ATAC-seq是全称Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing的缩写,是研究染色质可及性(开放性)的方法。 ATAC-seq是什么 ATAC-seq的定义与全称 ATAC-seq,全称Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing,即转座酶可接近染色质测...
ATAC-seq是一种创新的表观遗传学研究技术,该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,进而获得在该特定时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。 染色体主要由DNA和蛋白质组成,每一条染色单体由单个线性DNA分子组成,细胞核中的DNA是经过高度有序的包装,包装分为多个水平,核小体核心颗粒(nucleosome ...
ATAC-seq 是通过使用高通量测序对转座酶可接近性核染色质区域进行分析的一种创新表观遗传学研究技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,获得在该时空下基因组中所有活跃转录的调控序列,再通过聚类分析,挖掘这些开放位点的潜在结合转录因子,结合基因表达水平数据,发现关键的调控转录因子。 ATAC...
ATAC-Seq的原始发明者,Jason Buenrostro和他的同事,在《Nature》发文表示正着手通过修改ATAC-Seq的实验步骤使其适应单细胞分析。他们最初的实验使用了Fluidigm的微流体平台来帮助他们研究单细胞。但是当今许多单细胞ATAC-Seq(scATAC-Seq)实验步骤都使用10X Genomics平台。分离单个细胞后,将它们用Tn5转座酶标记,并使用具...
ATAC-seq全称:Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing 一句话概括:高活性的 Tn5 转座酶将测序接头插入OCR,然后测序,推断染色质区域的调控因子结合位点,并计算转录因子结合位点和核小体的区域位置。 基本概念: l DNA与组蛋白结合后形成核小体,核小体再进一步折叠压缩后最终形成染色质...
ATAC-Seq与ChIP-Seq的不同的是ATAC-Seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度，可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息，一般用于不知道特定的转录因子，用此方法与其他方法结合筛查感兴趣的特定调控因子；但是ChIP-Seq是明确知道感兴趣的转录因子是什么，根据感兴趣的转录因子设计抗体去做ChIP实验拉DNA，...
ATAC-seq，全名为Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing，是由美国斯坦福大学的William Greenleaf教授于2013年所研发的全新表观遗传学研究方法。通过利用DNA转座酶结合高通量测序技术，该技术旨在研究染色体的可及性，揭示基因组中所有活跃转录的调控序列。ATAC-seq技术的创新...
ATAC-seq，全称"Assay for Targeting Accessible Chromatin with high-throughput sequencing"，是一种高通量测序技术，用于揭示染色质区域的调控因子结合位点，以及转录因子对核小体位置的影响。其核心原理是利用活性的Tn5转座酶在开放染色质区域（OCR）插入测序接头，然后进行测序，从而推断可接近性区域的特征...
ATAC-Seq是一种高效表观遗传学研究工具，依赖于高活性转座酶Tn5和下一代测序（NGS）技术构建文库。其主要优势在于使用较少细胞（约50,000个）在较短时间内完成实验，且可同时评估开放染色质、核小体定位与转录因子占用。与其他技术相比，它在所需样品数量方面有显著改进，且具备生成高分辨率图谱的能力。...
入门ATAC-seq分析，首先需要理解数据处理流程，如碱基质控、mapping、序列筛选、reads的移动、peak calling等环节。数据处理后，通过bed和bw文件进行可视化和分析，质量控制是关键，如确保足够的覆盖度和信噪比，以及重复性和重复peak的评估。常规下游分析包括绘制热图，进行功能注释，以及对特定区域的选取和操作...