单细胞ATAC-seq的基本原理。这项技术的最大优势在于它的高分辨率。传统的染色质开放性检测方法只能告诉我们一...
ATAC-seq被广泛应用于解析基因组中转座酶易接触位点,并以此绘制染色质开放图谱,预测TF结合位点,展现启动子、增强子等关键调控元件分布,帮助阐明基因表达调控机制。转入医学研究场景,ATAC-seq不仅可以解析在特定生理或病理状态下基因组关键区域的染色质开放性变化,还可以辅助全基因组关联研究的疾病变异定位,通过TF结合motif...
目前研究染色质可及性的方法主要有以下四种:MNase-seq、DNase-seq、FAIRE-seq和ATAC-seq,其中MNase-seq是通过对核小体保护的DNA测序,从而间接反映染色质可及性的方法,其他三种均为对检测染色质上的开放区域,直接反应染色质的可及性[1]。...
ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。 要理解这项技术的作用,首先需要认识染色体/质的结构。 真核生物的核DNA并不是裸露的,而是有蛋白质即组蛋白与之相结合的。DNA一圈一圈地缠绕在组蛋白上,形成串珠式的结构。
ATAC-seq是一种研究表观遗传的创新型技术,它是一种在全基因组水平上通过高度活跃的Tn5转座酶作为探针,切割DNA序列来定位染色质可及性的方法(Buenrostro et al., 2013)(图2)。DNA转座是DNA转座子在DNA转座酶的辅助下,从染色体的一个区域转移到另一个区域的现象(Chuong et al., 2017)。DNA转座子要求插入位点...
与其他技术(例如研究相似染色质特征的FAIRE-Seq或DNase-Seq)相比,ATAC-Seq的主要优势在于该测定所需的细胞数量更少,并且其两步法操作相对简单。 ATAC-Seq的历史 ATAC-Seq方法由斯坦福大学的Howard Chang和William Greenleaf实验室的首席研究员Jason Buenrostro于2013年在《Nature Methods》杂志上首次发表。
上述两篇文章展示了如何从ATAC-seq数据中挖掘调控特定基因的关键转录因子,与传统的仅依赖于基因共表达和全长启动子预测相比,ATAC-seq提供了活性调控区的信息,使得预测结果更为精准。 爱基百客生物科技有限公司提供专业的ATAC-seq技术服务,拥有多套植物细胞的抽核方法和近千样本的抽核经验,协助客户在Nature Communication...
ATAC-seq被广泛应用于解析基因组中转座酶易接触位点,并以此绘制染色质开放图谱,预测TF结合位点,展现启动子、增强子等关键调控元件分布,帮助阐明基因表达调控机制。转入医学研究场景,ATAC-seq不仅可以解析在特定生理或病理状态下基因组关键区域的染色质开放性变化,还可以辅助全基因组关联研究的疾病变异定位,通过TF结合motif...
ATAC-seq(Assay forTransposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing):结合高通量测序对Tn5转座酶易接近性核染色质区域进行测序分析,是研究染色质开放性/可及性的测序技术。通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,即可获得在该时空下全基因组上所有的开放染色质区域信息。 mini ATAC-...