6.5 单细胞ATAC-seq的应用方向6.5.1 干细胞分化造血分化是从造血干细胞分化为具有不同功能的细胞过程。造血分化过程是一个复杂、多阶段的,受多种因子调控的过程,单细胞组学技术有助于解析造血干细胞转录和细胞命运异质性的顺式和反式调节机制。2018年,斯坦福大学的研究团队从健康人捐赠的骨髓中分选单个细胞进行scATAC...
接下来，通过高通量测序，我们就能读取这些被标记的DNA序列，并绘制出染色质开放的“地图”。当我们把这一过程应用于单个细胞时，我们就可以知道每个细胞中的哪些基因是“打开”的，哪些是“关闭”的，这就是单细胞ATAC-seq的基本原理。这项技术的最大优势在于它的高分辨率。传统的染色质开放性检测方法只能告诉我们一...
目前研究染色质可及性的方法主要有以下四种:MNase-seq、DNase-seq、FAIRE-seq和ATAC-seq,其中MNase-seq是通过对核小体保护的DNA测序,从而间接反映染色质可及性的方法,其他三种均为对检测染色质上的开放区域,直接反应染色质的可及性[1]。...
ATAC-seq被广泛应用于解析基因组中转座酶易接触位点,并以此绘制染色质开放图谱,预测TF结合位点,展现启动子、增强子等关键调控元件分布,帮助阐明基因表达调控机制。转入医学研究场景,ATAC-seq不仅可以解析在特定生理或病理状态下基因组关键区域的染色质开放性变化,还可以辅助全基因组关联研究的疾病变异定位,通过TF结合motif...
ATAC-seq被广泛应用于解析基因组中转座酶易接触位点，并以此绘制染色质开放图谱，预测TF结合位点，展现启动子、增强子等关键调控元件分布，帮助阐明基因表达调控机制。转入医学研究场景，ATAC-seq不仅可以解析在特定生理或病理状态下基因组关键区域的染色质开放性变化，还可以辅助全基因组关联研究的疾病变异定位，通过TF结合...
scRNA-seq) 是一种流行且强大的技术， 可一次性解析成千上万个单细胞的基因表达情况，已经广泛应用于...
ATAC-seq被广泛应用于解析基因组中转座酶易接触位点,并以此绘制染色质开放图谱,预测TF结合位点,展现启动子、增强子等关键调控元件分布,帮助阐明基因表达调控机制。转入医学研究场景,ATAC-seq不仅可以解析在特定生理或病理状态下基因组关键区域的染色质开放性变化,还可以辅助全基因组关联研究的疾病变异定位,通过TF结合motif...
接下来,通过高通量测序,我们就能读取这些被标记的DNA序列,并绘制出染色质开放的“地图”。当我们把这一过程应用于单个细胞时,我们就可以知道每个细胞中的哪些基因是“打开”的,哪些是“关闭”的,这就是单细胞ATAC-seq的基本原理。 这项技术的最大优势在于它的高分辨率。传统的染色质开放性检测方法只能告诉我们一个...
目前,单细胞ATAC-seq分析工具Scasat在细胞分类中的表现出积极的作用。Scasat是一个用简单的步骤处理scATAC-seq数据的完整管道。它将数据视为二进制,并应用特别适用于二进制数据的统计方法。该管道是在Jupyter笔记本环境中开发的,该环境包含可执行代码以及必要的描述和结果。 一.完整的Scasat工作流程 下图描述了完整的...