通过使用这种称为转录索引ATAC-seq(T-ATAC-seq)的方法,研究人员鉴定了永生化白血病T细胞,健康志愿者的原代人T细胞和来自患者样品的原代白血病T细胞的表观基因组特征。2017年,中国科学技术大学瞿昆教授等利用ATAC-seq技术,首次揭示了T细胞淋巴瘤(CTCL)的表观遗传调控机制。作者分析了111个人皮肤T细胞淋巴瘤患者和对照样本...
目前研究染色质可及性的方法主要有以下四种:MNase-seq、DNase-seq、FAIRE-seq和ATAC-seq,其中MNase-seq是通过对核小体保护的DNA测序,从而间接反映染色质可及性的方法,其他三种均为对检测染色质上的开放区域,直接反应染色质的可及性[1]。...
接下来，通过高通量测序，我们就能读取这些被标记的DNA序列，并绘制出染色质开放的“地图”。当我们把这一过程应用于单个细胞时，我们就可以知道每个细胞中的哪些基因是“打开”的，哪些是“关闭”的，这就是单细胞ATAC-seq的基本原理。这项技术的最大优势在于它的高分辨率。传统的染色质开放性检测方法只能告诉我们一...
也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、增强子序列,以及一些反式调控因子结合的位点。 相比起来,ATAC-seq的重复性,比MNase-seq和DNase-seq的更强,操作起来也更加简单,而且只需要很少的细胞/组织量,同时出来的信号更加漂亮。目前已经是研究染色质开放性首选的技术方法。 ATAC反应原理图 ATAC-seq技术流...
目前,单细胞ATAC-seq分析工具Scasat在细胞分类中的表现出积极的作用。Scasat是一个用简单的步骤处理scATAC-seq数据的完整管道。它将数据视为二进制,并应用特别适用于二进制数据的统计方法。该管道是在Jupyter笔记本环境中开发的,该环境包含可执行代码以及必要的描述和结果。 一.完整的Scasat工作流程 下图描述了完整的...
ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。 要理解这项技术的作用,首先需要认识染色体的结构。 真核生物的核DNA并不是裸露的,而是有蛋白质即组蛋白与之相结合的。DNA一圈一圈地缠绕在组蛋白上,形成串珠式的结构。每一...
另一个思路是,通过ATAC-seq技术检测染色质开放区域的DNA,初步看一下分布在基因启动子区域的差异peak,随后进行RNA-seq实验,对差异peak注释基因与RNA差异表达基因的交集进行功能分析,以揭示其潜在的生物学功能,最终,结合实验进行验证,以确保研究结果的准确性。
接下来,通过高通量测序,我们就能读取这些被标记的DNA序列,并绘制出染色质开放的“地图”。当我们把这一过程应用于单个细胞时,我们就可以知道每个细胞中的哪些基因是“打开”的,哪些是“关闭”的,这就是单细胞ATAC-seq的基本原理。 这项技术的最大优势在于它的高分辨率。传统的染色质开放性检测方法只能告诉我们一个...
ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。 要理解这项技术的作用,首先需要认识染色体的结构。 真核生物的核DNA并不是裸露的,而是有蛋白质即组蛋白与之相结合的。DNA一圈一圈地缠绕在组蛋白上,形成...